No.17055 比率の多重比較でのRのエラーについて  【UT】 2012/06/11(Mon) 21:22

初めてご相談させていただきます。Rでpairwise.prop2.testを用いて比率の多重比較を行おうとしています。
> source("../../../R/src/pairwise.prop2.test.R ", encoding="euc-jp")
> x <- matrix(c(83,5,2,15,5,5,4,0,5,50,4,24), nc=6)
> x
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,] 83 2 5 4 5 4
[2,] 5 15 5 0 50 24
> pairwise.prop2.test(x, test.function=fisher.test(x, workspace=210000))
ここで,workspaceの値が小さいと(210000など)workspaceのサイズを大きくせよとの指示が表示され,値が大きいと(220000など),
Error in compare.levels(i, j) : could not find function "test.function"
というエラーメッセージが表示され,処理が中断してしまいます。

エラーの回避方法がありましたら,ご教示をお願いしたく存じます。よろしくお願いいたします。

No.17056 Re: 比率の多重比較でのRのエラーについて  【青木繁伸】 2012/06/11(Mon) 22:05

使い方を読んでください。

あなたの指定法だと,「分割表の本体を列数 2 の行列として指定する」のです。あなたの x の定義は 2 行 6 列なので,それを生かすなら t(x) として使う。
なおかつ,なぜ test.function を fisher.test(x, workspace=210000) などと?
test.function=fisher.test するだけです。つまり,以下のようにするのです。
> pairwise.prop2.test(t(x), test.function=fisher.test)

Pairwise comparisons using fisher.test

data: t(x)

1 2 3 4 5
2 4.4e-11 - - - -
3 0.0081 0.3879 - - -
4 1.0000 0.0226 1.0000 - -
5 < 2e-16 1.0000 0.0425 0.0033 -
6 6.2e-15 1.0000 0.2531 0.0195 1.0000

P value adjustment method: holm

No.17057 Re: 比率の多重比較でのRのエラーについて  【UT】 2012/06/11(Mon) 23:55

青木先生,ご教授いただきありがとうございます。

基本的な事項が全く理解できておらず,恥ずかしく思います。勉強します。
大変失礼いたしました。ありがとうございました。

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