「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 043

No.13441　AMOVAについて　　【ど素人】　2010/09/16(Thu) 20:19

AMOVAについて質問させていただきたいのですが，解析結果を見ると，「% variation among orwithin population」という項目があり，それぞれを合計すると100%になっています。これは一体何を意味するのでしょうか？全くのど素人で，見当違いの質問なら申し訳ありません。どうぞよろしくお願い申し上げます。

No.13442　Re: AMOVAについて　　【青木繁伸】　2010/09/16(Thu) 20:49

variation among orwithin population ではなくて，variation among or within population でしょうかね。インターネットでひいてもたいした成果はなく，
http://www.actahort.org/members/showpdf?booknrarnr=844_40
だけがでてきますね。
しかしまあ，それが言っていることは，群間分散と群内分散ということで，一元配置分散分析ならば，「全分散＝群間分散＋群内分散」ということなので，足したら100％になるというのは，当たり前のことなんですけどね？
ところで，その解析ソフトウェアはなんですか？

No.13443　Re: AMOVAについて　　【通りすがり】　2010/09/16(Thu) 21:12

AMOVA（analysis of molecular variance）とは，遺伝集団構造を分析する，階層分散分析のアナロジーのような方法で，一般的な統計学とは少し異なります．ここでは少し畑違いでしょう．
分散分析の分散の代わりに，ある定義された遺伝距離が用いられ，よく使われる形式では，複数のグループ間，グループ内の集団間の2階層，そして集団内の個体間，というように遺伝的多様性を分解することが多い（1階層，あるいは3階層以上も可）．
遺伝的多様性成分の％は足せば100％になるはずです．
が，どのソフトかはわかりませんが，出力をちゃんと理解しないと，足してはいけないものまで足してしまうかもしれませんね．よくあるのは，ΦFT（グループ構造を無視した時の集団間の分化指標）の分を足してしまうとか？
いずれにしてもAMOVAを理解することがまず前提で，その上で，上記のような質問情報だけでは誰も答えられない，ということをご理解いただくのが近道かと．

No.13444　Re: AMOVAについて　　【青木繁伸】　2010/09/16(Thu) 21:48

あらら，目がしょぼしょぼしてANOVAと見間違いました(^_^；)

No.13445　Re: AMOVAについて　　【ど素人】　2010/09/16(Thu) 22:07

青木さま，通りすがりさま，ご回答ありがとうございます。
AMOVAについて理解不足のまま質問してしまい申し訳ありませんでした。
解析ソフトはArlequinです。
通りすがりさまのご回答を拝見させていただきますと，AMOVAとはまず検定したい集団ごとに分けて，その集団内の個体間の遺伝的距離を求め，その平均を集団の遺伝的距離とし，集団間での遺伝的距離をさらに求めるということになるのでしょうか?
さらに質問をして申し訳ありません。どうぞよろしくお願い申し上げます。

No.13450　Re: AMOVAについて　　【通りすがり】　2010/09/17(Fri) 14:08

原著を読む（少しハードルが高い），雰囲気とバリエーションがよく分かるArlequinのマニュアルを読む，よく分かった人に聞く，多数のよい論文を読んでどのように使われているかを体得する，のいずれか（あるいは複数の組合せ）が必須ではないでしょうか．
掲示板というメディアで，1つの解析法を聞き出す，説明するのは厳しいですね．
重ねられた「質問」を拝見して，そのように思う次第です．