「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 043

No.12379　対応あり対応なしの違い　　【藤田】　2010/04/04(Sun) 17:01

現在どの検定を手法を用いるのか迷っていまして投稿させてもらいました。

人間相手に実験を行っているのですが，以下のような一人のデータ構造が得られた場合について迷っています。
被験者Aさんのデータ構造
　　　　条件1　条件2　条件3
物体1　
物体2
物体3
　・　
　・
　・
物体9
上記のような9行3列のデータ構造が結果として得られるのですが，各々の条件間に有意差があるのか？どうかを知りたいのです。物体1と物体2はまったく違うものなので条件1のデータが一致していなくてもかまわないと考えています(物体間の差はとくに見る必要がない)．このとき，条件1と条件2，条件1と条件 3，条件2と条件3の間に有意差があるかどうかを調べたい場合，これはどのような検定になるのでしょうか？
結果として，条件1と条件2には有意差がみられず，条件1と条件2，条件2と条件3に有意差が見られてほしいのです。
最初，それぞれの物体で条件1と条件2を計測しているのでペアードt検定として9対9の比較を条件1vs条件2，条件1と条件3，条件2と条件3で行っていたのですが，これでは危険率が上昇してしますので駄目だと思いました。単純に条件1と条件2と条件3で多重比較をすれば良いと思ったのですが，それでは対応ありという関係がなくなってしまうので困っています。

No.12380　Re: 対応あり対応なしの違い　　【青木繁伸】　2010/04/04(Sun) 21:05

同じデータ構造で,B さん，C さん，…Z さんのデータがあるんでしょうか。それとも，一人（Aさんだけ）のデータ？

No.12383　Re: 対応あり対応なしの違い　　【藤田】　2010/04/05(Mon) 00:40

返信ありがとうございます

データですが，同じデータ構造で複数人数(現段階で10人分)のデータがあります。

個人ずつではなく，全被験者で条件間(条件1と条件2，条件1と条件3，条件2と条件3)の差を検定するのが常識ではないかと思います．各個人の傾向も大事ですが・・・

No.12404　Re: 対応あり対応なしの違い　　【藤田】　2010/04/07(Wed) 18:08

色々調べていたら，ボンフェローニの補正を用いたペアードt検定を用いようと思います．

しかし，Rにはボンフェローニの補正を用いた検定は組み込まれていないですよね？

青木先生の作成した　all.R　にはそのような関数が組み込まれているのでしょうか？

No.12408　Re: 対応あり対応なしの違い　　【青木繁伸】　2010/04/07(Wed) 22:07

それでよいのかどうかは別として，R で対応のあるt検定の多重比較をボンフェローニで行うのは，pairwise.t.test で paired = FALSE と p.adjust.method で "bonferroni" を指定すればできるでしょう？まあ，"bonferroni" よりは "holm" とか，他の選択肢の方がよいとも思います。

No.12409　Re: 対応あり対応なしの違い　　【藤田】　2010/04/07(Wed) 23:38

データ構造的に，学習前(条件1,2,3)と学習後(条件1',2',3')
　　　　条件1　条件2　条件3　条件1'　条件2'　条件3'
物体1　
物体2
物体3
　・　
　・
　・
物体9
があるために，6群の比較になるのですが，全比較（15個の組み合わせ）に興味があるわけではなく，そのうちの特定の組み合わせ(9個)にしか興味がないのです。R で対応のあるt検定の多重比較をボンフェローニを行うと関係ない組み合わせまで比較してしまうため，特定の9個の組み合わせだけに絞って危険率を設定して検定できる関数があるのかと思って質問させてもらいました。Prism 4.0には全比較ではなく，特定の比較に絞ったボンフェローニ補正を用いたt検定が用意されているのですが，同様の物がRにもあるのかな？と考えていました．