「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 041

No.05788　Rのp.adjustでの出力について　　【山元】　2008/02/09(Sat) 21:14

Rで多重比較をする際，pairwise.wilcox.test関数をもちいて，デフォルトのHolmの方法で調整済みのp値を出力したのですが，出力結果が腑に落ちないのですが，どなたか詳しい方がいらっしゃればご教示いただければ幸いです。

具体的には，
pv <- p.adjust(c(0.1, 0.07, 0.05), method = "holm")
としたとき，3つとももっとも小さな値にそろって出力されます。
([1] 0.15 0.15 0.15)
.05の有意水準などで切って，2段階目以降の調整を省略しているのかとも思ったのですが，
pv <- p.adjust(c(0.1, 0.07, 0.048))では
[1] 0.144 0.144 0.144
ですし，
pv <- p.adjust(c(0.1, 0.07, 0.04))
とすると，今度は
[1] 0.14 0.14 0.12
となります。

ちなみに，Rはversion 2.6.1と2.6.2で試してみました。

No.05793　Re: Rのp.adjustでの出力について　　【青木繁伸】　2008/02/10(Sun) 20:00

コンソールに p.adjust とだけ入力するとソースプログラムを見ることができるので，それぞれの場合の処理がどのように行われているか分かります（教科書などのそれぞれの方法の説明と引き比べればよろしいかと）。

No.05799　Re: Rのp.adjustでの出力について　　【山元】　2008/02/11(Mon) 14:10

ソース確認してみました。
ホルムの方法自体の理解が不十分でした。
第二ステップ以降のp値がそれ以前のステップで
求められた調整済みp値より小さく
ならないようにするのですね。

ありがとうございました。