「統計学関連なんでもあり」の過去ログ---016

★ 分離可能な多元不完備表の分析 ★

　266　分離可能な多元不完備表の分析　　Taku　　2001/11/22 (木) 20:02
　　281　Re: 分離可能な多元不完備表の分析　　sb812109　　2001/11/24 (土) 11:22
　　　282　Re^2: 分離可能な多元不完備表の分析　　Taku　　2001/11/24 (土) 13:53
　　　　293　Re^3: 分離可能な多元不完備表の分析　　sb812109　　2001/11/24 (土) 21:23
　　　　　296　Re^4: 分離可能な多元不完備表の分析　　Taku　　2001/11/25 (日) 14:20
　　　　　　297　Re^5: 分離可能な多元不完備表の分析　　sb812109　　2001/11/25 (日) 22:17
　　　　　　　308　Re^6: 分離可能な多元不完備表の分析　　Taku　　2001/11/26 (月) 16:57
　　　　　　　　309　Re^7: 分離可能な多元不完備表の分析　　sb812109　　2001/11/26 (月) 17:48
　　　　　　　　　314　Re^8: 分離可能な多元不完備表の分析　　Taku　　2001/11/27 (火) 13:29

266.　分離可能な多元不完備表の分析　　Taku　　2001/11/22 (木) 20:02

はじめて投稿させていただきます．このページを見て勉強させていただいています．ありがとうございます
植裁した3種の植物の生存率を比較しようとしています
各種15親から種子を集め（１親あたりの種子数はバラバラ）8つの反復を作り，それらを8つのコドラートにランダムに配列して播種しました
１親あたりの種子数が違うので，３種の生存率を比較するのには，log-liner modelを用いて（生死）・（種）・（親）・（反復）の４元分割表による解析をすべきと考ました．
　しかし，（種）と（親）はクロスしていないので（種Aの親と種Bの親が同一のことがありえず，（親）と（種）は入れ子構造になっている），この表は分離可能な不完備表となります．（松田1988）p153では，分離可能な不完備表は各部分表毎に検定を行うと書かれているので，
　”3種毎の部分表に分けて，（生死）・（種）・（親）・（反復）の４つ交互作用まで含めたlog-liner modelを用いて検定する”
と考えてよいのでしょうか？（少し変な気がしますが？；まだ，p153-154の分離可能性と選択すべきモデルの関係がよくわかっていません）．よろしくお願いします

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281.　Re: 分離可能な多元不完備表の分析　　sb812109　　2001/11/24 (土) 11:22

目的変数は何ですか。
Log-linear modelを用いるのですから何らかの個数なのでしょうが、
播種から何らかのevent（発芽、枯死等）までの時間（日数等）は
記録していますか。

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282.　Re^2: 分離可能な多元不完備表の分析　　Taku　　2001/11/24 (土) 13:53

コメントありがとうございます
目的変数は，（生死），説明変数は，（種）・（親）・（反復）です．
播種から1 年半調査し，約２～４ヶ月おきに6回，発芽，枯死，実生の高さ等を記録しています
発芽していない種子は，１年半後の最後の調査で一部を掘り起こして，これらの種子はすべて死亡していることを確認しました
すなわち，それまでは発芽していない種子の生死はわかりません

> 目的変数は何ですか。
> Log-linear modelを用いるのですから何らかの個数なのでしょうが、
> 播種から何らかのevent（発芽、枯死等）までの時間（日数等）は
> 記録していますか。

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293.　Re^3: 分離可能な多元不完備表の分析　　sb812109　　2001/11/24 (土) 21:23

目的変数の（生死）は（発芽の有無）で代用することが可能のようですね。
種子１個づつの発芽の有無はベルヌーイ試行と考えることができますので、
ロジスティック回帰分析で対応できると思います。説明変数は（種）、
（親）、交絡因子を（コドラート）とし、交互作用もモデルに組み込めば
いいと思います。勿論、発芽個数を目的変数とし、Log-linear回帰でも全
く構わないと思います。

