No.15310　共分散分析の多重比較　　【大学院生】　2011/09/05(Mon) 13:18

申し訳ございません。前回こちらで書き込みをして，解決したはずだったんですが，なんとなく違うのではないかと思い始め，他の掲示板に投稿していたのですが，そちらをキャンセルしてここへ書き込みさせていただきました。

具体的なデータを使って説明させていただきますので，どなたかご教授くださいませんか。

共分散分析のデータで群が3つあるときの多重比較が，以前，ボンフェローニで行う，という回答を頂きましたが，そのやり方が解決できませんでした。

group x y
A 65 12
A 45 8
A 56 7
A 50 9
A 62 12
A 65 11
A 48 7
A 67 13
A 65 11
A 61 9
B 75 15
B 77 17
B 82 20
B 68 18
B 60 19
B 69 18
B 74 19
B 79 17
B 85 20
B 67 16
C 60 12
C 68 10
C 69 12
C 69 11
C 77 13
C 80 17
C 65 11
C 66 15
C 76 16
C 60 13

上記がデータなのですが（xが独立，yが従属変数），青木先生の関数を使って多重比較の前まではできました。その結果が，次の通りです。

$part1
[1] "H0: 各群の回帰直線の傾きは同じである"

$result1.1
SS d.f. MS
group x slope 8.748588 2 4.374294
residual 70.762645 24 2.948444
total 79.511233 26 3.058124

$result1.2
F value d.f.1 d.f.2 P value
1.4835943 2.0000000 24.0000000 0.2468919

$part2
[1] "H0: 共変量で調整した平均値は同じである"

$result2.1
SS d.f. MS
effect & group 113.58840 2 56.794202
residual 79.51123 26 3.058124
total 193.09964 28 6.896416

$result2.2
F value d.f.1 d.f.2 P value
1.857158e+01 2.000000e+00 2.600000e+01 9.781634e-06

ここからのやりかたがよくわかりません。

お叱りを受けることは覚悟しています。お助けいただけませんか？
No.15314　Re: 共分散分析の多重比較　　【青木繁伸】　2011/09/05(Mon) 17:17

二群ずつ組み合わせて covar.test 関数を使うだけですよ。
ただ，covar.test 関数は，グループを表す変数の取る数値が1から始まる自然数ということを仮定しているので，データを作り直す必要がありますけど
例えば A:B の比較を行うには，
> d12
   group  x  y g
1      A 65 12 1
2      A 45  8 1
3      A 56  7 1
4      A 50  9 1
5      A 62 12 1
6      A 65 11 1
7      A 48  7 1
8      A 67 13 1
9      A 65 11 1
10     A 61  9 1
11     B 75 15 2
12     B 77 17 2
13     B 82 20 2
14     B 68 18 2
15     B 60 19 2
16     B 69 18 2
17     B 74 19 2
18     B 79 17 2
19     B 85 20 2
20     B 67 16 2
A:C は
> d13
   group  x  y g
1      A 65 12 1
2      A 45  8 1
3      A 56  7 1
4      A 50  9 1
5      A 62 12 1
6      A 65 11 1
7      A 48  7 1
8      A 67 13 1
9      A 65 11 1
10     A 61  9 1
21     C 60 12 2
22     C 68 10 2
23     C 69 12 2
24     C 69 11 2
25     C 77 13 2
26     C 80 17 2
27     C 65 11 2
28     C 66 15 2
29     C 76 16 2
30     C 60 13 2
B:C は
> d23
   group  x  y g
11     B 75 15 1
12     B 77 17 1
13     B 82 20 1
14     B 68 18 1
15     B 60 19 1
16     B 69 18 1
17     B 74 19 1
18     B 79 17 1
19     B 85 20 1
20     B 67 16 1
21     C 60 12 2
22     C 68 10 2
23     C 69 12 2
24     C 69 11 2
25     C 77 13 2
26     C 80 17 2
27     C 65 11 2
28     C 66 15 2
29     C 76 16 2
30     C 60 13 2
とします。そして，
covar.test(d12, 2, 3, 4)
covar.test(d13, 2, 3, 4)
covar.test(d23, 2, 3, 4)
をやるだけです。結果の P 値を見るときに P < 0.05/3 のときに有意であるとするだけです。
No.15320　Re: 共分散分析の多重比較　　【大学院生】　2011/09/05(Mon) 17:43

青木先生，本当にありがとうございました。すっきりいたしました。

そこでひとつ質問させてください。LSMEANのRでの算出の仕方は勉強して理解できています。この平均値を，ご指導頂きました結果に並べて示してよろしいでしょうか？その際，標準偏差をどう計算するかは勉強しなければいけませんが。

