「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 044

No.15031　Kaplan-Meyer法の平均と標準誤差を表示させる方法　　【ねずみふぐ】　2011/07/28(Thu) 15:41

いつもお世話になっています。
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/km-surv2.htmlを参考に，Kaplan-Meyer法のsurvfitを実行したのですが平均（rmean）と標準誤差（se(rmean)）が表示されません。
どうすれば参考サイトのようにR上で結果を得ることができるのでしょうか。

以下，私のデータセットと実行結果を添付します。
よろしくお願い致します。

> library(survival)
 要求されたパッケージ splines をロード中
> group <- c(1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1)
> event <- c(1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,1,1,0,1)
> time <- c(12,12,0,84,48,60,12,96,0,60,72,72,24,72,72,48,12,72,36,120,72,72,0,60,60,36,60)
> a.group <- group == 1
> dat <- Surv(time[a.group], event[a.group])
> res <- survfit(dat~1)
> res
Call: survfit(formula = dat ~ 1)

      n  events  median 0.95LCL 0.95UCL 
     27      22      60      60      72

No.15032　Re: Kaplan-Meyer法の平均と標準誤差を表示させる方法　　【青木繁伸】　2011/07/28(Thu) 17:12

survfit はだいぶ前に改訂がありました。そのときに rmean， se(rmean) が出力されなくなったようです。少なくとも R 2.8.0 では出力されていました。

今のバージョンで，rmean を出力するのは以下のようにするようです。
> library(survival)
> group <- c(1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1)
> event <- c(1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,1,1,0,1)
> time <- c(12,12,0,84,48,60,12,96,0,60,72,72,24,72,72,48,12,72,36,120,72,72,0,60,60,36,60)
> a.group <- group == 1
> dat <- Surv(time[a.group], event[a.group])
> res <- survfit(dat~1)
> res
Call: survfit(formula = dat ~ 1)

records   n.max n.start  events  median 0.95LCL 0.95UCL 
     27      27      27      22      60      60      72 
> print(res, print.rmean=TRUE)
Call: survfit(formula = dat ~ 1)

   records      n.max    n.start     events     *rmean *se(rmean) 
     27.00      27.00      27.00      22.00      58.26       5.95 
    median    0.95LCL    0.95UCL 
     60.00      60.00      72.00 
    * restricted mean with upper limit =  120
より詳しくは，? print.survfit をご覧ください。
This option is provided mainly for backwards compatability, as this estimate was the default (only) one in earlier releases of the code.
などと書かれております。その他の選択肢についても。

別法としては，事前に options(survfit.rmean="common") などと設定しておけば，print 関数を使わないで，単に res としても，同じ結果が得られます。

No.15040　Re: Kaplan-Meyer法の平均と標準誤差を表示させる方法　　【ねずみふぐ】　2011/07/29(Fri) 13:20

教えていただき助かりました。ありがとうございます。
確認したところ，私が使っていたRも古いバージョン（R 2.8.1）でした。
最新版（R 2.13.1）をインストールして，教えていただいたとおり入力したところ，無事同じ結果を得ることができました。
バージョンもこまめにチェックしなければなりませんね。反省しました。

今後ともどうぞよろしくお願い致します。
本当に助かりました。ありがとうございます。