> 分離可能な不完備表は各部分表毎に検定を行う

１つの実験系として計画され、それに基づいてrandomizationも行われてい
るのでしょう？データの収集が終わった時点で、３つの実験として独立に
解析をしてもいいものでしょうか？

”分離可能な”の意味もよく判りませんし、また、何故、１つの実験として
解析できないのかがよく判りません。

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296.　Re^4: 分離可能な多元不完備表の分析　　Taku　　2001/11/25 (日) 14:20

> ロジスティック回帰分析で対応できると思います。説明変数は（種）、（親）、交絡因子を（コドラート）とし、交互作用もモデルに組み込めいいと思います。勿論、発芽個数を目的変数とし、Log-linear回帰でも全く構わないと思います。
対数線形モデルで，（種）・（親）で存在しない組み合わせは”構造的0”として解析すればいいということですね（手元にあるSTATISTICAでできるので）．
実は，親あたり１コドラートに１～数個体しかない親があるのですが，このケースでカイ２乗の検定を行うには厳しいように思っていました
対策として，（コドラート）を変数として使わず，8コドラートを１つにプールして解析する方がよいのでしょうか
> ”分離可能な”の意味もよく判りませんし、また、何故、１つの実験として解析できないのかがよく判りません。
私も，同じことを考え変だと思い，思い切ってこのメーリングリストを使わせていただきました．（松田1988）の”質的情報の多変量解析”によると，対数線形モデルの不完備表（今回のケースはそうなりますよね）では，分離可能かどうかを検討し，分離可能なら各部分表を別々に解析しなさいとのことでしたので，，，

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297.　Re^5: 分離可能な多元不完備表の分析　　sb812109　　2001/11/25 (日) 22:17

>（コドラート）を変数として使わず，8コドラートを１つにプールして
> 解析する方がよいのでしょうか

コドラート（調査枠だそうですね）、毎に条件が違う為、発芽に差がで
るのだと思いますが、、、。このコドラートの違いによる発芽率の差を
制御する為に、無作為に播種しているのではないのですか？

Randomizationを行っているのだから、さらに統計学的に調整する必要
はないのかもしれませんが、モデルに入れて仮説の検定に影響を及ぼさ
ないようであれば、削除すればいい話と思います。

コドラートによってサンプル・サイズが小さすぎて不都合が生じるよう
であれば、発芽率にさほど差のないコドラート同士を纏めることは、問
題ないと思います。しかし、１つに纏めると、、、？どの様な解析を考
えているのでしょうか？

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308.　Re^6: 分離可能な多元不完備表の分析　　Taku　　2001/11/26 (月) 16:57

> コドラート（調査枠だそうですね）、毎に条件が違う為、発芽に差がで
> るのだと思いますが、、、。このコドラートの違いによる発芽率の差を
> 制御する為に、無作為に播種しているのではないのですか？

そうです．
まずはコドラートも入れて解析し，コドラートの違いによる
生存率に違いが見られなければ，プールしてみるのがよいということですね．

コメント本当にありがとうございました

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309.　Re^7: 分離可能な多元不完備表の分析　　sb812109　　2001/11/26 (月) 17:48

拘るようですが、１つにプールして解析するとは具体的にどの様に解析
を行うのでしょうか？

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314.　Re^8: 分離可能な多元不完備表の分析　　Taku　　2001/11/27 (火) 13:29

> 拘るようですが、１つにプールして解析するとは具体的にどの様に解析
> を行うのでしょうか？

コドラートの主効果とコドラートと他の要因（種・親・生死）との２～４次交互作用がなければ
対数線形モデルでコドラートの項を用いないということです（AIC基準，尤度比検定を考慮して）
結局普通の手順でやるということですね
教科書などによると度数ゼロの項が多くなるのはよくないということが
気になっていたのですが
まずは普通にやってみるのがいいということですね

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