「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 043

No.13282　数量化I類の関数の引数について　　【Minami】　2010/08/18(Wed) 16:43

こんにちは。Rの関数の数量化I類の使用法について質問です。
データフレームとしてファイルから読み出したデータがあります。

dat <- read.table("sample.dat", sep="\t", header=TRUE)

x1	x2	y
1	1	9.3
1	2	7.6
1	2	11.9
1	2	12.4
1	3	14.7
2	1	17.7
2	1	10.4
2	1	19.8
2	2	21.1
2	3	15
2	3	20.5
3	1	23.6
3	2	27.4
3	3	31.2
3	3	33.4

使用法は下記の通りです。
qt1(dat, group, func.name=c("solve"))

判別分析（線形判別関数）
disc(data, group, func.name=c("solve"))
は，
result <- disc(dat[1:9], dat[10], func.name=c("solve"))
のように引数を指定すれば使用できるのですが，

数量化I類ではエラーになります。
エラー： all(sapply(dat[, 1:ncat], is.factor)) is not TRUE

データフレームの場合の引数の指定の仕方について教えてください。お願いします。

No.13283　Re: 数量化I類の関数の引数について　　【青木繁伸】　2010/08/18(Wed) 17:14

http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/qt1.html
において，引数の説明として，
dat         データ行列またはデータ・フレーム
            行がケース，列が変数。すべて factor であること
と書いてあります。

エラー： all(sapply(dat[, 1:ncat], is.factor)) is not TRUE

とは，不親切なエラーメッセージですけど，dat[, 1:ncat] に is.factor 関数で，全部 factor かと聞いたところ，「いいえ，factor じゃないです」となるので，stop する訳です。
取りあえず示された，15行3列のデータフレームで動かすには，まず，1，2列目を factor にしないといけません。やり方はいろいろありますけど，簡単のために for をつかって。
> for (i in 1:2) dat[,i] <- factor(dat[,i]) # 独立変数を factor にする
> a <- qt1(dat[,1:2], dat[,3])
> summary(a)
$coefficients
       カテゴリースコア
x1.1           -7.29083
x1.2           -0.54708
x1.3            9.93417
x2.1           -2.44042
x2.2            0.17708
x2.3            2.26333
定数項         18.40000

$partial
   偏相関係数   t 値       P 値
x1    0.92076 8.1757 3.0081e-06
x2    0.56428 2.3677 3.5551e-02

$prediction
    観察値  予測値     残差
#1     9.3  8.6687  0.63125
#2     7.6 11.2862 -3.68625
#3    11.9 11.2862  0.61375
#4    12.4 11.2862  1.11375
#5    14.7 13.3725  1.32750
#6    17.7 15.4125  2.28750
#7    10.4 15.4125 -5.01250
#8    19.8 15.4125  4.38750
#9    21.1 18.0300  3.07000
#10   15.0 20.1163 -5.11625
#11   20.5 20.1163  0.38375
#12   23.6 25.8938 -2.29375
#13   27.4 28.5113 -1.11125
#14   31.2 30.5975  0.60250
#15   33.4 30.5975  2.80250

attr(,"class")
[1] "qt1"
そういうことでよろしく。

No.13284　Re: 数量化I類の関数の引数について　　【Minami】　2010/08/18(Wed) 17:26

早速のお返事ありがとうございます。
少し分かりました。ゆっくり考えてみます。
ありがとうございました。