「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 043

No.11789　二群の検定について　　【ちーさん】　2010/01/23(Sat) 01:30

統計初心者です。
コントロール群と介入群について分娩の種類を調べました。
　　　　　　　介入群　　　　　コントロール群
自然分娩　　　　　135　　　　　 134
帝王切開理由1　　　0　　　　　　10
帝王切開理由2　　　1　　　　　　　9
帝王切開理由3　　　5　　　　　　　8
帝王切開理由4　　　0　　　　　　　2

全体的にカイ二乗検定を行ったら有意差がありとなりましたがこれでよかったでしょうか。帝王切開の理由1と理由2は有意差が出そうな気がするのですが，それぞれにおいて有意差の有無を出すにはどうしたらいいのでしょうか
　テューキーは多群のときに使用するんでしょうか

No.11790　Re: 二群の検定について　　【青木繁伸】　2010/01/23(Sat) 05:15

どういう統計解析パッケージを使ったかわからないですが，カイ二乗検定は，警告メッセージが出たでしょう。適切な方法は Fisher's exact test でしょう。
> a <- matrix(c(135, 0, 1, 5, 0, 134, 10, 9, 8, 2), 5)
> chisq.test(a)

	Pearson's Chi-squared test

data:  a 
X-squared = 17.5961, df = 4, p-value = 0.001480

 警告メッセージ： 
In chisq.test(a) :  カイ自乗近似は不正確かもしれません （注：期待値が小さいものがあるということです）

> fisher.test(a) # こちらを採用すべし

	Fisher's Exact Test for Count Data

data:  a 
p-value = 0.0003287
alternative hypothesis: two.sided
なお，あなたが行おうとしている多重比較は，「帝王切開の理由1と理由2」を比較しようとしているなどですから，この場合「群」は分娩法になるわけです。で，この場合も，期待値が小さい分割表を対象にしなければならないので，R の pairwise.prop.test を改善した，
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/p_multi_comp2.html
を使うとよいでしょう。
なお，このプログラムが出力するのは，「調整された P 値」なので，比較すべき有意水準はαそのものなので注意してください。
> pairwise.prop2.test(a, test.function=fisher.test)

	Pairwise comparisons using fisher.test 

data:  a 

  1     2     3     4    
2 0.017 -     -     -    
3 0.177 1.000 -     -    
4 1.000 0.366 1.000 -    
5 1.000 1.000 1.000 1.000

P value adjustment method: holm 

No.11793　Re: 二群の検定について　　【ちーさん】　2010/01/23(Sat) 10:36

　わかりやすい返信誠にありがとうございました。
返信を頂いてよく考えていたら，私それぞれの分娩方法間の有意差がみたかったのではなく，結論的に例えば「介入群とコントロール群を比べたときに帝王切開理由2において有意差があった（なかった）」とかにしたいのですが，その場合は，フィッシャーズで
　　　　　　　　介入群　　　　コントロール群
帝王切開理由2　　　1　　　　　　　　　　9
それ以外　　　　　140　　　　　　　　154

として検定したらいいのでしょうか？分娩方法すべてにおいてこうやって検定してもいいものですか？

No.11794　Re: 二群の検定について　　【青木繁伸】　2010/01/23(Sat) 11:01

例えば，「帝王切開理由2は介入群とコントロール群で同じ割合である」というような検定ですか。それなら，介入群：コントロール群＝1：1という帰無仮説の2項検定でしょう。そのそのような検定を全部で何回行うか（自然分娩についても検定するなら5通り）をk通りとし，二項検定のp値とα/k を比較するのが簡単なボンフェローニ法です。
> binom.test(1,10)

	Exact binomial test

data:  1 and 10 
number of successes = 1, number of trials = 10, p-value = 0.02148
alternative hypothesis: true probability of success is not equal to 0.5 
95 percent confidence interval:
 0.002528579 0.445016117 
sample estimates:
probability of success 
                   0.1 

No.11795　Re: 二群の検定について　　【ちーさん】　2010/01/23(Sat) 12:31

ありがとうございます！！勉強してみます。