「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 046

No.20948　時間依存共変量のLogrank検定　　【SIM】　2014/03/17(Mon) 08:51

質問させて下さい。

ある内服薬とイベント発生との相関関係を調べたいのですが，この内服薬はオン/オフの頻度がそれなりにあります。
そこで，内服の有無を時間依存共変量として，データを用意しました。

このデータをまずLogrank検定しようと，
　survdiff(Surv(start, end, event)~x, ...)
と解析すると，「Right censored data only」とエラーが出て，解析できませんでした。

しかし，同じデータを用いて，
survfit(Surv(start, end, event)~x, ...)
coxph(Surv(start, end, event)~x, ...)
とkm曲線を描いたり，単変量cox回帰を行うと，解析が実行され，結果が得られます。
cox回帰の結果の中には，Logrankのスコアも記載されています。

・どうしてsurvdiffだけエラーになるのか，わかりませんでした。ご助言をいただけないでしょうか。
・cox回帰の結果に入っているLogrankのスコアは，参考にして良いのでしょうか？

よろしくお願いいたしいます。

No.20949　Re: 時間依存共変量のLogrank検定　　【taipapa】　2014/03/17(Mon) 13:20

coxphのscoreは，log rankとほぼ同一と考えて良いようですが，微妙な違いが有るようです．
下記のページが参考になると思います．．
https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2009-August/207021.html

＃エラーメッセージが出るときは，そのメッセージでググればR-helpの何処かに答えがあることが多いです．

No.20950　Re: 時間依存共変量のLogrank検定　　【SIM】　2014/03/17(Mon) 15:27

迅速なお返事ありがとうございます。ページ読ませていただきました。cohphのスコアで代用します。

No.20951　Re: 時間依存共変量のLogrank検定　　【青木繁伸】　2014/03/18(Tue) 23:42

> どうしてsurvdiffだけエラーになるのか，わかりませんでした。ご助言をいただけないでしょうか。

ソースプログラムを読む，あるいは更に，debug 関数でデバッグモードにして関数の実行をトレースする。
エラーが起こるといわれるあなたのデータが提示されていないので，第三者にはエラーの原因はわからない。もしかしたら，関数の使い方が不適切なのかも分からないし。