「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 043

No.11090　生存率解析　　【初心者子】　2009/10/18(Sun) 19:19

教えてください。

Rコマンダーをもちいて
3群の生存率を解析したいと思っています。
CoxModel見ましたが入力方法がわかりません。
ネットを探しましたが見つけられませんでした。
Rでの解析でもいいので
ご教授ください。
よろしくお願いいたします。

No.11091　Re: 生存率解析　　【青木繁伸】　2009/10/18(Sun) 19:34

> 3群の生存率を解析したいと思っています。

どういう風に分析したいのですか？
3群別々に分析するのか？
3群で比較したいのか？

> CoxModel見ましたが

とは，cox の比例ハザードモデルをやりたいということでしょうか？
> library(survival)
> ? coxph
> example(coxph)
をやってご覧になるとよいかもね。

No.11092　Re: 生存率解析　　【初心者子】　2009/10/18(Sun) 20:05

すいません。
3群で比較したいです。（検定したい）

アドバイスありがとうございます。
まずは上記コマンドを入れて確認してみます。

No.11093　Re: 生存率解析　　【青木繁伸】　2009/10/18(Sun) 20:18

> 3群で比較したいです。（検定したい）

こちらも，失礼。どういう風に，何を，比較するんですか？

No.11101　Re: 生存率解析　　【初心者子】　2009/10/20(Tue) 06:22

たびたびすいません。
毒物A，B，C（似た構造のもの）を与えたマウスの生存率に差があるかを比較したいです。
よろしくお願いいたします。

No.11102　Re: 生存率解析　　【初心者子】　2009/10/20(Tue) 07:01

追加で質問です。

ABC群でのCox　Model検定を行って見ました。
結果欄に
coef exp(coef) se(coef)      z Pr(>|z|)    
Me[T.B] -0.4089    0.6644   0.1480 -2.763 0.005724 ** 
Me[T.C]  0.5260    1.6922   0.1389  3.788 0.000152 ***
---
Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1 

           exp(coef) exp(-coef) lower .95 upper .95
Me[T.B]    0.6644      1.505    0.4971     0.888
Me[T.C]    1.6922      0.591    1.2889     2.222

Rsquare= 0.107   (max possible= 1 )
Likelihood ratio test= 40.87  on 2 df,   p=1.332e-09
Wald test            = 41.37  on 2 df,   p=1.038e-09
Score (logrank) test = 43.43  on 2 df,   p=3.703e-10
とでました。
そもそも結果の内容もまだ理解できていませんがCとBのp値はでないのでしょうか？
よろしくお願いいたします。

No.11103　Re: 生存率解析　　【青木繁伸】　2009/10/20(Tue) 11:07

まずは，Cox の比例ハザードモデルについて理解しないと。そのあと，R の結果の読み方。

> CとBのp値はでないのでしょうか？

C と B の，何の P 値ですか？
Me[T.B], Me[T.C] が何かは，わかっていますか？それぞれの行の最後の列 Pr(>|z|) が何を表しているか（coef, z なども）わかっていますか？

No.11104　Re: 生存率解析　　【青木繁伸】　2009/10/20(Tue) 11:14

> ABC群でのCox　Model検定を行って見ました

「Cox Model検定」とは R Commander ででも，そう呼んでいるんですかねぇ。

群の生存率の差の検定なら，Cox-Mantel 検定とか，一般化ウィルコクソン検定とか，ログランク検定のほうがよいのではないのでしょうか？

先行研究はどのような分析法を使っているんですか？

No.11126　Re: 生存率解析　　【初心者子】　2009/10/25(Sun) 22:58

未熟で申し訳ありません。
example(coxph)にMeはなく，よくわかっておりません。
これは，しばらく調べます。
R Commander では　Cox Modelとなっております。
先行研究のようにログランク検定もしくは一般化ウィルコクスン検定を行おうと思いましたがAとC,BとCと繰り返し検定してはいけないのではと考えてました。
3群でしたら繰り返しても問題ないでしょうか？