「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 048

No.22285　fisherの正確検定について　　【医学系の大学院生】　2017/02/26(Sun) 14:21

青木様

いつも拝見させていただいております。
医学系の研究における統計手法について質問がございます。

私は現在，ある上皮癌を浸潤群と非浸潤群の2群間について治療法や診断法についての検討を行っています。
この上皮癌には複数の組織型（17種類）が含まれます。

組織型　浸潤群　非浸潤群
　
A型          1   0
B型          0   1
C型          2   4
D型          2   3
E型          1   9
F型          3   0
G型          1   0
H型          0   1
I型         17  31
J型          0   3
K型          0   7
L型          2   1
M型         15  67
N型          3   0
O型          4   4
P型          3   2
Q型          3   6

2群間における組織型の症例数の割合に差があるかどうかを調べたいので，2x17のfisherの正確検定を行いました。統計ソフトはJMPを用いて行ってみたのですが，計算量が多いためか，途中でフリーズしてしまいます。また，先生のホームページhttp://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/exact/fisher/fisher.cgiを用いた場合も，計算中です…の表示のままです。

検定はfisherの正確検定でよいのか，また，上記の解決方法などございましたらご助言いただければ幸いです。

No.22286　Re: fisherの正確検定について　　【青木繁伸】　2017/02/26(Sun) 20:33

R を使ってください

> b
    浸潤群 非浸潤群
A型      1        0
B型      0        1
C型      2        4
D型      2        3
E型      1        9
F型      3        0
G型      1        0
H型      0        1
I型     17       31
J型      0        3
K型      0        7
L型      2        1
M型     15       67
N型      3        0
O型      4        4
P型      3        2
Q型      3        6

> fisher.test(b, workspace=2000000)

	Fisher's Exact Test for Count Data

data:  b
p-value = 0.0003557
alternative hypothesis: two.sided

No.22287　Re: fisherの正確検定について　　【医学系の大学院生】　2017/02/26(Sun) 21:14

青木様

早速のアドバイスありがとうございます。
Rについては使用したことがなかったので，再度勉強したのちに統計をとってみようと思います。
ありがとうございました。