「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 045

No.16762　Ｒ summaryからの結果の抽出　　【赤岳】　2012/04/13(Fri) 17:53

Rの使い方を教えてくれませんか。
ある解析をすると，下記のような解が出ました。
解はgと命名しています。
この中の，xのp値のみを取り出したいのですが，
g$p.value
としてもNULLとしか返ってこず，困っています。
t.testのときは，それで取り出せたように記憶しているのですが，どう指定すればよいのでしょうか。

> g<-f(106,41)
> g
Call:
glm(formula = d ~ x + offset(b), family = poisson)
（省略）
Coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) -0.04763 0.15617 -0.305 0.76
x 0.88243 0.18391 4.798 1.6e-06 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
（以下，省略）

No.16763　Re: R summaryからの結果の抽出　　【青木繁伸】　2012/04/13(Fri) 18:25

オブジェクトの構造は

str(オブジェクト)

で，得られます。glm が返すオブジェクト中には，p.value という要素はないですね。

> x <- c(0,1) # 治療薬（A，P）
> y <- c(106,41) # 観測度数（副作用）
> n <- c(log(46), log(43)) # 症例数（A，P）
> g <- glm(y ~ x + offset(n), family=poisson(log))
> str(g)
List of 30
 $ coefficients     : Named num [1:2] 0.835 -0.882
  ..- attr(*, "names")= chr [1:2] "(Intercept)" "x"
 $ residuals        : Named num [1:2] -9.84e-14 -4.39e-12
  ..- attr(*, "names")= chr [1:2] "1" "2"
途中省略
 - attr(*, "class")= chr [1:2] "glm" "lm"

p.value というのは，summary(g) が返すオブジェクト中にあります。

> g2 <- summary(g)
> str(g2)
List of 17
 $ call          : language glm(formula = y ~ x + offset(n), family = poisson(log))
 $ terms         :Classes 'terms', 'formula' length 3 y ~ x + offset(n)
  .. ..- attr(*, "variables")= language list(y, x, offset(n))
途中省略
 $ deviance.resid: num [1:2] 0 0
 $ coefficients  : num [1:2, 1:4] 0.8348 -0.8824 0.0971 0.1839 8.5948 ...　　ここにある
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. ..$ : chr [1:2] "(Intercept)" "x"
  .. ..$ : chr [1:4] "Estimate" "Std. Error" "z value" "Pr(>|z|)"
 $ aliased       : Named logi [1:2] FALSE FALSE
後略

> g2$coefficients # coefficients 要素　これは matrix
              Estimate Std. Error   z value     Pr(>|z|)
(Intercept)  0.8347977 0.09712856  8.594770 8.343156e-18
x           -0.8824257 0.18391338 -4.798051 1.602170e-06

> g2$coefficients[,4] # 4 列目を取り出す
 (Intercept)            x 
8.343156e-18 1.602170e-06 

> g2$coefficients[2,4] # 2行・4列目を取り出す
[1] 1.60217e-06

そんな風です。

No.16764　Re: R summaryからの結果の抽出　　【赤岳】　2012/04/13(Fri) 19:22

青木先生，
ありがとうございます。
いろんなR関連の資料を見たのですが，うまく探し出せませんでした。
結構ややこしいんですね。
でも，ほんとに，助かります。
お礼申し上げます。