「統計学関連なんでもあり」の過去ログ---018

★ 2遺伝子の組み合わせによって発症しているのか? ★

　71　2遺伝子の組み合わせによって発症しているのか?　　kato　　2002/01/29 (火) 20:02
　　74　Re: 2遺伝子の組み合わせによって発症しているのか?　　ひの　　2002/01/30 (水) 00:03
　　72　Re: 2遺伝子の組み合わせによって発症しているのか?　　マンボウ　　2002/01/29 (火) 21:36
　　　73　Re^2: 2遺伝子の組み合わせによって発症しているのか?　　kato　　2002/01/29 (火) 22:04

71.　2遺伝子の組み合わせによって発症しているのか?　　kato　　2002/01/29 (火) 20:02

こんばんわ。相互関係を検定する方法について教えてください。

　　　　　　　　　　　　遺伝子A
　　　　　　　　　　タイプ1　タイプ2
　　　　タイプ1　　　11　　　　9
遺伝子B
　　　　タイプ2　　　10　　　　4　　　　　（数字は個体数です）

ある病気を発症する患者集団の2つの遺伝子のタイプを調べたところ上のような組み合わせになりました（遺伝子Aのタイプ1と遺伝子Bのタイプ1を持つ患者は11人，・・・ということです）。
この組み合わせから遺伝子Aのタイプ1と遺伝子Bのタイプ1両方をもてばその病気を発症するかどうか知りたいのです。つまり遺伝子Aのタイプ1と遺伝子Bのタイプ1両方をもつ人たちは他の組み合わせにたいして多いのかを知りたいです。
よい検定方法とできたら計算方法も教えてください。
よろしくおねがいします。

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74.　Re: 2遺伝子の組み合わせによって発症しているのか?　　ひの　　2002/01/30 (水) 00:03

> 　　　　　　　　　　　　遺伝子A
> 　　　　　　　　　　タイプ1　タイプ2
> 　　　　タイプ1　　　11　　　　9
> 遺伝子B
> 　　　　タイプ2　　　10　　　　4

　これでは発症者の中に占める各遺伝子型の割合しかわからないので，これだけでは遺伝子と病気の関連について解析することはできません。集団中（発祥の有無関係なしのサンプル）の各遺伝子型の存在比が分かっていないと関連を検定できません。

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72.　Re: 2遺伝子の組み合わせによって発症しているのか?　　マンボウ　　2002/01/29 (火) 21:36

この場合は，以下のように考えるのがいいのでしょうか?

　11　　　　10　　　　　9　　　　　4
A+B+　　A+B-　　A-B+　　A-B-

そして，A+B+の11が他と比べて多いと...
どれくらいなら多いとしましょうか?
例としてあげられたものでは，
A+B+やA+B-やA-B+はだいたい同じで，A-B-に比べれば2，3倍というところでしょうか。
この種の問題は，適合度の検定ということで，ある理論分布があって，観測された度数分布がその理論分布からはずれているかどうかということを取り扱います。よく例に挙げられるのはメンデルの法則の問題で，F1の形質が9:3:3:1に従うかどうかなどという例（たぶん架空例でしょうが(^_^)）が挙げられるようです。

今の場合，理論分布はどんなものでしょうね。

一番プリミティブな理論分布は，全部同じという分布です。
挙げられた例では，全てのカテゴリーに25%ずつ該当ということで，みんな等しいということになりますが。

http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/GoodnessOfFitness/nominalscale.html
などが参考になるか...

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73.　Re^2: 2遺伝子の組み合わせによって発症しているのか?　　kato　　2002/01/29 (火) 22:04

ありがとうございます，マンボウさん。助かりました。
まだ勉強をはじめたばかりなもので，自分の頭のなかで整理ができていませんでした。初歩的な質問で申し訳ありませんでした。
たしかにメンデル遺伝の場合とかぶってきますね。
リンクしていただいたHP，参考にさせていただきます。
またなにかありましたらよろしくおねがいします。

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