★ Rのメモリーエラーについて ★

8183. Rのメモリーエラーについて 小山 2005/11/04 (金) 20:51
├8231. Re: Rのメモリーエラーについて 韮澤 2005/11/07 (月) 11:56
└8184. Re: Rのメモリーエラーについて 青木繁伸 2005/11/04 (金) 21:25


8183. Rのメモリーエラーについて 小山  2005/11/04 (金) 20:51
主成分分析を用いた研究を行っている大学4年小山と申します。
変数15000,サンプル300のデータを主成分分析にか けたいと考えています。これは正定値行列が求められないです。そこで,研究では各値がばらけるようにすることが目的の為,転置を行って,変数300,サン プル15000のデータでPCAを利用します。(合成変数は減らしません。)
今統計ソフトRを利用したのですが,データ数が大きい為

エラー:サイズ34311kbのベクトルを割り当てることができません

というエラーが発生します。どのようにしたら問題が解決できるでしょうか。最大限Rにメモリを利用させるにはどうしたらいいでしょうか?
どなた樣かご助言頂けると幸いです。

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8231. Re: Rのメモリーエラーについて 韮澤  2005/11/07 (月) 11:56
あいまいな答えですいませんが,WindowsXPなどには,ひとつのアプリケーションに割り当て可能なメモリ量が決まっていて,それを超えて使いたい時は,何かおまじないがある,という話を聞いた様な・・・
学生さんでしたら,近くに,そういう事に詳しそうな人はいませんか?

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8184. Re: Rのメモリーエラーについて 青木繁伸  2005/11/04 (金) 21:25
私は Macintosh ですが,

x <- matrix(runif(15000*300),15000,300)
princomp(x)



prcomp(x)

も,解を出力してくれましたが(解の妥当性などは見てませんが)

プラットフォームは何でしょうか。

たとえば Mac でも,コマンドラインからの起動は可能で,そのときには,ワークスペースも確保できるようです。
ウインドウズはどうなんでしょうね。


> R --help

Usage: R [options] [< infile] [> outfile]
or: R CMD command [arguments]

Start R, a system for statistical computation and graphics, with the
specified options, or invoke an R tool via the 'R CMD' interface.

Options:
-h, --help Print short help message and exit
--version Print version info and exit
--encoding=enc Specify encoding to be used for stdin
RHOME Print path to R home directory and exit
--save Do save workspace at the end of the session
--no-save Don't save it
--no-environ Don't read the site and user environment files
--no-site-file Don't read the site-wide Rprofile
--no-init-file Don't read the .Rprofile or ~/.Rprofile files
--restore Do restore previously saved objects at startup
--no-restore-data Don't restore previously saved objects
--no-restore-history Don't restore the R history file
--no-restore Don't restore anything
--vanilla Combine --no-save, --no-restore, --no-site-file,
--no-init-file and --no-environ
--no-readline Don't use readline for command-line editing
--min-vsize=N Set vector heap min to N bytes; '4M' = 4 MegaB
--max-vsize=N Set vector heap max to N bytes;
--min-nsize=N Set min number of cons cells to N
--max-nsize=N Set max number of cons cells to N
--max-ppsize=N Set max size of protect stack to N
-q, --quiet Don't print startup message
--silent Same as --quiet

以下略

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