「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 042

No.08604　Rを用いた主成分分析について　　【ts】　2008/12/11(Thu) 13:56

初めまして。現在，初めてRを使って解析を行っている者です。私は，統計学のど素人でございます・・・よろしくお願い致します。

今，こちらのサイトにあった”R”のpcaのソースを使って解析を行っています。
与えているデータは，ケースが22個で変数が132個あります。これをもちいて「> result <-pca(x[1:132])」というようにコマンドを打つと，「Warning message:　In sqrt(eval) : 計算結果が NaN になりました」という返答が来て解析が出来ません。

試しに，「> result <-pca(x[1:21])」としたら，解析が進んではいるのですが，変数は21個しか使用していないのですよね？全ての変数を用いてPCAを行うには，ケースの数を増やさなくては成らないのでしょうか？今後，変数は3000個くらいで解析をしたいと思っております・・・

もしかしたら，基本的な質問なのかもしれませんが，御指導の程宜しくお願いします。

No.08605　Re: Rを用いた主成分分析について　　【青木繁伸】　2008/12/11(Thu) 14:20

目次のページの pca の下に注意書きと共に書いてある，prcomp2 関数を使えばよいです。

16. 主成分分析
17. princomp を援用する主成分分析
18. prcomp を援用する主成分分析（ケース数が変数の個数より少ないときはこれを）

prcomp2 は R にある prcomp を補完したものです。prcmp は特異値分解を使っているので，ケース数より変数の数が多い場合でも解を求めることができます。

R が用意しているもう一つの主成分分析を行う関数 princomp（それを補完する princomp2）と，拙作の pca は，固有値・固有ベクトルを求めることによっているので，ケース数より多い変数を持つ場合は分析できません。

No.08607　Re: Rを用いた主成分分析について　　【ts】　2008/12/11(Thu) 15:05

青木先生

ご返信有り難うございました。先生が作成されたスクリプトで無事に解析出来そうです。

統計学の魅力にハマってきている私です。今更ながら，統計学のすばらしさに感激しています。

本当にどうも有り難うございました。