「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 048

No.22456　Ｒ　igraphパッケージのクラスタ計算結果の取り出し　　【明石】　2017/10/21(Sat) 15:58

青木先生，
いつもお世話になり，ありがとうございます，明石と申します。

Rについてお聞きしたいことがでてきました。
ご教示をいただければ，大変に助かります。
何卒どうぞよろしくお願いいたします。

-----------

ネットワーク分析の igraph パッケージのクラスタ計算結果の取り出しに苦慮しています。

簡単なネットワークデータを，以下にお示しをします。

node1  node2  weight
2  5  0.03
1  3  0.04
1  4  0.08
3  5  0.20
5  6  0.15
4  7  0.25

このネットワークデータを作成するRスクリプト例です。

edge.list <- matrix( c(2, 5, 1, 3, 1, 4, 3, 5, 5, 6, 4, 7), nrow=6, ncol=2,  byrow=T)

weight <- c(0.03, 0.04, 0.08, 0.20, 0.15, 0.25)

library(igraph)

g <- graph_from_edgelist(edge.list, directed=FALSE)

E(g)$weight <- weight

plot(g)

グラフクラスタリングをします。

cluster_optimal(g)

> cluster_optimal(g)
IGRAPH clustering optimal, groups: 2, mod: 0.46
+ groups:
  $`1`
  [1] 1 4 7
  
  $`2`
  [1] 2 3 5 6

7つのノードは，2つのグループにクラスタリングされることが分かりました。
この結果を，前記プロット図に追記した画像を，添付ファイルにてお示しをします。

以下のQ1，Q2の2つについて，Rプログラムをお示しいただけると，助かります

(Q1)
2つのグループがあり，
1番目のグループには，ノードの 1 4 7
2番目のグループには，ノードの 2 3 5 6
が属することを，どのように取り出せばよいのでしょうか

(Q2)
Q1ができないことから，Q2もできませんが，
クラスタリング結果を以下のデータフレームで整理したいのですが，どのように組み立てすればよいのでしょうか。

node  group
1  1
2  2
3  2
4  1
5  2
6  2
7  1

お手数をおかけいたします。
何卒どうぞよろしくお願いします。。

No.22457　Re: Ｒ　igraphパッケージのクラスタ計算結果の取り出し　　【青木繁伸】　2017/10/21(Sat) 19:27

この分析法については知りませんので，正しい解答か分かりませんが，以下のようにすればお望みの結果になるようですが？
> a = cluster_optimal(g)
> group = a$membership
> node = seq_along(group)
> d = data.frame(node, group)
> d
  node group
1    1     1
2    2     2
3    3     2
4    4     1
5    5     2
6    6     2
7    7     1

No.22458　Re: Ｒ　igraphパッケージのクラスタ計算結果の取り出し　　【明石】　2017/10/21(Sat) 20:50

青木先生，
いつもお世話になり，ありがとうございます，明石と申します。

ありがたいご教示をいただきまして，誠にありがとうございます。
助かりました。
>  a = cluster_optimal(g)
> str(a)
List of 2
 $ modularity: int [1:3] 1 4 7
 $ membership: int [1:4] 2 3 5 6
 - attr(*, "class")= chr "communities"
> a$membership
[1] 1 2 2 1 2 2 1
このmembershipを使うのですね。

よい勉強をさせていただきました。
ありがとうございました。