No.10382 Re: JMPによる作図 【青木繁伸】 2009/07/14(Tue) 22:52
学会誌にもより，写真製版して印刷すればよいような図を求めるところもあるでしょうが，基準に満たない図は印刷所がトレースしてくれる（有料で）んじゃないでしょうかね。
先輩からのアドバイスに従って，実際にやってみたのでしょうか？
> ある先輩からJMPで作成した図を切り取ってそのまま投稿しては見るに堪えない，と指摘されました。
見るに堪えなかったですか？
> また別の先輩からは切り取った図をPOWER POINT上で処理するときれいな図になる，と教わりました。
きれいな図になりましたか？
どうやって切り取るかということもありますが，見るに堪えないものを切り取って PowerPoint に貼り付けるだけできれいな図になるとも思えませんけど？
生存曲線やROC曲線，その他どんなグラフでも，それをきれいに書いてくれるソフトを使えば宜しいかと思います。R などはその候補としてあげることができると思います。
No.10387 Re: JMPによる作図 【JMPユーザ】 2009/07/15(Wed) 12:18
パワポでもワードでもエクセルでも良いですが，貼り付けるときに「形式を選択して貼り付け」で「拡張メタファイル」を選べば，きれいな画像で貼り付けられますよ。
もしくはJMPのジャーナルからWMF形式で保存してから取り込んでも同じです。
No.10392 Re: JMPによる作図 【mom】 2009/07/16(Thu) 13:56
雑誌によって解像度やファイル形式が指定されている場合は，それに従わなければなりません。
写真ではないので，画像の質が悪いからといってリジェクトまではされないと思いますが，グラフでも作り直せといって突き返されるというのはよくあります。
JMPはバージョンによると思いますが，古いバージョンだと軸タイトルやメモリのフォント・サイズ・配置などが自由に設定できませんでした。
先 輩のいう「見るに堪えない」というのがそういう問題であった場合，Power Pointに図の部分を貼り，数字や文字部分を切り貼り，というやり方があります。枠線を上から貼って太くしたり，というところまで細工していた人もいま した。「Power Point上で処理」というのはそのことではないでしょうか？
No.10404 Re: JMPによる作図 【MoMo】 2009/07/18(Sat) 20:38
青木先生，JMPユーザー先生，mom先生，迅速な回答をありがとうございました。
Rのことはこのホームページでよく拝見しておりますが，私自身はは使ったことがないのでどうしたらいいのかわかりません。
ご教授いただいたようにPOWER POINT上でグループ解除してやってみましたが，生存曲線がうまく処理できません。つまり2本の曲線がある場合に一方は実線でよいのですが，もう一方は破線にする必要があるかと思います。この処理ができません。
実線を丸や三角で結んだ線2本の曲線を区別するのがよいのでしょうか？
それとも思い切って統計ソフトを換えるしかないのでしょうか？
No.10405 Re: JMPによる作図 【青木繁伸】 2009/07/18(Sat) 22:12
> 実線を丸や三角で結んだ線2本の曲線を区別するのがよいのでしょうか？
それができるのなら，それをやればよいと思いますけど。
群が5つも6つもあるときには，線種で区別するのはいずれ破綻が来ますから，記号で識別するのが妥当でしょう。
No.10406 Re: JMPによる作図 【JMPユーザ】 2009/07/18(Sat) 22:46
グループ解除までできたのなら，あとは該当のする線を選択して右クリックから「オートシェイプの書式設定」で破線なり点線なりに変えてあげればいいです。
記号で識別する方法をとるなら，JMPのデータテーブル上でグループごとにマーカーを設定し，「プロットのオプション」から「点の表示」をチェックするといい感じになるんじゃないでしょうか。
まあ，この際ですからRに手を出してみるのもいいと思いますが。
No.10408 Re: JMPによる作図 【MoMo】 2009/07/18(Sat) 23:39
青木先生，JMPユーザー先生ありがとうございました。
青木先生のおっしゃるとおりかと存じますが，残念ながら丸や三角で線をつなぐことはできませんでした。
JMPユーザー先生のおっしゃるとおりにやってもましたが，JMP5.0では生存曲線自体が細かい線と点の集合体であって，非常に複雑なグループ化がなされています。ですから，これを黒の実線にはできても破線にはできないようです。
やっぱりRを勉強するのが速いでしょうか？
No.10420 Re: JMPによる作図 【mom】 2009/07/21(Tue) 11:30
生存曲線で丸や三角のマーカーを線でつなぐタイプのグラフはあまり見たことがありませんが…。打ち切りのところに短い縦棒（？）を入れたりしますから，マーカーがあると邪魔なんじゃないでしょうか？
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2657791&tool=pmcentrez
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2000910&tool=pmcentrez
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1182357&tool=pmcentrez
直線と点線で表示を分けることができなければ，色を変えるか，あるいは3つ目の論文のFig.3のような位置にラベルを入れれば，2群とも直線で書かれていても区別できるのではないでしょうか。
どうにもならなければ，プリントアウトしたグラフをトレースしてスキャナーで読み込む，という手を使った人もいます。あまりスマートな方法ではありませんが。
No.10425 Re: JMPによる作図 【青木繁伸】 2009/07/21(Tue) 13:07
> 生存曲線で丸や三角のマーカーを線でつなぐタイプのグラフはあまり見たことがありませんが…
