「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 042

No.07575　欠損値のある分割実験の分析　　【六甲おろし】　2008/09/04(Thu) 15:04

Rを用いた欠損値のある分割実験データの分析でつまづいています。
データは次のようになっていて，F1が一次因子でF2とF3は二次因子です。
特性値はx1とx2の二つがあり，x2には欠損値があります。

   Brock  F1 F2  F3  x1  x2
1      1 CON 40 0.5 255 622
2      1 CON 40 1.0 289 734
3      1 CON 60 0.5 228 654
4      1 CON 60 1.0 252  NA
5      1 EXP 60 0.5 345 776
6      1 EXP 40 1.0 289 630
7      1 EXP 60 1.0 285 640
8      1 EXP 40 0.5 259 662
9      2 CON 60 0.5 252  NA
10     2 CON 40 0.5 247 628
11     2 CON 40 1.0 237 618
12     2 CON 60 1.0 221 604
13     2 EXP 40 1.0 278 660
14     2 EXP 60 1.0 272 616
15     2 EXP 40 0.5 268 650
16     2 EXP 60 0.5 303 702

これを

Brk <- factor(Brock)
F1 <- factor(F1)
F2 <- factor(F2)
F3 <- factor(F3)
summary(aov(x1~F1*F2*F3+Error(Brk/F1),data=_data))
summary(aov(x2~F1*F2*F3+Error(Brk/F1),data=_data))

として分析すると，x1の方はうまく分析できるのですが，欠損値のあるx2の方は本来「Residuals」と入る部分に「F3」が入ってしまいます。また，一次因子のF検定がされていません。これを正しく分析できるようにするには，どのようにプログラムを修正すればよいのでしょうか？　よろしくお願いします。

Error: Brk
   Df Sum Sq Mean Sq
F3  1 4114.3  4114.3

Error: Brk:F1
   Df  Sum Sq Mean Sq
F1  1 1920.38 1920.38
F3  1  952.38  952.38

Error: Within
          Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)  
F2         1  418.1   418.1  0.2585 0.6379  
F3         1 1442.1  1442.1  0.8917 0.3985  
F1:F2      1 2376.2  2376.2  1.4693 0.2922  
F1:F3      1 8080.2  8080.2  4.9963 0.0891 .
F2:F3      1 5043.0  5043.0  3.1183 0.1522  
F1:F2:F3   1  486.0   486.0  0.3005 0.6127  
Residuals  4 6469.0  1617.2                 
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’