No.05788 Rのp.adjustでの出力について  【山元】 2008/02/09(Sat) 21:14

Rで多重比較をする際,pairwise.wilcox.test関数をもちいて,デフォルトのHolmの方法で調整済みのp値を出力したのですが,出力結果が腑に落ちないのですが,どなたか詳しい方がいらっしゃればご教示いただければ幸いです。

具体的には,
pv <- p.adjust(c(0.1, 0.07, 0.05), method = "holm")
としたとき,3つとももっとも小さな値にそろって出力されます。
([1] 0.15 0.15 0.15)
.05の有意水準などで切って,2段階目以降の調整を省略しているのかとも思ったのですが,
pv <- p.adjust(c(0.1, 0.07, 0.048))では
[1] 0.144 0.144 0.144
ですし,
pv <- p.adjust(c(0.1, 0.07, 0.04))
とすると,今度は
[1] 0.14 0.14 0.12
となります。

ちなみに,Rはversion 2.6.1と2.6.2で試してみました。

No.05793 Re: Rのp.adjustでの出力について  【青木繁伸】 2008/02/10(Sun) 20:00

コンソールに p.adjust とだけ入力するとソースプログラムを見ることができるので,それぞれの場合の処理がどのように行われているか分かります(教科書などのそれぞれの方法の説明と引き比べればよろしいかと)。

No.05799 Re: Rのp.adjustでの出力について  【山元】 2008/02/11(Mon) 14:10

ソース確認してみました。
ホルムの方法自体の理解が不十分でした。
第二ステップ以降のp値がそれ以前のステップで
求められた調整済みp値より小さく
ならないようにするのですね。

ありがとうございました。

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