「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 045

No.15635　aovを使ったwithin-subjectとbetween-subjectの混合型の解析についての質問です。　　　【モモちゃん】　2011/11/08(Tue) 13:01

はじめまして，aovを使ったwithin-subjectとbetween-subjectの混合型の解析についての質問です。　

動物実験データの解析です。簡単に説明させていただきます。　
二つのグループ（各個体数は5）があり，各個体（動物）は薬（treatment:生理食塩水と研究中の薬）の投与を受けて課題を行いました。同一固体を生理食塩水と研究中の薬の両方でテストしました。
試行は各報酬の大きさ（magnitude）に対して2回ずつ行いました。Orderは1つのmagnitudeで行われる試行の数です（Orderの順番はあまり重要視してはいませんが，一応within-subjectだと思ってこう命名しました。）。一回の試行の最後に動物は二つの選択肢（location:L1，L2）から時間内に1つを選ぶとL1のときは報酬がもらえます。時間内に選択しないと欠測になります。
このときの選択に要する反応潜時を0.1秒の精度で計測します。treatment,magnitude,order,locationはwithin-subjectの要因だと思っていますが，正しいでしょうか？

下のデータはグループ1の固体番号1から得られたデータです。　

Group(G1,G2)(between) Subject(S1,S2,S3....S10) treatment(T1,T2)(within) magnitude(M1,M2)(within)
order(O1,O2)(within) location(L1,L2)(within) reactiontime

G1 S1 T1 M1 O1 L1 1.1 sec
G1 S1 T1 M1 O1 L2 NA(欠測）
G1 S1 T1 M1 O2 L1 2.0 sec
G1 S1 T1 M1 O2 L1 1.9 sec
G1 S1 T1 M2 O1 L1 1.1 sec
G1 S1 T1 M2 O1 L2 1.8 sec
G1 S1 T1 M2 O2 L1 1.5 sec
G1 S1 T1 M2 O2 L2 2.5 sec
G1 S1 T2 M1 O1 L1 1.1 sec
G1 S1 T2 M1 O1 L2 1.7 sec
G1 S1 T2 M1 O2 L1 2.1 sec
G1 S1 T2 M1 O2 L2 NA(欠測）
G1 S1 T2 M2 O1 L1 2.2 sec
G1 S1 T2 M2 O1 L2 1.8 sec
G1 S1 T2 M2 O2 L1 1.3 sec
G1 S1 T2 M2 O2 L1 2.5 sec

これがグループ2のS2までのデータがあるとして，aovで Error()を使ってwithin-subjectとbetween-subjectの混合型の解析をしたいのです。
例えばGroup*treatment*magnitude*locationの交互作用が知りたい場合は以下のような入力でよいのでしょうか？　

x <- read.table("D://sample_data.csv", header=TRUE)

summary(aov(reactiontime ~ (Group*treatment*magnitude*location) + Error(Subject/(treatment*magnitude*location)) + Group,x))

結果の出力で

Error：　Subject：treatment：magnitude：location

Error：　Within
で違うp値が得られるのですが，どちらを信じれば良いのでしょうか？　

どなたかご解答よろしくお願いいたします。　

No.15649　Re: aovを使ったwithin-subjectとbetween-subjectの混合型の解析についての質問です。　　　【モモちゃん】　2011/11/12(Sat) 17:37

Errorの項をいろいろためしたら，データセットの条件（仮に繰り返しを含む2間配置としてあつかう）ことにより，（例えばError：　Subject：treatment：magnitude）青木先生のご提供されているSAB()とほぼ同じ値を得ることができました。

Withinの出力については，統計を勉強して解釈してみます。　