「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 043

No.12964　Principal response curveの見方　　【たかし】　2010/07/03(Sat) 15:02

情報を探して，こちらのHomePageに辿り着きました。統計解析グラフ（PRC: principal response curve）の見方についてご教示戴けませんでしょうか？

生物群集と汚染物質（5濃度くらい）に関する論文を読んでいます。そこにCANOCOという統計ソフトで解析されたPRCグラフが出てきます（海外の文献でよく見かけます）。

読む限りでは，生物群集の汚染物質濃度による影響を視覚化したグラフのようで，X軸は時間であり，かつそのX軸上が対照区を示しているようで，各濃度区の線がその対照区（X軸）からどれだけ離れているかで，どの程度影響を受けているかを視覚的にあらわしているようです。

X軸から離れていれば影響を受けており，それが時間と共にX軸に近づいていく様子は，確かに影響からの回復性を視覚的に非常に分かりやすく示しているとは思うのですが，正直なところ，グラフの見方が今一ピンときません。

統計の素人であることが大きな要因と思うのでが，PRCであらわされる以下の点についてご教示戴けませんでしょうか？

# ある濃度区がX軸より上にいく場合と下に行く場合があります。これは何を示していることになるのでしょうか（対照区よりも生物群集が増える，減る？）

# 上記質問の答えになるのかもしれませんが，Y軸は「Cdt」を示しています。このCdtとは何を示しているのでしょうか？

# PRCのグラフには，よく「bk」という線も示されています（同じくCANOCOで解析される結果のようです）。ゼロを挟んでプラスとマイナスの数値が縦に，まるで定規のようにならんでいるのですが，そこには各成分（上記論文であれば，生物群集を構成する生物種）が，示されています。この「bk」とは何を示しているのでしょうか？

# いくつかの論文を読みましたが，PRCはどれも視覚的に結果を示しているだけで，有意差などを定量的にあらわしているようには読めないのですが，このグラフから何か定量的な結果（たとえば，「この濃度区は何％の影響を受けている」，「対照区と有意な差があるのはこの濃度区」など）は言えないと考えても良いのでしょうか？

素人質問で大変申し訳ございません。何卒よろしくお願い申し上げます。

No.12965　Re: Principal response curveの見方　　【青木繁伸】　2010/07/03(Sat) 17:15

CANOCO とか PRC, cdt, bk などをキーワードにして検索してみませんでしたか？
たくさん見つかりましたが，terBraak1999vandenBrinkPRC1-1.pdf という文書に cdt や bk 説明が書かれていましたけど。

No.12966　Re: Principal response curveの見方　　【たかし】　2010/07/03(Sat) 18:00

早速にご返信いただきまして誠にありがとうございます。
ter BraakはCANOCOのマニュアル作成者で，vandenBrinkも関係者のお一人になり，特にBrinkさんはワーゲニンゲン大学の先生で， CANOCOを用いた生態系に関係する論文を沢山かかれているようです。仰られるとおり，特に海外ではこのCANOCOを用いた論文が沢山書かれるようになり，上記に示しましたマニュアルが分かりにくいこともあって，さらに分かりやすくした図書なども出ているようです（個人で買うには非常に高く，ちょっと躊躇しているのですが。。。）。
今までまったく別の勉強をしていたのですが，生態系研究に興味が出てきて，このあたりの論文を読み始めたものの，生物・化学の知識だけでは大変難しく。。。ただ，先生のお言葉を聞き，内容的には大変わかりやすいものなのだと理解しました。まずはご提示戴きました論文を全て理解するつもりで，統計勉強してみます。また，分からないことが出てきましたらその際にはよろしくお願い致します。
大変ありがとうございました。