「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 048

No.22465　Ｒ　計算結果オブジェクトからの要素の取り出し　　【明石】　2017/10/29(Sun) 12:33

青木先生，
いつもお世話になり，ありがとうございます，明石と申します。

過日は，表の突合せ処理についてご教示いただき，誠にありがとうございました。
大変に良い勉強をさせていただきました。
改めて御礼を申し上げます。

Rについてお聞きしたいことがでてきました。
ご教示をいただければ，大変に助かります。
何卒どうぞよろしくお願いいたします。

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質問は，計算結果オブジェクトからの要素の取り出しについてです。

Rの書籍に目を通しました，Google先生にもお聞きしましたが，
私の力では解決できないため，青木先生にご教示をいただきたいと思います。

NMFパッケージのマニュアルのexampleを例にご説明します。

#パッケージNMFの読み込み
library(NMF)

# random data
x <- rmatrix(20,10)

# run default algorithm with rank 2
res <- nmf(x, 2)

summary(res)

> summary(res)
            rank sparseness.basis  sparseness.coef  silhouette.coef 
       2.0000000        0.1670822        0.4692352        1.0000000 
silhouette.basis        residuals            niter              cpu 
       1.0000000       13.6810699      440.0000000               NA 
         cpu.all             nrun 
              NA        1.0000000

summary(res)から，以下の6つのスロットの値を取得したいと思います。

rank
sparseness.basis
sparseness.coef
silhouette.coef
silhouette.basis
residuals

resのクラスを確認しました。

> class(res)
[1] "NMFfit"
attr(,"package")
[1] "NMF"

NMFfitクラスということが分かりましたので，マニュアルを参照しました。

> ?NMFfit
http://127.0.0.1:10869/library/NMF/html/NMFfit-class.html

また，スロットの取得もしました。

> slotNames("NMFfit")
 [1] "fit"        "residuals"  "method"     "seed"       "rng"       
 [6] "distance"   "parameters" "runtime"    "options"    "extra"     
[11] "call"       "misc"      
> 
> 
> getSlots("NMFfit")
                fit           residuals              method                seed 
              "NMF"           "numeric"         "character"         "character" 
                rng            distance          parameters             runtime 
              "ANY" ".functionSlotNULL"              "list"         "proc_time" 
            options               extra                call                misc 
             "list"              "list"              "call"              "list"

ここから先がまったく分かりません。

どのようにデータハンドリングすれば，
summary(res)の値を取り出すことができるのか，ご教示いただければ助かります。

rank
sparseness.basis
sparseness.coef
silhouette.coef
silhouette.basis
residuals

お手数をおかけいたします。
何卒どうぞよろしくお願いします。

No.22466　Re: Ｒ　計算結果オブジェクトからの要素の取り出し　　【青木繁伸】　2017/10/29(Sun) 16:09

> a = summary(res)
> a
            rank sparseness.basis  sparseness.coef  silhouette.coef silhouette.basis        residuals 
       2.0000000        0.1547192        0.3082925        1.0000000        1.0000000       11.8603919 
           niter              cpu          cpu.all             nrun 
     440.0000000        0.0940000        0.0940000        1.0000000

で，

> str(a)
 Named num [1:10] 2 0.155 0.308 1 1 ...
 - attr(*, "names")= chr [1:10] "rank" "sparseness.basis" "sparseness.coef" "silhouette.coef" ...

という名前付きのベクトルなので，

> a["rank"]
rank 
   2 
> a["sparseness.basis"]
sparseness.basis 
       0.1547192 
> a[c("residuals", "cpu")]
residuals       cpu 
 11.86039   0.09400

のように，します。当然のことながら「何番目の要素」という指定もできます。

> a[2]
sparseness.basis 
       0.1547192 
> a[10]
nrun 
   1 
> a[7:9]
  niter     cpu cpu.all 
440.000   0.094   0.094

No.22467　【御礼】　Re: Ｒ　計算結果オブジェクトからの要素の取り出し　　【明石】　2017/10/29(Sun) 20:37

青木先生，
いつもお世話になり，ありがとうございます，明石と申します。

大変にありがたいご教示をいただき，誠にありがとうございました。

ご丁寧に，わかりやすく，ご説明をしてくださいましたので，よくわかりました。

先に進めないで苦慮していましたが，仕組みが分かりました。

心から御礼を申し上げます。
ありがとうございました。