No.09243　ANOVAとchi-squareのrepeated measure　　【9232】　2009/02/16(Mon) 12:59

8カテゴリー群（8クリニック）間での差について，量的変数（continuous：患者数など)はANOVA,質的変数(categorical：管理者の有無など)はChi squareにより検定しています。
査読者から，「各クリニックでの12ヶ月分の月毎データを利用しているため，ANOVA，Chi-squareともにrepeated measureが適当では」との指摘がありました。

1） 指摘は妥当と考え，量的変数はrepeated measure ANOVAにより解析できたのですが，”Chi-squareのrepeated measure”というのがどのような方法をとるのか（STATAを使っていますがコマンドが分かりかね），調べても見当がつかずにおります。アドバイス をぜひお願いいたします。

2）一般的に，ANOVAとrepeated measure ANOVAの結果は，かなり異なるものとなるのでしょうか。各変数で「有意差あり(prob>F: 0.00」となっていた結果が軒並み「なし」と出てしまい，どうしたものかと思っています。方法，解釈がおかしいのでしょうか。

＜STATA アウトプット例＞
（one-way)ANOVAの場合
anova  lncli clinic

Number of obs =      93     R-squared     =  0.4377
Root MSE      = .825473     Adj R-squared =  0.3914

Source   Partial SS    df       MS           F     Prob > F
-----------+----------------------------------------------------
Model   45.0895707     7  6.44136725       9.45     0.0000
                         
clinic   45.0895707     7  6.44136725       9.45     0.0000
                         
Residual   57.9194182    85   .68140492   
-----------+----------------------------------------------------
Total   103.008989    92  1.11966292
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
<（one-way)repeated measure ANOVAの場合＞
. anova  lncli clinic month, repeated(month)

Number of obs =      93     R-squared     =  0.5095
Root MSE      = .826286     Adj R-squared =  0.3902

Source   Partial SS    df       MS           F     Prob > F
-----------+----------------------------------------------------
Model   52.4856067    18  2.91586704       4.27     0.0000
                         
clinic   46.1556063     7  6.59365805       9.66     0.0000
month   7.39603598    11  .672366907       0.98     0.4680
                         
Residual   50.5233822    74  .682748408   
-----------+----------------------------------------------------
Total   103.008989    92  1.11966292   

Between-subjects error term:  clinic
Levels:  8         (7 df)
Lowest b.s.e. variable:  clinic

Repeated variable: month
Huynh-Feldt epsilon        =  0.7119
Greenhouse-Geisser epsilon =  0.3263
Box's conservative epsilon =  0.0909

------------ Prob > F ------------
Source      df      F    Regular    H-F      G-G      Box
-----------+----------------------------------------------------
month     11     0.98   0.4680   0.4574   0.4278   0.3554
Residual      74
-----------+----------------------------------------------------
No.09256　Re: ANOVAとchi-squareのrepeated measure　　【にゃんちゅう】　2009/02/17(Tue) 14:28

2）一般的に，ANOVAとrepeated measure ANOVAの結果は，かなり異なるものとなるのでしょうか。各変数で「有意差あり(prob>F: 0.00」となっていた結果が軒並み「なし」と出てしまい，どうしたものかと思っています。方法，解釈がおかしいのでしょうか。

有意差なしはmonth であって，clinicは有意差ありです。別に問題はないはずですが，何か。

(1)はSPSSでは一般化線型分析でできますが，stataはたしか昔からSPSSのいう一般化線型分析があったと思います。glim といっていたかな。geeだったかな。
No.09265　Re: ANOVAとchi-squareのrepeated measure　　【9232】　2009/02/17(Tue) 17:23

ありがとうございます！

＞有意差なしはmonth であって，clinicは有意差ありです。別に問題はないはずですが，何か。

すみません，一番下の↓を見ておりました。。clinicの欄でよいのですね・・

------------ Prob > F ------------Source df F Regular H-F G-G Box-----------+----------------------------------------------------month 11 0.98 0.4680 0.4574 0.4278 0.3554Residual 74-----------+----------------------------------------------------

重 ねて恐縮ですが，reviewerから「The test result should include df,p-value, etc」といわれております。この例ですと，dfは7，P＜0．01でよいかと思いますが，「etc」として一般的にどこまで含めれば妥当でしょう か。（adjust R2とFくらいでが見るべきものでしょうか？）

＞(1)はSPSSでは一般化線型分析でできますが，stataはたしか昔からSPSSのいう一般化線型分析があったと思います。glim といっていたかな。geeだったかな。

了解しました。 [R] glm -- Generalized linear modelsとしてコマンド検索できました。
なお，少し戻るようで申し訳ないのですが，この例の場合（質的変数（4段階の順序変数）の比較検定のrepeat measure）には，
・上記generalized linear model
・logistic regression
のどちらが適当なのでしょうか。下記を参照しますと，中段のrepeated measure logistic regressionに該当するように思え，迷っております。
http://www.ats.ucla.edu/stat/Stata/whatstat/default.htm

よろしくお願いいたします。
No.09276　Re: ANOVAとchi-squareのrepeated measure　　【にゃんちゅう】　2009/02/18(Wed) 19:22

xtgee というのはgeeのプログラムです。従属変数に2値以外も扱えるのかどうか自分でチェックしてください。

glmが従属変数にカテゴリデータを扱えるのなら，どっちでもいいんじゃないですか。

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