「統計学関連なんでもあり」の過去ログ---018

★ 類似度の検定 ★

　40　類似度の検定　　Ryo　　2002/01/27 (日) 02:07
　　45　Re: 類似度の検定　　ひの　　2002/01/27 (日) 19:04
　　　46　Re^2: 類似度の検定　　Ryo　　2002/01/27 (日) 21:58
　　　　69　Re^3: 類似度の検定　　ひの　　2002/01/29 (火) 19:21
　　　　48　Re^3: 類似度の検定　　青木繁伸　　2002/01/28 (月) 10:12
　　　　47　Re^3: 類似度の検定　　ひの　　2002/01/28 (月) 05:19
　　41　Re: 類似度の検定　　青木繁伸　　2002/01/27 (日) 10:28

40.　類似度の検定　　Ryo　　2002/01/27 (日) 02:07

私は細菌の構成，どのような細菌がどれくらいいるか，を研究しています。そして以下のようなこと行いたいと思っています。ご助言お願いします。
Aというところから5つの検体をとりだして細菌の構成を調べ，Bというところからも同じように5つの検体をとりだして調べます。結果，Aというところからとりだした5検体の細菌の構成は似ているけれど，この5検体の構成はBからとりだした5検体の細菌の構成とは似ていない，または似ている。
ということを統計的に検定したいのです。以前このHPで類似度について教えていただいたので全検体間の類似度を算出しました。この類似度を用いて検定できないでしょうか?説明がわかりにくくて申し訳ありませんがよろしくお願いします。

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45.　Re: 類似度の検定　　ひの　　2002/01/27 (日) 19:04

類似度の算出のし方によりますね。2つの検体間で類似度を算出しているのか。5つの検体全体で類似度の値が一つ出てくるのか。5つの検体でも全部まとめた10の検体でも検体数の影響を受けないような度の算出が可能なら，permutation test の考え方で検定できると思います。
いずれにしても検定統計量をどうするかを決めないと方針が定まりませんね。

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46.　Re^2: 類似度の検定　　Ryo　　2002/01/27 (日) 21:58

青木様，ひの様わかりにくい説明のなかいろいろ考えていただきましてありがとうございます。まず，細菌の数ですが私が用いている方法では最高でも50くらいにしかなりません，データとしてはAから抽出した「1」という検体にはa:50，b:20，c:15で同じくAから抽出した「2」という検体にはa:50，b:15，c:20でという形でまとめています。
類似度は実験で使用した全検体間で算出しました。例えば，Aの「1」と「2」，「1」と「3」，・・・Aの「1」とBの「1」，Aの「1」とBの「2」という形で全検体の間で算出しましたので類似度の値としては同じA群の中で同一検体どうしの100%をのぞく20個，A群の検体とB群の検体どうしの25個，B群の検体どうしの20個，B群の検体とA群の検体の25個で合計90個の類似度の値があります。この値を用いては検定できないでしょうか?またまたわかりにくい説明ですがよろしくお願いします。

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69.　Re^3: 類似度の検定　　ひの　　2002/01/29 (火) 19:21

> 類似度は実験で使用した全検体間で算出しました。例えば，Aの「1」と「2」，「1」と「3」，・・・Aの「1」とBの「1」，Aの「1」とBの「2」という形で全検体の間で算出しましたので類似度の値としては同じA群の中で同一検体どうしの100%をのぞく20個，A群の検体とB群の検体どうしの25個，B群の検体どうしの20個，B群の検体とA群の検体の25個で合計90個の類似度の値があります。この値を用いては検定できないでしょうか?またまたわかりにくい説明ですがよろしくお願いします。

　類似度によってクラスター分析をして，A，Bがそれぞれ別個のクラスターとしてまとまることを示せばよいのではないでしょうか。検定というのとは少し考え方が異なりますが，樹形図に示すと視覚的にも分かりやすいと思います。

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48.　Re^3: 類似度の検定　　青木繁伸　　2002/01/28 (月) 10:12

http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/Cross/differenceofdist.html
にある，分布の差の検定を使って多重比較をするというのはどうでしょうか。

資料全ての組み合わせの数をkとすると,2つの資料の組ごとにk回の検定を行うわけですが，各回の有意水準を α/k として検定を行います（ボンフェローニの方法）。

ボンフェローニの方法については，あまりお勧めはできないですが。
それ以外の方法は，私にはわかりません。

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47.　Re^3: 類似度の検定　　ひの　　2002/01/28 (月) 05:19

> 類似度は実験で使用した全検体間で算出しました。例えば，Aの「1」と「2」，「1」と「3」，・・・Aの「1」とBの「1」，Aの「1」とBの「2」という形で全検体の間で算出しましたので類似度の値としては同じA群の中で同一検体どうしの100%をのぞく20個，A群の検体とB群の検体どうしの25個，B群の検体どうしの20個，B群の検体とA群の検体の25個で合計90個の類似度の値があります。この値を用いては検定できないでしょうか?またまたわかりにくい説明ですがよろしくお願いします。

そういうふうにすると，各類似度の値が互いに独立でなくなるので取り扱いが難しくなると思います。

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41.　Re: 類似度の検定　　青木繁伸　　2002/01/27 (日) 10:28

細菌数ということになると，その数はかなり大きくなるのでしょうね。

分布の差の検定（独立性の検定）でもいいとは思うのですが，数が大きいとほとんど有意になってしまうでしょうが。

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