「統計学関連なんでもあり」の過去ログ---016

★ Similarityについて ★

　19　Similarityについて　　Ryo　　2001/10/26 (金) 16:44
　　21　Re: Similarityについて　　ひの　　2001/10/27 (土) 16:20
　　20　Re: Similarityについて　　青木繁伸　　2001/10/26 (金) 17:14

19.　Similarityについて　　Ryo　　2001/10/26 (金) 16:44

私は京都の大学で大学院生をしているものです。私は微生物の研究を行っていましてサンプル間の菌群構成の類似性をどうにかして数学的、統計的に表すことが出来ないだろうかと考えています。しかしながら統計には皆目うといためどのような方法があるのかすらわかりません。過去の質問のなかでSimilarity Coefficientについての質問があるのを拝見し、回答のアルゴリズムなどを見ましたが皆目分かりません。これはどういった方法なのでしょうか？類似度とうものが算出できるのでしょうか？関連論文ではDice's similarity coefficientという方法を用いて類似度が算出されているようです。類似度算出が出来る方法や、ソフトをご存じの方がおられましたらどうかお願いします。

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21.　Re: Similarityについて　　ひの　　2001/10/27 (土) 16:20

> 私は京都の大学で大学院生をしているものです。私は微生物の研究を行っていましてサンプル間の菌群構成の類似性をどうにかして数学的、統計的に表すことが出来ないだろうかと考えています。

群集生態学て使われる各種の類似度については、以下の本をご参照ください。

生物群集の多変量解析 / 小林四郎著　蒼樹書房

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20.　Re: Similarityについて　　青木繁伸　　2001/10/26 (金) 17:14

http://plantbio.berkeley.edu/~taylor/ftp/dettman2001a.pdf

Dice's similarity coefficient
S=2a/(2a+b+c)
a: the number of RAPD markers shared by the two paired isolates
b, c: the number of markers present only in one of the paired isolates
RAPD: Random amuplified polymorphic DNA

と書いてありますね。電卓があれば計算できます。

ほかには，
http://www.dcs.shef.ac.uk/~piao/Research/Papers/mwu_align4.pdf

Excel で計算するとどうかとか，計算するプログラムがないときは作るのかというのは，別のお話になります。

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