「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 045

No.17391　k×m分割表のFisher正確確率検定　　【MMT】　2012/08/29(Wed) 12:13

下記について，ご教授頂けましたら幸いです。
現在解析している6×2分割表にまとめられるデータの統計処理に，青木先生のfisher exact test(extended)が適応できそうなのですが，PASW(SPSS)でも可能かどうかお教え頂けましたら幸いです（できない場合，もし同様の解析を施行できるソフトウエアがございましたらお教え頂きたく存じます）。
また先生のホームページにある方法を使用した場合，論文（英語）のmethod部分でどのように記載（引用）させていただいたらよいかについてもお教え頂きたく，お願い申し上げます。

No.17392　Re: k×m分割表のFisher正確確率検定　　【TY】　2012/08/29(Wed) 13:00

SPSS Exact Testsという追加モジュールが必要だと思います。
http://www-06.ibm.com/software/jp/analytics/spss/products/statistics/exact-tests/

No.17394　Re: k×m分割表のFisher正確確率検定　　【MMT】　2012/08/29(Wed) 15:54

早速のご回答に感謝申し上げます。
Rでも可能のようでPASWで連動させて起動し，試してみたのですが，workspace不足とのerrorが出てしまいました。この場合の対処法がございましたらお教え頂けますでしょうか？
よろしくお願い申し上げます。

No.17395　Re: k×m分割表のFisher正確確率検定　　【青木繁伸】　2012/08/29(Wed) 16:19

分割表によってはかなり計算量が多くなる（予測不可能）。
Workspace を増やせばよいでしょうが，おおくの場合はそれでも計算できないでしょう。

No.17396　Re: k×m分割表のFisher正確確率検定　　【MMT】　2012/08/29(Wed) 16:26

青木先生ご回答ありがとうございます。
青木先生のfisher exact test(extended)のプログラムでは少し時間を要するものの計算可能なのですが，これはアルゴリズムの違いによる問題なのでしょうか？
ご教授を頂けましたら幸いです。

No.17397　Re: k×m分割表のFisher正確確率検定　　【青木繁伸】　2012/08/29(Wed) 17:35

> これはアルゴリズムの違いによる問題なのでしょうか？

そうかもしれません。
しかし，一般的には，R や SPSS で計算できても私のプログラムでは計算できないということが多いのですけどね?

No.17404　Re: k×m分割表のFisher正確確率検定　　【MMT】　2012/08/30(Thu) 20:04

青木先生ご回答ありがとうございます。
やはりRでの6×2のFisher検定は計算不可でした。先生のプログラムではすべてerrorにならずに計算されるのですが。。
このため，RでPearson's Chi-squared testにより独立性の検定を行いましたが，やはり期待値が5未満のcellがある(1or2 cell程度ではありますが）ためか，カイ自乗近似は不正確かもしれませんと注釈が出てしまいました（そのためにFisher exact testを行いたかったのですが残念です）。 TY様の言われるように，私のSPSSではSPSS Exact Testsという追加モジュールがないと2×2分割表までしかExact Testsができません（アドオンの購入については今回は厳しいです）。
またcellを統合して検討することも考えましたが，今回はdata解析の上で適当でないと判断しました。
私のような場合では，（一部に期待値5未満のcellがありますが）RでPearson's Chi-squared testにより独立性の検定を行ったとするのが妥当でしょうか。
最適な方法についてご教授頂きたくよろしくお願い申し上げます。

No.17405　Re: k×m分割表のFisher正確確率検定　　【青木繁伸】　2012/08/30(Thu) 20:43

SPSS から R を使ってk×m分割表のFisher正確確率検定をやったということでよいですね？

計算できなかった分割表の例（一つでよいです）を掲示してみてください。

No.17406　Re: k×m分割表のFisher正確確率検定　　【MMT】　2012/08/30(Thu) 21:08

早速のご回答ありがとうございます。
下記1.2に今回解析している分割表の例（Rで計算）を示します。
1．> (x <- matrix(c(1, 105, 1, 39, 12, 36, 23, 20, 12, 5, 3, 1), ncol=2, byrow=TRUE))
[,1] [,2]
[1,] 1 105
[2,] 1 39
[3,] 12 36
[4,] 23 20
[5,] 12 5
[6,] 3 1
> fisher.test(x)
以下にエラー fisher.test(x) : FEXACT error 7.
LDSTP is too small for this problem.
Try increasing the size of the workspace.
> chisq.test(x)

