「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 048

No.22390　Ｒ　ファイル出力　　【明石】　2017/06/10(Sat) 20:46

青木先生，
いつもお世話になり，ありがとうございます，明石と申します。

先日の質問「R　ベクトルの計算」では，大変にお世話になり，ありがとうございました。

また，Rについて，お聞きしたいことがでてきました。
ご教示をいただければ，大変に助かります。
何卒どうぞよろしくお願いいたします。

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テキストマイニングのRパッケージを複数利用しています。
どのパッケージでも同じ問題にぶつかっており苦慮しています。

以下，パッケージ"textmineR"のマニュアルに掲載されている例題を例にとり，やりたいことをご説明します。

library(textmineR)

data("nih_sample")

# Convert a character vector to a document term matrix

dtm <- CreateDtm(doc_vec = nih_sample$ABSTRACT_TEXT,
doc_names = nih_sample$APPLICATION_ID,
ngram_window = c(1,1))

> class(dtm)
[1] "dgCMatrix"
attr(,"package")
[1] "Matrix"

> dim(dtm)
[1]  100 5210

document term matrix は，行方向は文書名，列方向は単語名からなる，行列です。

この計算結果では，100行*5210列のサイズをもつという情報が表示されています。

この行列をcsvファイル出力したいと考えています。

私が使う（知る）ファイル出力は write.csv ですので，それを使うと。

> write.csv(dtm, "dtm.csv")
 as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE) でエラー: 
  cannot coerce class "structure("dgCMatrix", package = "Matrix")" to a data.frame
>

行列なのでcsv出力できると思っていましたが，できません。

データ構造は，以下のようになっています。

> str(dtm)
Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:14073] 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 ...
  ..@ p       : int [1:5211] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
  ..@ Dim     : int [1:2] 100 5210
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : chr [1:100] "8693991" "8693362" "8607498" "8697008" ...
  .. ..$ : chr [1:5210] "consumer" "attempt" "voucher" "allocated" ...
  ..@ x       : num [1:14073] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  ..@ factors : list()

この dtm の，100行*5210列の行列をcsvファイル出力できる方法について，ご教示いただけましたら助かります。

どうぞ，よろしくお願いいたします。

No.22391　Re: Ｒ　ファイル出力　　【青木繁伸】　2017/06/11(Sun) 08:06

"R dgCMatrix write" で検索すると
https://stackoverflow.com/questions/4558277/write-a-sparse-matrix-to-a-csv-in-r
なんかが出てきて，
as.matrix で行列にできる（as.matrix(dtm) とする）というのが書かれているけど，
それは資源の無駄遣いなので writeMM を使うべき（？）とかも書かれています
https://stackoverflow.com/questions/17574099/in-r-how-do-you-write-a-sparse-matrix-to-a-file
には writeMM と readMM について書かれている。
その他のページも見てください。

No.22392　Re: Ｒ　ファイル出力　　【明石】　2017/06/11(Sun) 10:46

青木先生，
いつもお世話になり，ありがとうございます，明石と申します。

いつもありがたいご教示をいただきまして，誠にありがとうございます。

助かりました。

さっそく勉強させていただきます。
ありがとうございました。