「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 043

No.12024　比率の差の検定　　【JJK】　2010/02/11(Thu) 14:06

はじめまして，ある病気の発病について，縦断的研究をしているものです。
ご多忙中恐縮ですが，比率の差の検定の方法についてご教示いただけると幸いです。

将来的に発病の危険のある4つのグループと，正常対象群における，ある遺伝子の保有者人数が以下のようになりました。

フィッシャーの直接確率法を行うと，全体としてはp＝0.008で有意差あり，となるのですが，どの群で差があるのか調べようと，ライアンあるいはチューキーの方法で下位検定を行うと，群間の有意差がでません。グループ2,3は遺伝子保有率が40％以上で，その他の群(10%台)より多いのですが，このような場合はどうすれば群間の有意差を示せるのですか。

　　　　　グループ1　 グループ2　  グループ3　 グループ4　　正常対象　　　　
遺伝子あり　　2　　　　　　　9　　　　　12　　　　　　2　　　　　　27　　　　　　　　
遺伝子なし　15　　　　　　16　　　　　15　　　　　14　　　　　128

No.12026　Re: 比率の差の検定　　【青木繁伸】　2010/02/11(Thu) 16:57

4つのグループそれぞれと正常対照群の比較の4回の検定ですか？ボンフェローニ法だと，グループ3と正常対照群の間には差があることになりますね。

全ての組み合わせの対比較ならば，http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/p_multi_comp2.html に示した R 関数を使えば以下のようになります。
> x <- matrix(c(2, 9, 12, 2, 27, 15, 16, 15, 14, 128), 5)
> pairwise.prop2.test(x, test.function=fisher.test)

	Pairwise comparisons using fisher.test 

data:  x 

  1     2     3     4    
2 0.908 -     -     -    
3 0.397 1.000 -     -    ここに示す P 値は，そのまま有意水準αと比較するものです
4 1.000 0.908 0.397 -    
5 1.000 0.397 0.039 1.000
> このような場合はどうすれば群間の有意差を示せるのですか。

サンプルサイズが小さいから，パワーが低いのですね。データを集めるしかないでしょう。

No.12029　Re: 比率の差の検定　　【JJK】　2010/02/11(Thu) 17:56

青木先生

ご多忙中,ご丁寧なご回答を本当にありがとうございます。
全ての組み合わせの対比較をしたいと思いました。
pairwise.prop.testを使ってみます。

JJK