「統計学関連なんでもあり」の過去ログ---035

★ permutational test について ★

8237.　permutational test について　TMO　2005/11/07 (月) 13:13
├8258.　Re: permutational test について　とおりすがり　2005/11/07 (月) 23:10
└8240.　Re: permutational test について　青木繁伸　2005/11/07 (月) 13:32
　└8246.　Re^2: permutational test について　TMO　2005/11/07 (月) 16:32

8237.　permutational test について　TMO　　2005/11/07 (月) 13:13

permutational P valueというのは観察値が帰無仮説下の期待値よりも大きい確率と小さい確率，両方与えられるものなのでしょうか。教えてください。
　GeoDis という系統地理学用のフリーソフトのアウトプットファイルにpermutational P value という項があって，それらがPROB．＞＝という列とPROB．＜＝という列に分かれているのですがこれらの意味がわからないのです。
　遺伝的な距離と地理的な距離の間に有意な関係があるかを調べるというのがこのソフトの目的です。まず遺伝的な情報からグループ分けしてそれらの個体が地理的な距離を計算します。ランダムに分けたグループに対しても同様に地理的な距離を計算しそれを1000回繰り返して，観察値と比べることで有意性を検定するもの（だと思う）のですが，なぜ確率が＞＝と＜＝という二つに分かれているのかがわかりません。どなたか教えていただけないでしょうか。
あるいはこれを理解するためには何をしたらよいと思いますか？アドバイスでもいただけるとうれしいです。

アウトプットはこんな感じです。
　　　　　DISTANCE　PROB.<=　PROB.>=
WITHIN CLADE 277.1416 0.0200 0.9890
NESTED CLADE 328.0902 0.5870 0.4220

よろしくお願いします。

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8258.　Re: permutational test について　とおりすがり　　2005/11/07 (月) 23:10

まず専門知識をきちんと勉強しましょう．
nested clade phylogeographic analysisという系統地理学の専門的な解析とその特化したソフトウエアのアウトプットに関する質問なので，ここで質問しても正しい答えは得られないでしょう．
青木先生のお答えも全く的はずれです．
上記の理論について文献を読み理解すれば，何を問題にしている検定なのか自ずと分かります．
不親切な答えですが，ご容赦ください．

> permutational P valueというのは観察値が帰無仮説下の期待値よりも大きい確率と小さい確率，両方与えられるものなのでしょうか。教えてください。
> 　GeoDis という系統地理学用のフリーソフトのアウトプットファイルにpermutational P value という項があって，それらがPROB．＞＝という列とPROB．＜＝という列に分かれているのですがこれらの意味がわからないのです。
> 　遺伝的な距離と地理的な距離の間に有意な関係があるかを調べるというのがこのソフトの目的です。まず遺伝的な情報からグループ分けしてそれらの個体が地理的な距離を計算します。ランダムに分けたグループに対しても同様に地理的な距離を計算しそれを1000回繰り返して，観察値と比べることで有意性を検定するもの（だと思う）のですが，なぜ確率が＞＝と＜＝という二つに分かれているのかがわかりません。どなたか教えていただけないでしょうか。
> あるいはこれを理解するためには何をしたらよいと思いますか？アドバイスでもいただけるとうれしいです。
>
> アウトプットはこんな感じです。
> 　　　　　DISTANCE　PROB.<=　PROB.>=
> WITHIN CLADE 277.1416 0.0200 0.9890
> NESTED CLADE 328.0902 0.5870 0.4220
>
> よろしくお願いします。

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8240.　Re: permutational test について　青木繁伸　　2005/11/07 (月) 13:32

http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/Cross/Fisher.html
の表4の右の2つの欄のようなものでしょう。
これは生起確率を下側から累和したものと上側から累和したものですね。
片側検定を行うならどちらか一方を使うし，両側検定だと両方の端っこから使う。
使い方は説明を参照のこと。

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8246.　Re^2: permutational test について　TMO　　2005/11/07 (月) 16:32

> http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/Cross/Fisher.html
> の表4の右の2つの欄のようなものでしょう。
> これは生起確率を下側から累和したものと上側から累和したものですね。
わかりました。つまりこの二つのうちどちらかが有意水準以下なら帰無仮説を棄却できるということですか？
この他に表はないので片側しかできないのでしょうか。

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