「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 046

No.20103　PLS-DAについて　　【やま】　2013/07/25(Thu) 17:30

こんにちは。
やまと申します。

PLS-DAのスコアプロットに関して質問があります。

現在，caretパッケージのplsda関数を使用して解析を行っています。
この関数により，Loadingは求めることができたのですが，スコアを求めることができません。テストとしたデータのスコアは，どのように算出されるのでしょうか。

よろしくお願い致します。

No.20104　Re: PLS-DAについて　　【青木繁伸】　2013/07/25(Thu) 17:47

使ったことないけど，plsda が返すオブジェクトを str でみると，scores 要素なんでは？
> set.seed(4649)
> (x <- matrix(sample(100, 12, replace=TRUE), 4))
     [,1] [,2] [,3]
[1,]   96   76   21
[2,]   85   10   48
[3,]    3   71   19
[4,]   73   75   98
> (y <- factor(c(1,1,2,2)))
[1] 1 1 2 2
Levels: 1 2
> ans <- plsda(x, y, ncomp=2, probMethod="Bayes")
> ans$scores
     Comp 1    Comp 2
1 -26.72900 -22.19605
2 -38.32675   2.31466
3  45.27848 -35.20478
4  19.77727  55.08616
attr(,"class")
[1] "scores"
scores 関数で取り出すこともできるようだ。
> scores(ans)
     Comp 1    Comp 2
1 -26.72900 -22.19605
2 -38.32675   2.31466
3  45.27848 -35.20478
4  19.77727  55.08616
attr(,"class")
[1] "scores"
答えが分かっているデータを分析してみると，確証が得られますね。（というか，そうでなければ，安心して使えませんが）

No.20106　Re: PLS-DAについて　　【やま】　2013/07/26(Fri) 06:17

青木先生

早速のご回答ありがとうございます。
また，実例を示していただき，ありがとうございます。
scores関数があるとは，知りませんでした。

PLS-DAは，例題中のyにあたる数値が未知のデータが，1と2のどちらに属するかを判別する手法であると，私は認識しています。引き続き，PLS-DAについて学び，未知データのスコアプロットを作成してみたいと思います。

No.20108　Re: PLS-DAについて　　【青木繁伸】　2013/07/26(Fri) 18:41

plsda と prcomp で，iris データを分析してみました。
このデータセットでは，第1主成分の寄与率が90%以上もあるので，両者よく似た結果になりますね。
で，scores でよさそうです。
ans.plsda <- plsda(iris[, 1:4],  iris[,5], ncomp=2, probMethod="Bayes")
ans.prcomp <- prcomp(iris[, 1:4], ncomp=2)
layout(matrix(1:2, 2))
old <- par(mar=c(3, 3, 1.5, 0.5), mgp=c(1.6, 0.6, 0))
plot(scores(ans.plsda), col=rep(1:3, each=50), main="plsda")
plot(-ans.prcomp$x, col=rep(1:3, each=50), main="prcomp")
par(old)

No.20110　Re: PLS-DAについて　　【やま】　2013/07/28(Sun) 13:49

青木先生

ご返信ありがとうございます。
主成分分析との比較まで示していただき，大変助かります。
確かに，大変よく似たグラフですね。

現在は，スコアがどのように計算できるかやcomponent2は，どのような意味を持つかなど，式や細かい点について，PLS-DAを知らない人に説明できるように勉強をしています。

ありがとうございました。
大変お世話になりました。