Pearson's Chi-squared test

data: x
X-squared = 96.7933, df = 5, p-value < 2.2e-16
警告メッセージ：
In chisq.test(x) : カイ自乗近似は不正確かもしれません

2．あるいは，
> (x <- matrix(c(60, 46, 19, 21, 17, 31, 10, 33, 1, 16, 0, 4), ncol=2, byrow=TRUE))
[,1] [,2]
[1,] 60 46
[2,] 19 21
[3,] 17 31
[4,] 10 33
[5,] 1 16
[6,] 0 4
> fisher.test(x)
以下にエラー fisher.test(x) : FEXACT error 7.
LDSTP is too small for this problem.
Try increasing the size of the workspace.
> chisq.test(x)

Pearson's Chi-squared test

data: x
X-squared = 28.9069, df = 5, p-value = 2.418e-05
警告メッセージ：
In chisq.test(x) : カイ自乗近似は不正確かもしれません

Rでは上記の結果になりますが，先生のプログラムではexact testが可能でした。
有意差が出ていることは明らかなのですが，論文投稿の関係で何を用いて，どの解析を用いたかを明確に記載する必要があり（他の検定は全てSPSS行ったのでSPSSで統一したかったのですが，この部分については難しいことが解りました）。
どうぞご教授頂きたく，よろしくお願い申し上げます。

No.17407　Re: k×m分割表のFisher正確確率検定　　【青木繁伸】　2012/08/30(Thu) 22:38

workspace を増やしてやってみなかったんですね？
ちゃんとやれば，あっという間に答えが出ますよ。

> (x <- matrix(c(1, 105, 1, 39, 12, 36, 23, 20, 12, 5, 3, 1), ncol=2, byrow=TRUE))
     [,1] [,2]
[1,]    1  105
[2,]    1   39
[3,]   12   36
[4,]   23   20
[5,]   12    5
[6,]    3    1
> fisher.test(x,workspace=2e6)

	Fisher's Exact Test for Count Data

data:  x 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: two.sided 

>  (x <- matrix(c(60, 46, 19, 21, 17, 31, 10, 33, 1, 16, 0, 4), ncol=2, byrow=TRUE))
     [,1] [,2]
[1,]   60   46
[2,]   19   21
[3,]   17   31
[4,]   10   33
[5,]    1   16
[6,]    0    4
> fisher.test(x,workspace=2e6)

	Fisher's Exact Test for Count Data

data:  x 
p-value = 9.03e-06
alternative hypothesis: two.sided

No.17408　Re: k×m分割表のFisher正確確率検定　　【MMT】　2012/08/31(Fri) 14:05

青木先生ご回答ありがとうございます。
誠に申し訳ございませんでした。御指摘の通りworkspaceを拡張して試しておりませんでした。残りのdataにつきましても，workspaceの拡張で全てFisher検定を施行できました。ありがとうございました。
また統計処理の記載（引用）方法について，今回はSPSS から R を使ってk×m分割表のFisher正確確率検定をやりましたが，統計処理のcitationはSPSSではなく，RコンソールにあるRのcitationの方法に従い記載した方がよろしいでしょうか？
たびたびで大変恐縮ですが，ご教授を頂きたくお願い申し上げます。

No.17409　Re: k×m分割表のFisher正確確率検定　　【青木繁伸】　2012/08/31(Fri) 14:33

> 今回はSPSS から R を使ってk×m分割表のFisher正確確率検定をやりましたが，統計処理のcitationはSPSSではなく，RコンソールにあるRのcitationの方法に従い記載した方がよろしいでしょうか？

そうですね。実際に計算したのは R なのですから。