★ 分離可能な多元不完備表の分析 ★

 266 分離可能な多元不完備表の分析  Taku  2001/11/22 (木) 20:02
  281 Re: 分離可能な多元不完備表の分析  sb812109  2001/11/24 (土) 11:22
   282 Re^2: 分離可能な多元不完備表の分析  Taku  2001/11/24 (土) 13:53
    293 Re^3: 分離可能な多元不完備表の分析  sb812109  2001/11/24 (土) 21:23
     296 Re^4: 分離可能な多元不完備表の分析  Taku  2001/11/25 (日) 14:20
      297 Re^5: 分離可能な多元不完備表の分析  sb812109  2001/11/25 (日) 22:17
       308 Re^6: 分離可能な多元不完備表の分析  Taku  2001/11/26 (月) 16:57
        309 Re^7: 分離可能な多元不完備表の分析  sb812109  2001/11/26 (月) 17:48
         314 Re^8: 分離可能な多元不完備表の分析  Taku  2001/11/27 (火) 13:29


266. 分離可能な多元不完備表の分析  Taku  2001/11/22 (木) 20:02
はじめて投稿させていただきます.このページを見て勉強させていただいています.ありがとうございます
植裁した3種の植物の生存率を比較しようとしています
各種15親から種子を集め(1親あたりの種子数はバラバラ)8つの反復を作り,それらを8つのコドラートにランダムに配列して播種しました
1親あたりの種子数が違うので,3種の生存率を比較するのには,log-liner modelを用いて(生死)・(種)・(親)・(反復)の4元分割表による解析をすべきと考ました.
 しかし,(種)と(親)はクロスしていないので(種Aの親と種Bの親が同一のことがありえず,(親)と(種)は入れ子構造になっている),この表は分離可能な不完備表となります.(松田1988)p153では,分離可能な不完備表は各部分表毎に検定を行うと書かれているので,
 ”3種毎の部分表に分けて,(生死)・(種)・(親)・(反復)の4つ交互作用まで含めたlog-liner modelを用いて検定する”
と考えてよいのでしょうか?(少し変な気がしますが?;まだ,p153-154の分離可能性と選択すべきモデルの関係がよくわかっていません).よろしくお願いします

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281. Re: 分離可能な多元不完備表の分析  sb812109  2001/11/24 (土) 11:22
目的変数は何ですか。
Log-linear modelを用いるのですから何らかの個数なのでしょうが、
播種から何らかのevent(発芽、枯死等)までの時間(日数等)は
記録していますか。

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282. Re^2: 分離可能な多元不完備表の分析  Taku  2001/11/24 (土) 13:53
コメントありがとうございます
目的変数は,(生死),説明変数は,(種)・(親)・(反復)です.
播種から1 年半調査し,約2〜4ヶ月おきに6回,発芽,枯死,実生の高さ等を記録しています
発芽していない種子は,1年半後の最後の調査で一部を掘り起こして,これらの種子はすべて死亡していることを確認しました
すなわち,それまでは発芽していない種子の生死はわかりません

> 目的変数は何ですか。
> Log-linear modelを用いるのですから何らかの個数なのでしょうが、
> 播種から何らかのevent(発芽、枯死等)までの時間(日数等)は
> 記録していますか。

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293. Re^3: 分離可能な多元不完備表の分析  sb812109  2001/11/24 (土) 21:23
目的変数の(生死)は(発芽の有無)で代用することが可能のようですね。
種子1個づつの発芽の有無はベルヌーイ試行と考えることができますので、
ロジスティック回帰分析で対応できると思います。説明変数は(種)、
(親)、交絡因子を(コドラート)とし、交互作用もモデルに組み込めば
いいと思います。勿論、発芽個数を目的変数とし、Log-linear回帰でも全
く構わないと思います。

> 分離可能な不完備表は各部分表毎に検定を行う

1つの実験系として計画され、それに基づいてrandomizationも行われてい
るのでしょう?データの収集が終わった時点で、3つの実験として独立に
解析をしてもいいものでしょうか?

”分離可能な”の意味もよく判りませんし、また、何故、1つの実験として
解析できないのかがよく判りません。

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296. Re^4: 分離可能な多元不完備表の分析  Taku  2001/11/25 (日) 14:20
> ロジスティック回帰分析で対応できると思います。説明変数は(種)、(親)、交絡因子を(コドラート)とし、交互作用もモデルに組み込め いいと思います。勿論、発芽個数を目的変数とし、Log-linear回帰でも全く構わないと思います。
対数線形モデルで,(種)・(親)で存在しない組み合わせは”構造的0”として解析すればいいということですね(手元にあるSTATISTICAでできるので).
実は,親あたり1コドラートに1〜数個体しかない親があるのですが,このケースでカイ2乗の検定を行うには厳しいように思っていました
対策として,(コドラート)を変数として使わず,8コドラートを1つにプールして解析する方がよいのでしょうか
> ”分離可能な”の意味もよく判りませんし、また、何故、1つの実験として解析できないのかがよく判りません。
私も,同じことを考え変だと思い,思い切ってこのメーリングリストを使わせていただきました.(松田1988)の”質的情報の多変量解析”によると,対数線形モデルの不完備表(今回のケースはそうなりますよね)では,分離可能かどうかを検討し,分離可能なら各部分表を別々に解析しなさいとのことでしたので,,,

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297. Re^5: 分離可能な多元不完備表の分析  sb812109  2001/11/25 (日) 22:17
>(コドラート)を変数として使わず,8コドラートを1つにプールして
> 解析する方がよいのでしょうか

コドラート(調査枠だそうですね)、毎に条件が違う為、発芽に差がで
るのだと思いますが、、、。このコドラートの違いによる発芽率の差を
制御する為に、無作為に播種しているのではないのですか?

Randomizationを行っているのだから、さらに統計学的に調整する必要
はないのかもしれませんが、モデルに入れて仮説の検定に影響を及ぼさ
ないようであれば、削除すればいい話と思います。

コドラートによってサンプル・サイズが小さすぎて不都合が生じるよう
であれば、発芽率にさほど差のないコドラート同士を纏めることは、問
題ないと思います。しかし、1つに纏めると、、、?どの様な解析を考
えているのでしょうか?

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308. Re^6: 分離可能な多元不完備表の分析  Taku  2001/11/26 (月) 16:57
> コドラート(調査枠だそうですね)、毎に条件が違う為、発芽に差がで
> るのだと思いますが、、、。このコドラートの違いによる発芽率の差を
> 制御する為に、無作為に播種しているのではないのですか?

そうです.
まずはコドラートも入れて解析し,コドラートの違いによる
生存率に違いが見られなければ,プールしてみるのがよいということですね.

コメント本当にありがとうございました

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309. Re^7: 分離可能な多元不完備表の分析  sb812109  2001/11/26 (月) 17:48
拘るようですが、1つにプールして解析するとは具体的にどの様に解析
を行うのでしょうか?

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314. Re^8: 分離可能な多元不完備表の分析  Taku  2001/11/27 (火) 13:29
> 拘るようですが、1つにプールして解析するとは具体的にどの様に解析
> を行うのでしょうか?

コドラートの主効果とコドラートと他の要因(種・親・生死)との2〜4次交互作用がなければ
対数線形モデルでコドラートの項を用いないということです(AIC基準,尤度比検定を考慮して)
結局普通の手順でやるということですね
教科書などによると度数ゼロの項が多くなるのはよくないということが
気になっていたのですが
まずは普通にやってみるのがいいということですね

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