「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 042

No.10708　within subject factor & lme　　【taipapa】　2009/08/25(Tue) 15:23

初めて質問いたします．青木先生の本で勉強を始めたばかりのRの初心者です．

次のようなデータを分析してます．コントロール28人，疾患群25人で，各人は脳画像の4ヶ所（A,B,C,D）からXというデータを取ります．知りたいのは，コントロールと疾患群でXの値が違うかどうか，違うならA,B,C,Dのうちどこの場所でちがっているのか，ということです．治療の有無はcontrol or patientで，場所は同一人物から取っているのでwithin factorと考え，各個人はsubjectIDを振ってます．また，Xは0から1の間の値を取ります．

ID CorP A.X B.X C.X D.X
1 control 0.708 0.648 0.648 0.547
2 control 0.648 0.632 0.632 0.723
3 patient 0.638 0.708 0.708 0.632
4 ***

このようなデータを

CorP X 場所 subjectID
control 0.708 A 1
control 0.648 A 2
patient 0.638 C 3
control 0.547 D 4
patient 0.632 B 5
control 0.723 C 6

このような形に整形しました．場所はwithin-subject factorと考え，random effectとし（こういう表現で良いか分かりませんが），疾患の有無とXの値の脳内の場所による変化の交互作用も見たいので，以下のような線形混合モデルを2つ作成しました．

model1 <- lme(X ~ CorP*location, random= ~ 1| subjectID, data)

model2 <- lme(X ~ CorP*location, random= ~ location| subjectID, data)

私の想定したモデル（疾患の有無はbetween subject factor，場所はwithin subject factor）を正しく表しているのはどちらなのでしょうか？　model2だとおもっているのですが．．．それとも，2つとも間違っているのでしょうか？

古い言い方では，いわゆるrepeated measure ANOVAに当たるのだと思ってます．

また，defaultでは，restricted log-likelihoodの最大化を行うようになっていますが，私が見た資料ではlog-likelihoodの最大化を指定していました．この使い分けはどうすれば良いのでしょうか？

（lmerでgaussianを使うべきとも考えられますが，理論も書式もまだ良く理解しておらず，lmeから始めています．）

根本的に間違っているところもあるかもしれませんが，ご教示いただければ幸いです．