http://www.statsdirect.com/help/survival_analysis/kaplan.htm
> 色を変えるか
論文誌で，色を変えての投稿は，モノクロベースの論文誌だと受け付けられないか，そのページを色つきにするために余分の掲載料を支払うことになるでしょうね。
> Fig.3のような位置にラベルを入れれば，2群とも直線で書かれていても区別できるのではないでしょうか。
ステップ関数がクロスしなければ良いのですが，特にステップ関数だと交差する部分があると，どれがどれなのかわかりにくくなりますね。
いずれにしろ，
> プリントアウトしたグラフをトレースしてスキャナーで読み込む
ということをやるぐらいなら，Rを学んだ方が良いでしょうね。
No.10426 Re: JMPによる作図 【青木繁伸】 2009/07/21(Tue) 13:32
テストデータを作ってグラフを描画するという例d <- data.frame(x=sample(3, 300, replace=TRUE), time=rexp(300),描画される図（クリックすると原寸大に拡大）
status=sample(0:1, 300, replace=TRUE, prob=c(0.7, 0.3)))
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data=d)
old <- par(xaxs="i", yaxs="i")
plot(fit, lty=c(1,3, 4), xlab="Survival Time",
ylab="Survival Probability")
legend("topright", lty=c(1,3,4),
legend=paste("Group", LETTERS[1:3]))
par(old)
No.10452 Re: JMPによる作図 【JMPユーザ】 2009/07/22(Wed) 21:23
JMPでも例えばこんな風に描けるんですけどねぇ。
No.10406の後半で紹介した方法です。
これならモノクロでも判別できるのでは？
「見るに堪えない」と言われるほどきたなくもないと思いますし。
No.10507 Re: JMPによる作図 【MoMo】 2009/07/28(Tue) 20:34
青木先生，mom先生，JMPユーザ先生，ありがとうございました。
いろいろやっているうちにお返事が遅くなり申し訳ございませんでした。
ご 承知のとおり，査読は大変厳しく，お示しいただいた非連続的な曲線ではacceptが少し難しいように思います。連続した曲線で，かつ実線と破線の2種類 の曲線を描くことは不可能なのでしょうか？前回でお話ししましたように細かい線と点で構成されているため，虫眼鏡を使ってもグループ化にできないのです。
SPSS，Stat Viewを使ってみましたが，どうしてもうまくいきません。Rにも手を出してみましたが辛くて前に進めません。
どうにもなりません・・・・・
No.10510 Re: JMPによる作図 【青木繁伸】 2009/07/28(Tue) 21:23
> 非連続的な曲線ではacceptが少し難しいように思います
あれまあ。生存曲線ということで，すっかりカプラン・メイヤー法による生存曲線を考えていましたけど，どこにもカプラン・メイヤー法による生存曲線なんて話は出ていないのでしたね。失礼しました。
しかし，カプラン・メイヤー法の生存曲線は，「非連続的な曲線」でもないですけどね。
ご希望の生存曲線は，Cutler-Ederer 法による，添付図のような生存曲線ですか。それでもない，Cox ??
しかし，あなたのデータがどんなものかわからないのだけど，カプラン・メイヤー法の生存曲線を描いたらリジェクトする学会誌はないと思うけど。
いずれにしろ，JMP のグラフはジャギーできたない。
No.10513 Re: JMPによる作図 【MoMo】 2009/07/28(Tue) 22:29
青木先生，ありがとうございます。
言葉足らずで申し訳ありません。
ご指摘のように描いているのはKaplan-Meierです。
JMP（SPSS ，Stat Viewでも）で描いた曲線をPOWER POINT上でグループ化の解除をしていきます。解除された細かい線の一つ一つをクリックして黒色に変えつつ破線にしていくわけです。何度も同じ話で恐縮 ですが，この作業が非常に難しいのです。あまりにも線が細かいので・・・・・。
一般的にはみなさんはどうされているのでしょうか？
どうにかなりませんでようか？
No.10514 Re: JMPによる作図 【青木繁伸】 2009/07/28(Tue) 22:36
> 描いた曲線をPOWER POINT上でグループ化の解除をしていきます。解除された細かい線の一つ一つをクリックして黒色に変えつつ破線にしていく
> 一般的にはみなさんはどうされているのでしょうか？
> どうにかなりませんでようか？
地獄の責め苦ですね。そのようなことは誰もしたくない・しないと思いますね。
No.10515 Re: JMPによる作図 【MoMo】 2009/07/28(Tue) 23:02
青木先生ありがとうございます。
おっしゃるとおり地獄のようで，目がチカチカして肩凝りと頭痛がひどいです。
今私のしているようなことは誰もしない，とのことですが，どうするのが一般的だと思われますか？
お忙しいところ恐れ入ります。
ご教授くださいませ。
No.10516 Re: JMPによる作図 【青木繁伸】 2009/07/29(Wed) 07:02
JMP，SPSS，Stat Viewでもだめなのなら，R を使えばよいと思いますけど。
印刷原稿を 出稿すればよいなら，PDF フォーマット（あるいは EPSフォーマット）で出力し印刷すればよいでしょう（ただし，印刷するときに，呪われた Word や Power Point に貼り付けてから印刷すると，呪われてボケボケ画像になるので注意。ちゃんとした印刷ソフトを使うか，LaTeX に取り込んで印刷すること。PDF ファイルを直接印刷してもよいと思うけど，PDF を扱えないプリンタドライバならどうしようもない）。電子ファイルを出稿するなら，PDF でも，EPS でもよいでしょう。PNG は避けるべし。JPEG は論外。
