「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 046

No.20749　Rで繰り返し解析結果を出力する方法　　【赤岳】　2014/01/20(Mon) 18:21

お世話になっております。
自力で何とかしようとしましたが，うまくいきません。どうか教えてください。
Fisherを無数に行いたいのですが，それをうまく表にできません。
対象全例 180 190
a 32 40
b 47 54
c 16 23
d 7 14
e 6 13
f 11 18
g 37 44
h 31 38
というデータがi,j,k・・・と続きます。
次のようにプログラムすると，
> dat<-read.csv("dataA.csv")
> for (i in 1:11){
+ a<-c(dat[i,2], 180-dat[i,2])
+ b<-c(dat[i,3], 190-dat[i,3])
+ p<-fisher.test(data.frame(a,b))
+ Pvalue<-p$p.value
+ print(data.frame(dat[i,],Pvalue))
}
とすると
X D P Pvalue
1 a 32 40 0.4343566
X D P Pvalue
2 b 47 54 0.6418937
X D P Pvalue
3 c 16 23 0.3973988
X D P Pvalue
(省略）
余計な，ラベル（2行以下のX,D,P,Pvalue)がどうしても付いてきてしまいます。
スマートに，
X D P Pvalue
1 a 32 40 0.4343566
2 b 47 54 0.6418937
3 c 16 23 0.3973988
（省略）
というようにするにはどうすればよいのでしょうか。
また，この結果をExcelに落としたいのですが，
> write.table(???, file="clipboard", sep="\t", row.names=FALSE)
???の部分は，どのように記載すればよいのでしょうか。

初歩的な質問で申し訳ございません。

No.20750　Re: Rで繰り返し解析結果を出力する方法　　【青木繁伸】　2014/01/20(Mon) 18:47

あなたのプログラムを生かすなら，以下のようにすればよい。
for (i in 1:11) {
	a <- c(dat[i, 2], 180 - dat[i, 2])
	b <- c(dat[i, 3], 190 - dat[i, 3])
	p <- fisher.test(data.frame(a, b))
	dat[i, 4] <- p$p.value
	# print(data.frame(dat[i,],Pvalue))
}
colnames(dat)[4] <- "Pvalue"
dat
結果は
  X  D  P    Pvalue
1 a 32 40 0.4343566
2 b 47 54 0.6418937
3 c 16 23 0.3973988
4 d  7 14 0.1799453
5 e  6 13 0.1590288
6 f 11 18 0.2508783
  :
のようなデータフレームになる

> また，この結果をExcelに落としたいのですが，
> > write.table(???, file="clipboard", sep="\t", row.names=FALSE)
> ???の部分は，どのように記載すればよいのでしょうか。

dat がデータフレームなので，
wite.table(dat, file="エクセルのファイル名", row.names=FALSE)
でしょう？

No.20751　Re: Rで繰り返し解析結果を出力する方法　　【赤岳】　2014/01/20(Mon) 19:17

青木先生，
いつもご指導ありがとうございます。
できました！
赤岳