「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 041

No.07051　偏相関分析について　　【R初心者】　2008/07/17(Thu) 13:27

住民健診データについて，Sex,Ageの影響を除いた相関分析を行いたいと思っていますが，用意されているコードがあれば，教えてください。

No.07052　Re: 偏相関分析について　　【R初心者】　2008/07/17(Thu) 14:38

http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/my-cor.html
を研究してみます。

No.07053　Re: 偏相関分析について　　【R初心者】　2008/07/17(Thu) 15:06

partial.cor <- function(x)                                      # データ行列
{
        x <- subset(x, complete.cases(x))                       # 欠損値を持つケースを除く
        i <- solve(cor(x))                                      # 相関係数行列の逆行列
        d <- diag(i)                                            # 対角成分
        i <- -i/sqrt(outer(d, d))                               # 偏相関係数行列
        diag(i) <- NA                                           # 対角成分は未定義
        rownames(i) <- colnames(i) <- paste("Var", 1:ncol(x))
        return(i)
}

が使えました。左下半分が，偏相関係数ですね。ありがとうございました。

No.07054　Re: 偏相関分析について　　【R初心者】　2008/07/17(Thu) 15:52

4つの変数の表
Sex	Age	FBS	TCHO
2	63.75999832	90	220
2	59.38999939	102	222
・・・・・・
をaに入力し，
partial.cor(a)
	Var 1	Var 2	Var 3	Var 4
Var 1	NA	-0.19025191	-0.09243486	0.23501915
Var 2	-0.19025191	NA	0.13647586	0.08892413
Var 3	-0.09243486	0.13647586	NA	0.03329872
Var 4	0.23501915	0.08892413	0.03329872	NA
となりました。
例えば，-0.19025191は，Var2,Var1の間の偏相関係数(Var3,Var4の影響を除いた）ということなのでしょうか？

No.07056　Re: 偏相関分析について　　【R初心者】　2008/07/17(Thu) 16:17

>例えば，-0.19025191は，Var2,Var1の間の偏相関係数(Var3,Var4の影響を除いた）ということなのでしょうか？：この解釈で良いことがわかりました。
以下，結果です。
偏相関係数を用いてt値を計算しました。単相関の場合より，有意差が高くなりました。
これは，あって良いでしょうか。
			2003	2004	2005
単相関t値	TCHO	FBS	0.9873729	3.803465	3.90183
偏相関t値	TCHO	FBS	1.684414114	4.541730568	4.974573605
n			2558	2412	2326

No.07060　Re: 偏相関分析について　　【R初心者】　2008/07/18(Fri) 09:52

http://www.mus-nh.city.osaka.jp/iso/argo/nl13/nl13-3-23.pdf
に参考となる説明がありますが，，
偏相関分析での相関係数の有意性は単相関と同じようにしてよい，と考えてよろしいでしょうか？たとえば，df=n-2など。
t <- r*sqrt((n-2)/(1-r^2))
df<-n-2
p <- pt(t, df, lower.tail=FALSE)*2

No.07061　Re: 偏相関分析について　　【青木繁伸】　2008/07/18(Fri) 10:44

以下を参照
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/Corr/p-corr.html

No.07062　Re: 偏相関分析について　　【R初心者】　2008/07/18(Fri) 11:47

dfについて，わかりました。
2003,2004,2005の住民健診で，
TCHO(総コレステロール値）と FBS（空腹時血糖）の間について，治療中でない人について以下のようになりました。
年         2003 2004 2005
単相関t値 0.99 3.80 3.90
偏相関t値 1.68 4.54 4.97（2つを制御，Sex,Age)
        n 2558 2412 2326
の場合に
p_value
単相関    0.32 0.0001,9.8181E-05
偏相関　  0.09 0.00000585	0.000000702
と，なりました。
この場合，2003,2004の間のデータは，同じ地域ですが，別の，お互い独立したデータとした場合，偏相関で，2003と2004，2004と2005 の間の有意差の差は0.09と0.000005です。2003,2004,2005の間の偏相関の互いの比較はできますか？

No.07063　Re: 偏相関分析について　　【青木繁伸】　2008/07/18(Fri) 11:57

以下を参照
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/Corr/corr4.html
検定の多重性に注意

No.07066　Re: 偏相関分析について　　【R初心者】　2008/07/18(Fri) 14:46

2003vs2004:x2=4.32681924 1 0.03751629
2004vs2005:x2=0.13348303 1 0.7148477 0. 09729047
と計算されました。

No.07067　Re: 偏相関分析について　　【青木繁伸】　2008/07/18(Fri) 14:58

結果なんか見せてもらっても何にもならない。。。