「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 041

No.05021　分割表の列挙　　【中山浩太】　2007/12/12(Wed) 03:26

Nx2の分割表が与えられたときに，周辺度数を固定して取りうる全ての分割表を列挙し，ある種のパームテーションテストを行うRのプログラムを作成しています。

青木先生の正確確率検定のRによる解説ページ（http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/fisher.html）の，分割表の探索部分を参考にさせて頂いて，一応動く物はできたのですが，計算速度の問題に困っています。

より高速な分割表の全探索手法がありましたら，アドバイスをいただけないでしょうか。

よろしくお願い致します。

No.05022　Re: 分割表の列挙　　【青木繁伸】　2007/12/12(Wed) 09:22

R の fisher.test も採用している，Mehta のネットワークアルゴリズムをお使いになればよろしいかと思います。

No.05025　Re: 分割表の列挙　　【中山浩太】　2007/12/12(Wed) 12:04

早速のお返事有難うございました。
Mehta のネットワークアルゴリズムについて勉強してみます。

とりあえず，お返事にありました fisher.test のソースに当たってみましたが，こちらはネットワークアルゴリズムの部分が C で書かれており，そのまま自作の Rプログラムに取り込めるわけではないようです。

統計の質問ではなくて恐縮なのですが，R から利用可能な Mehta のネットワークアルゴリズムによる分割表列挙のパッケージ等は存在するのでしょうか。もし可能でしたらご教授下さい。

No.05026　Re: 分割表の列挙　　【青木繁伸】　2007/12/12(Wed) 12:55

大元は FORTRAN で書かれたものであるはずです(StatLib)。
R から利用するにしろ，いずれにせよ，C または FORTRAN で書かれたライブラリを呼ぶことになるでしょう。