No.07388　2元配置のデータにおける対照群との比較　　【院生】　2008/08/15(Fri) 15:18

統計学のテキストを色々と調べてみましたが，どうしても適切な手法が見つからなかったので，こちらでご相談させていただきます。

一 変数の場合，対照群と各処理群との差の有意性の検定は，Dunnettの検定を用いるケースですが，二変数の場合に，これに相当する検定法は存在するので しょうか？具体的には，対照株と変異株5種を4種類の異なる培地で培養した場合に，「突然変異」と「培地」が成長速度に与える影響を評価したい，という ケースです。

アドバイスを頂けると助かります。よろしくお願いします。
No.07390　Re: 2元配置のデータにおける対照群との比較　　【青木繁伸】　2008/08/15(Fri) 15:24

glm などをやる方がいいかもしれない。

古典的には二元配置分散分析をやった上で（対照群は変異群と同じ要因の一水準とする），下位検定を行う
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/TwoWayANOVA/TwoWay.html
No.07391　Re: 2元配置のデータにおける対照群との比較　　【院生】　2008/08/15(Fri) 16:04

お返事ありがとうございます。

続けての質問で申し訳ないのですが，もう2点ほどお願いします。

glmを行うにしても，「株」と「培地」（とその交互作用項）を用いたモデルにする場合，2元配置分散分析と状況は変わらず，下位検定はその後でする必要があると思うのですが，それを回避できるようなモデリングの方法があるのでしょうか？

また，下位検定を行う場合には，
1.「株」が有意な効果を持たなければ検定終了
2.「株」のみが有意な効果を持った場合には，培地については平均したデータで株に関してDunnett検定
3. 交互作用項が有意で，「株」も有意であれば，培地ごとに株についてDunnett検定
というように考えればよいのでしょうか？
No.07392　Re: 2元配置のデータにおける対照群との比較　　【青木繁伸】　2008/08/15(Fri) 17:55

有意か有意じゃないかみたいな話より，変異群は対照群に比べて何倍とかの話の方が楽しいと思いますけどね。
No.07393　Re: 2元配置のデータにおける対照群との比較　　【院生】　2008/08/15(Fri) 18:39

これは，

glmを用いれば，下位検定を行わずに済むようなモデリングの方法は無い（というか一般的ではない）と解釈してよいのでしょうか。

下位検定についても，上記のようなロジックで，一応間違いではないと考えてよいのでしょうか。

>有意か有意じゃないかみたいな話より，変異群は対照群に比べて何倍とかの話の方が楽しいと思いますけどね。

こ れは，つくづくそう思います。統計学的に有意な差が，必ずしも生物学的に意味が在る差ではない（特にサンプルサイズが大きい場合）訳ですが，それでも，統 計学的に有意でないものを生物学的に解釈するのはご法度というルールからすれば，下位検定を行う場合にも，モデル内で有意な変数に応じて検定法を変えると いうのが妥当な気がするのですが...。このような方法の妥当性はいかがなものなのでしょうか？
No.07394　Re: 2元配置のデータにおける対照群との比較　　【青木繁伸】　2008/08/15(Fri) 21:28

glm であっても，各水準の係数と標準誤差が出ているので，係数の差の検定は出来るでしょう（ちゃんと多重性の調整をしてやればよいこと）
実験系についての記述がないので詳細は分からないが，繰り返しなしの実験系なら，変異群と対照群間の差についても有意とは言えないという結果が得られがちでは。
か といって，もしものすごい数の繰り返しが行われているならほんのちょっとした差でも有意になるかも知れず。やはり，言うまでもないことではあるが，何を 持って実質的に差があるかをまず明らかにしておくということが重要。その上で，その差が「統計的にも」有意であるというべきでしょう。
同じ生物学系といっても，いろいろな流派があるのかなあと思ったりします。
No.07398　Re: 2元配置のデータにおける対照群との比較　　【とおりがかり】　2008/08/17(Sun) 14:47

院生さんは具体的な質問項目を箇条書きにして質問しているのに，青木先生がそれに直接回答をしていないのが不思議な感じがするのですが...。

>glm

青木先生はglmで，とおっしゃっていますが，院生さんの指摘の通り，glmにしても，二元分散分析にしても，下位検定を行わなくてはいけないという点では同じでしょう。

>glm であっても，各水準の係数と標準誤差が出ているので

この部分は，使用している統計ソフトと手法に依存すると思うので，どのようなソフトを用いるとそのような出力が得られるのかをしめされてはいかがでしょうか？

>下位検定を行う場合

Dunnett検定を行うにしろ，青木先生の示されている係数と標準誤差を用いた手法にしろ，院生さんの示されている手順で問題ないように思います。
No.07405　Re: 2元配置のデータにおける対照群との比較　　【青木繁伸】　2008/08/18(Mon) 07:31

そうですか。。【院生さん】，私には分からないので，他の人のフォローを期待しましょう。

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