「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 045

No.16947　95%信頼区間のNAについて　　【もちづき】　2012/05/24(Thu) 19:15

いつも参考にさせていただいております。
統計初心者で質問してしまうことが大変恐縮ですが，ご教授ください。

生存分析を行い，Median survivalを算出した際，下記のように95%信頼区間のupperがNAと表示されてしまいます。

 　　　　records n.max n.start events median 0.95LCL 0.95UCL
group=1      25    25      25     18  12.82    8.86      NA
group=2      17    17      17     17   9.79    8.39    13.8

Q1.この理由はなぜでしょうか？算出するための対処をご教授ください。
Q2.他の統計ソフトと比べた結果，生命表やmedian，ログランク検定の結果も一緒ですが，上記の95%信頼区間のみが異なった結果となります。算出の計算式は一緒と理解していたのですが，この理由はなぜでしょうか？

以上，よろしくお願いします。

No.16951　Re: 95%信頼区間のNAについて　　【青木繁伸】　2012/05/24(Thu) 20:33

どういうプログラムでどういうデータを分析したかがわからないと，はっきりとしたことはいえませんねぇ。

＞他の統計ソフトと比べた結果，生命表やmedian，ログランク検定の結果も一緒ですが，上記の95%信頼区間のみが異なった結果となります。

「他の統計ソフト」というのもなんなのか分かりませんが，信頼できるソフトなら，そちらの結果を参照すればよいのではないでしょうか？

回答者は千里眼ではないので...

No.16957　Re: 95%信頼区間のNAについて　　【mochizuki】　2012/05/25(Fri) 11:16

早速のご回答ありがとうございました。使用したデータ，コマンドは下記の通りです。
下記データをDEPに代入しています。

group OS.event OS.time
1 1 1 8.571429
2 1 1 5.607143
3 1 1 10.892857
4 1 1 12.821429
5 1 0 36.928571
6 1 0 30.250000
7 1 1 40.250000
8 1 1 7.642857
9 1 1 8.214286
10 1 1 8.857143
11 1 1 24.000000
12 1 1 6.821429
13 1 1 27.321429
14 1 1 17.357143
15 1 1 4.571429
16 1 1 5.892857
17 1 0 23.464286
18 1 0 15.000000
19 1 1 11.428571
20 1 1 16.071429
21 1 0 9.964286
22 1 0 28.428571
23 1 1 11.607143
24 1 1 7.428571
25 1 0 15.571429
26 2 1 18.750000
27 2 1 7.285714
28 2 1 8.142857
29 2 1 9.750000
30 2 1 13.214286
31 2 1 10.785714
32 2 1 9.785714
33 2 1 4.142857
34 2 1 26.000000
35 2 1 20.428571
36 2 1 7.428571
37 2 1 8.392857
38 2 1 12.000000
39 2 1 3.928571
40 2 1 9.428571
41 2 1 13.750000
42 2 1 13.321429

survfit(Surv(OS.time,OS.event) ~ group, data=DEP, type="kaplan-meier")

よろしくお願いいたします。

No.16958　Re: 95%信頼区間のNAについて　　【青木繁伸】　2012/05/25(Fri) 12:50

survfit(Surv(OS.time,OS.event) ~ group, data=DEP, type="kaplan-meier") が返すオブジェクト中の $upper は生存率の上側信頼限界です。
group1 では
 [1] 1.000 1.000 1.000 0.997 0.973 0.947 0.919 0.890 0.859 0.859 0.826 0.791
[13] 0.755 0.717 0.717 0.717 0.676 0.632 0.632 0.586 0.535 0.535 0.535 0.535
[25]    NA
group2 では
 [1] 1.000 1.000 1.000 0.995 0.959 0.919 0.876 0.829 0.779 0.727 0.672 0.614
[13] 0.554 0.493 0.432 0.394    NA
となっています。group1 では，最も小さい数値が 0.535 で，その値が 0.5 を超えているため，メディアンの上側信頼限界を求めることができないのです。group2 では 0.394 なので計算できます。まあ，そういう風な計算手順なので。計算は，survival:::survmean 関数で行われており，その関数の内部関数 pfun，更にその内部関数 minmin 関数を読めば良いかと思います。

なお，conf.type="plain" または "log-log"/ にすれば，数値は出てきます（デフォルトは conf.type="log"）。その他も含め，細かいところは，survfit.formula のオンラインヘルプを熟読して下さい。> survfit(Surv(OS.time,OS.event) ~ group, data=DEP, type="kaplan-meier", conf.type="plain") Call: survfit(formula = Surv(OS.time, OS.event) ~ group, data = DEP, type = "kaplan-meier", conf.type = "plain") records n.max n.start events median 0.95LCL 0.95UCL group=1 25 25 25 18 12.82 8.57 27.3 group=2 17 17 17 17 9.79 8.14 13.3 > survfit(Surv(OS.time,OS.event) ~ group, data=DEP, type="kaplan-meier", conf.type="log-log") Call: survfit(formula = Surv(OS.time, OS.event) ~ group, data = DEP, type = "kaplan-meier", conf.type = "log-log") records n.max n.start events median 0.95LCL 0.95UCL group=1 25 25 25 18 12.82 8.57 27.3 group=2 17 17 17 17 9.79 7.43 13.3

No.16959　Re: 95%信頼区間のNAについて　　【mochizuki】　2012/05/25(Fri) 14:12

先生，

ご回答いただきありがとうございました。
オンラインヘルプも含め，勉強いたします。