No.13303 Re: クラスター分析 【青木繁伸】 2010/08/23(Mon) 12:56
別人なら失礼ですが，メジロウさんでしょうか？メジロウさんならば RjpWiki の方でちゃんとけりをつけておいた方がよいと思います。
さ て，apply を使わずに点同士を色分けするということですけど距離が 1 以下になる端点（2個）を別の色（例えば赤）にしたいということですか？でも，dist(A, B) < 1 で，その近くに dist(C, D) < 1 があるけど dist(A, C) > 1 && dist(A, D) > 1 && dist(B, C) > 1 && dist(B, D) > 1 みたいなときにも，4 つの点が全部赤になってしまい，2 つのクラスターが 1 つのクラスターと区別がつかないてなことになりますね。クラスターごとに色を変えますか？でも，全部のクラスターの色を変えると，色の区別がしにくくなる という欠点がありますし，近くにあるクラスターにはかなり異なる色を与える等ということをするためにはかなり面倒なプログラムが必要だと思います。
plot3d は インタラクティブに座標を回転できるので，線分で結ぶというのがよい解決法ではないかと思いますけど？例に挙げられているプログラムでは線分の太さが 2 になっているので，デフォルトの 1 にすれば，点と重なることも少なくなると思いますが。
plot3d が col 引数を持つのですから，con に基づいて，色を決めればよいのだと思いますけどどうでしょうか？なお，提示された プログラムで，cbind で作られた dat は matrix なので，それをデータフレームで df にして，さらにまた as.matrix で matrix にするのは無駄なので，例示のプログラムではそのあたりを変更しました。先頭の set.seed はプログラムを検証するために，いつも同じ行列ができるようにということで追加しておきます。
set.seed(666)
library(rgl)
x <- runif(100, 0, 10)
y <- runif(100, 0, 10)
z <- runif(100, 0, 10)
dat <- cbind(x, y, z)
d <- as.matrix(dist(dat))
# 距離 1 以下の点を線で結ぶ
con <- which(d <= 1, arr.ind=TRUE)
col <- rep("black", nrow(dat))
col[as.integer(con[con[, 1]>con[, 2],])] <- "red"
plot3d(dat, type="s", radius=0.1, col=col)
