「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 041

No.06622　2次データによる多重比較　　【マサキ】　2008/05/27(Tue) 17:12

はじめまして，最近Rを使い始めた者です。青木先生のページから2次データによる一元配置分散分析のコードを使わせていただきました。ありがとうございました。
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/my-oneway-ANOVA.html

一元配置分散分析の結果が有意になりましたので，次に多重比較を考えています。下のページのコードを基にして，下記のコードを作成しました。おそらくあっていると思われる結果が得られたのですが，2点質問があります。
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/tukey.html

?私が手を加えたことにより，計算式がおかしくなっていないでしょうか？
?Rのデフォルト関数の中に，サンプル数，平均，不偏分散から多重比較を実行できる関数はありますでしょうか？

お忙しいところ恐れ入りますが，よろしくお願いします。

#2次データによる多重比較（Tukeyの方法）
my.tukey <- function(      n,                                   #各群のケース数
                           Mean,                                #各群の平均値
                           Variance)                            #各群の分散
{
        a <- length(n)                                          # 群の数
        phi.e <- sum(n)-a                                       # 誤差分散（群内不偏分散）の自由度
        v.e <- sum((n-1)*Variance)/phi.e                        # 誤差分散（群内不偏分散）
        t <- combn(a, 2, function(ij)                           # 一対比較
                                abs(diff(Mean[ij]))/sqrt(v.e*sum(1/n[ij])) )
        p <- ptukey(t*sqrt(2), a, phi.e, lower.tail=FALSE)      # 有意確率を計算する
        result1 <- cbind(n, Mean, Variance)                     # 各群の統計量
        rownames(result1) <- paste("Group", 1:a, sep="")
        result2 <- cbind(t, p)                                  # 対比較の結果
        rownames(result2) <- combn(a, 2, paste, collapse=":")
        return(list(result1=result1, result2=result2, phi=phi.e, v=v.e))
}