「統計学関連なんでもあり」の過去ログ---035

★ 正診率のConfidence level, interval ★

7940.　正診率のConfidence level, interval　Fujimoto K　2005/10/14 (金) 18:42
└7943.　Re: 正診率のConfidence level, interval　青木繁伸　2005/10/14 (金) 19:23
　└7946.　Re^2: 正診率のConfidence level, interval　Fujimoto K　2005/10/14 (金) 19:47
　　└7947.　Re^3: 正診率のConfidence level, interval　Fujimoto K　2005/10/14 (金) 20:11
　　　└7948.　Re^4: 正診率のConfidence level, interval　kzkishi　2005/10/14 (金) 20:50
　　　　└7952.　Re^5: 正診率のConfidence level, interval　Fujimoto K　2005/10/15 (土) 01:27
　　　　　└7963.　Re^6: 正診率のConfidence level, interval　kzkishi　2005/10/16 (日) 10:00

7940.　正診率のConfidence level, interval　Fujimoto K　　2005/10/14 (金) 18:42

どうかお教えください。

ある検査法の閾値を設定し，これより高いものを癌，それ以外を良性と判定する場合の正診率の信頼度，95%信頼区間の出し方をお教えください。
ある雑誌の記載を例にとると，n=95で，true positive(TP)=39, true-negative(TN)=35, false-positive(FP)=14, false-negative(FN)=7のとき，sensitivity=84.8% (95%CI; 72-92), specificity=71.4% (95%CI; 58-82), Accuracy=77.9% (95%CI; 69-85)と記載されています。
1.この95％CIの出し方（計算方法）
2.この場合の信頼度は何％となるのでしょうか？この計算方法もお教えいただけませんでしょうか？
3.上記以外にnegative predictive value (NPV)= TN/(FN+TN)やpositive predictive value（PPV)も計算しますが，これらの95%CIや信頼度も同様に計算するのでしょうか？

上記の記載のみでは何か足らないでしょうか？

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7943.　Re: 正診率のConfidence level, interval　青木繁伸　　2005/10/14 (金) 19:23

> ある検査法の閾値を設定し，これより高いものを癌，それ以外を良性と判定する場合の正診率の信頼度，95%信頼区間の出し方をお教えください。

http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/Hiritu/bohiritu-conf.html
の中の，正規分布に近似する方法によるものですね。

正確には，その中の F 分布を用いる方法を使うのがよいでしょう。
簡単に計算するためには，
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/JavaScript/tests.html
の，三つある内の真ん中の計算フォームを使うのが良いでしょう。

もっとお勧めは，R を使うことです。

> ある雑誌の記載を例にとると，n=95で，true positive(TP)=39, true-negative(TN)=35, false-positive(FP)=14, false-negative(FN)=7のとき，sensitivity=84.8% (95%CI; 72-92), specificity=71.4% (95%CI; 58-82), Accuracy=77.9% (95%CI; 69-85)と記載されています。

> binom.test(39, 46)
二項検定

データ: 39 と 46
成功数 = 39, 試行数 = 46, P値 = 1.832e-06
帰無仮説: 成功確率（母比率）は，0.5ではない
95 パーセント信頼区間: 0.7113090 0.9365557
標本推定値:
成功確率（母比率）
0.8478261

> binom.test(35, 49)
二項検定

データ: 35 と 49
成功数 = 35, 試行数 = 49, P値 = 0.003802
帰無仮説: 成功確率（母比率）は，0.5ではない
95 パーセント信頼区間: 0.5673703 0.8341582
標本推定値:
成功確率（母比率）
0.7142857

> binom.test(74, 95)
二項検定

データ: 74 と 95
成功数 = 74, 試行数 = 95, P値 = 4.25e-08
帰無仮説: 成功確率（母比率）は，0.5ではない
95 パーセント信頼区間: 0.6821640 0.8576532
標本推定値:
成功確率（母比率）
0.7789474

> 3.上記以外にnegative predictive value (NPV)= TN/(FN+TN)やpositive predictive value（PPV)も計算しますが，これらの95%CIや信頼度も同様に計算するのでしょうか？

同じように計算はできるでしょうね。

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7946.　Re^2: 正診率のConfidence level, interval　Fujimoto K　　2005/10/14 (金) 19:47

早速，お教えいただきありがとうございます。
使い方は何となく分かりました；本当に便利ですね。感激しました。
すみません。ところで，confidence levelはどうしたらよいのでしょう？
θ を推定したい母数，αを一定の確率（0＜α＜1）としたとき，Pr｛t1≦θ≦t2｝= 1-α となるような二つの統計量 t1，t2 が信頼区間を構成する。このときの 1-α をパーセント表示して，100×(1-α）% のことを信頼度という。というような記載がありましたが，初心者の私にはまったく分かりません。

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7947.　Re^3: 正診率のConfidence level, interval　Fujimoto K　　2005/10/14 (金) 20:11

すみません。
愚解答ですが，もしかして，上記でいきますと，sensitivityの95%CIが，72-92で，confidence levelがまさにsensitivityの値と一緒で，84.8％ということなのでしょうか？？

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7948.　Re^4: 正診率のConfidence level, interval　kzkishi　　2005/10/14 (金) 20:50

> confidence levelがまさにsensitivityの値と一緒で，84.8％ということなのでしょうか？？

違います。

計算方法を質問するのではなく，単語の意味から質問されるべきでしたね。

googleで探した解説ページ（頭から3段落くらいまで）：
http://yoshio.sccs.chukyo-u.ac.jp/courses/applied-statistics/contents/heikinchi-suitei-1.html
用語解説（上のページで意味のわからない単語を調べましょう）：
http://yoshio.sccs.chukyo-u.ac.jp/courses/applied-statistics/glossaries.html

本屋さんや図書館に行ったら，いくらでも平易な統計入門書はありますよ。

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7952.　Re^5: 正診率のConfidence level, interval　Fujimoto K　　2005/10/15 (土) 01:27

すみません。またまた，ご教授願えないでしょうか？
大変申し訳ないのですが，kzkishiさまからいただいた内容をみても，よく分かりません（というかド素人にどうか愛の手を）。
95％confidence intervalsは解決しました。confidence levelとは？
It is often expressed as a percentage. For example, say , then the confidence level is equal to (1-0.05) = 0.95, i.e. a 95% confidence level.
という文からいうと，まさに95%CIとして求めた95％信頼区間の「95％」がconfidence levelという意味ですか！？

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7963.　Re^6: 正診率のConfidence level, interval　kzkishi　　2005/10/16 (日) 10:00

> まさに95%CIとして求めた95%信頼区間の「95%」がconfidence levelという意味ですか！？

そうです。

> 内容をみても，よく分かりません（というかド素人にどうか愛の手を）。

えーっと…もっとはっきり，分からなかったら書籍をご覧下さい，と書くべきでしたか…。
愛情を持っているからこそ，Fujimoto Kさんがド素人でなくなるように，勉強の機会を差し上げたのです。
例えば贅沢をしたがっている人にご飯を奢り続ける事は愛情でしょうか？
仕事したら，と言ってあげる方が愛情だと思います。
今度はきっぱり言いますが，ネットで調べて分からなかったら，書籍を読みましょう。
専門であるとかないとかに関係なく，勉強して損になることはありません。

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