どのような仕様をお望みなんでしょうか。一度，あなたがいま操作している JMP の画像をここで見せてもらって，ここをこうしたいというのを示してみればよいかも。
No.10517 Re: JMPによる作図 【青木繁伸】 2009/07/29(Wed) 11:29
Macintosh版の JMP 8 お試し版をダウンロードして使ってみましたが，Power Point に画像をペーストするときに「形式を選択してペースト」を選ぶときに，リンク元が「認識できないファイル」になり，どうしようもありませんでした。拡大す ると添付図の下の方のように，ボケボケです。
これを，Macintoshにおける Power Point のようなプレゼンソフト Keynote に貼り込むと（形式選択云々のメニューはありませんが），添付図の上の方のように，拡大してもぼけることはありません。ただ，この状態でもグループ解除と いうのは無効になっています。全体をスケーラブル画像として取り込んでいるようです。なお，JMP において，ステップ関数の水平線と垂直線の接続が悪く，汚い感じになっています。フォントもちゃんとしたものを選ばないと，デフォルトフォントでは見るに 堪えない。
添付図をクリックすると原寸大に表示
No.10520 Re: JMPによる作図 【MoMo】 2009/07/29(Wed) 14:02
青木先生ありがとうございます。
投稿形式はon line submissionです。ご指示いただきましたように，もともとのJMPの画像を添付いたします。希望としましてはNew Engle J.に出てくるような，黒の実線と黒の破線で描かれたKaplan-Meier曲線です。
Rでトライしてみます。ホームページでお示しいただいている方法ですと，複数群の曲線を同じグラフ上に描くやり方がでていないようですが，どうやるのでしょうか？
本当にたびたび済みません。
よろしくご教授くださいませ。
No.10522 Re: JMPによる作図 【青木繁伸】 2009/07/29(Wed) 15:14
ずいぶん長いスレッドになりましたね。
以下のようなデータファイル（ファイル名が survival.dat だったとします）を用意したとしましょう。time status groupこれを，以下のようなプログラムで処理します。R の関数だけを使った例です。
44.2 alive control
52.7 dead control
80.8 alive control
1.8 dead treated
45.5 alive treated
2.4 alive treated
640.2 alive control
125.8 dead treated
96.2 alive treated
181.8 dead control
22.6 dead treated
44.7 dead treated
125.2 alive treated
39.7 dead treated
8.8 alive treated
172.2 dead control
538.5 dead control
188.8 dead control
36.4 dead treated
117.4 alive treated
114 alive treated
42.8 alive treated
145.9 dead treated
56.4 dead treated
122.9 dead treated
73.2 dead control
97.8 alive control
280.3 dead treated
25.1 dead control
21.8 alive treateddata <- read.table("survival.dat", header=TRUE)な お，ラベルなどに日本語を使うときには，.Rprofile の設定を忘れないように。そうすれば，以下のようなグラフを得ることが出来るでしょう。（クリックすると原寸表示。添付ファイルは，スクリーンショットな ので，ビットマップファイルになっていますから，拡大すると，ジャギーになります）
library(survival) # survival ライブラリ使用宣言
fit <- survfit(Surv(time, event=status=="dead")~group, data=data)
pdf("survival.pdf", width=500/72, height=350/72)
old <- par(cex=1.2, # 文字の大きさの倍率
mar=c(4.5, 5.3, 1.5, 1.5))
plot(fit,
lwd=2, # 線の太さ
lty=c(1,3), # 線の種類
mark.time=FALSE, xlab="術後年数", ylab="生存率")
legend("topright", c("対照群", "処理群"),
lwd=2, # plot の引数と同じものを指定
lty=c(1,3))
# 打切り例を示すティックマークを描くときは以下の3行を実行
suf <- as.logical(fit$n.censor)
tick <- 0.02 # 打切り例を示すティックマークの長さ
segments(fit$time[suf], fit$surv[suf], fit$time[suf], fit$surv[suf]+tick, lwd=1)
par(old)
dev.off()
No.10524 Re: JMPによる作図 【MoMo】 2009/07/29(Wed) 16:59
青木先生，いつもながら迅速な回答をありがとうございます。
ボスから急かされて，泣きながらやっていたところだったので，さっそくやってみます。
うまくいきましたら，ご報告いたします。
ありがとうございました。
● 「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 042 の目次へジャンプ
● 「統計学関連なんでもあり」の目次へジャンプ
● 直前のページへ戻る