あるいは，LSMEANは提示する必要はないのでしょうか？

ご指導いただければ幸いです。
No.15321　Re: 共分散分析の多重比較　　【青木繁伸】　2011/09/05(Mon) 17:57

なぜ，LSMEAN などが出てくるのか，私にはさっぱりわかりません。
他の所でも「標準偏差をどう計算するか」と書いていたようだけど，そもそもそんなのどうやって計算するのか?計算する必要性があるのか?わからない。
No.15323　Re: 共分散分析の多重比較　　【大学院生】　2011/09/05(Mon) 18:19

青木先生，早速お返事頂きましてありがとうございます。

ということは，ご教授頂きました多重比較の結果を示すだけでよろしいということでしょうか？

な ぜこのような(あのような)質問をしたかと申しますと，例えばExcel統計やSPSSでは，LSMEANが算出されます。査読者から「具体的に何点くら いの差があるのか」と指摘された場合，どうしたらよいのかとても悩んでいたのです。上記ソフトはLSMEANが書けるのですが，Rではどうしたらよいのだ ろうと思っていました。
No.15325　Re: 共分散分析の多重比較　　【青木繁伸】　2011/09/05(Mon) 18:48

> Rではどうしたらよいのだろうと

http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A3%D1%A1%F5%A3%C1%20%28%BD%E9%B5%E9%BC%D4%A5%B3%A1%BC%A5%B9%29%2F10#g4c07b4d
No.15327　Re: 共分散分析の多重比較　　【大学院生】　2011/09/05(Mon) 19:02

青木先生

リンク先は私も参考にしておりまして，先述の「Rでは理解できている」と書きましたのは，このことでございます。青木先生のNo15321から判断いたしますと，平均値を提示する必要はないということでよろしいでしょうか。
No.15331　Re: 共分散分析の多重比較　　【青木繁伸】　2011/09/05(Mon) 20:08

グループに共通する傾きがあるとするなら，つまり，y=a+bi， 　bi はグループでの切片
共分散分析で，各群に共通の傾き a があるとすれば，群間の差は bi の差でしょう。

> 平均値を提示する必要はないということでよろしいでしょうか。

必要と思うならば，また，「Excel統計やSPSSでは計算できる」なら，それを提示すればよいだけでしょう。
No.15332　Re: 共分散分析の多重比較　　【大学院生】　2011/09/05(Mon) 20:12

青木先生

何度も丁寧に応じてくださり，ありがとうございました。この件，とてもすっきりいたしました。

いつもご指導頂きましてありがとうございます。
No.15333　Re: 共分散分析の多重比較　　【青木繁伸】　2011/09/05(Mon) 21:00

> 前回こちらで書き込みをして，解決したはずだったんですが，なんとなく違うのではないかと思い始め，他の掲示板に投稿していたのですが，そちらをキャンセルしてここへ書き込みさせていただきました。

いろんなところで，ハンドルが違う書き込みをみて，同じ質問者だろうとは思ったものの，何が訊きたいのかよく分かりませんでしたね。良い質問をしないと，良い解答は帰ってきませんよ。

この結末でホントに「すっきりした」とは思えませんけどねぇ。

あ ちこちで，「前回こちらで書き込みをして，解決したはずだったんですが，なんとなく違うのではないかと思い始め」なんていわれているんじゃ，回答しようと いう意欲もうせるというものでしょう。せめて，ハンドルは同じにして，どこでこういう風に訊いたらこういう回答がきたのだけど納得できないので，と，率直 に言えば良いじゃないですか。基本的には，私がよく知らない分野について回答するのが良くないのだとは思いますけどね。ほかの人の回答がないというのも参 考にしてください（にや）。
No.15335　Re: 共分散分析の多重比較　　【青木繁伸】　2011/09/05(Mon) 21:20

> 具体的なデータを使って説明させていただきますので，どなたかご教授くださいませんか。

失礼しました。
ほかの方のご意見を求めているということなので，どうぞ宜しく。
No.15336　Re: 共分散分析の多重比較　　【大学院生】　2011/09/06(Tue) 07:42

青木先生

ご指摘ありがとうございます。ハンドル名は，以後，気をつけたいと思います。
この掲示板に書き込みをさせて頂きまして久しくなりますが，具体的に質問をすることの大切さを学びました。

それから，No15335についてですが，青木先生にご教授いただいたということで本当に満足しております。

ありがとうございます。

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