「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 040

No.02993　多重比較＜ペリ＞　　【ねこ】　2007/03/13(Tue) 22:17

平均の多重比較のうち，ペリという方法があるようですが，使われている結果はネットなどで見かけるものの，検定できるソフトがなかなか見つかりませんでした。
皆様，何で検定されているのでしょうか。
また，RなどのTipsをご存知のかたいらっしゃいましたら，教えていただけませんか。
よろしくお願いします。

No.02996　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【夏維】　2007/03/14(Wed) 12:54

ぺりの多重比較は全ての群間の対比較法としては最も検出力が高いといわれている方法ですが，
これを実行出来るソフトは私もしりません．SASでもまだ出来ないのでは（知らないだけかもしれませんが）

永田先生の［統計的多重比較法の基礎］サイエンティスト社に計算方法は載っていますね．

No.02999　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【青木繁伸】　2007/03/14(Wed) 17:39

手順10，11の処理が面倒というか，疲れたので中断
一応，本と同じ結果は出る
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/Peritz.html へ登録

No.03000　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【takahashi】　2007/03/14(Wed) 19:11

統計的多重比較法の基礎，手元に無いのでわからないんですが，これって

R. Marcus, E. Peritz, and K.B. Gabriel. On closed testing
procedures with special reference to ordered
analysis of variance. Biometrika, 63:655–660, 1976.

のことでしょうか？

No.03001　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【青木繁伸】　2007/03/14(Wed) 20:57

Peritz, E. (1970): "A note on multiple comparisons", unpublished manuscript, Hebrew University, Israel.

のようですが。unpubulished manuscript とは？

No.03002　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【takahashi】　2007/03/14(Wed) 22:11

あ，No.3000だった:-)

ということは，元の論文は入手できそうもないですね。
Rのmultcompの中にMarcusはあるんですが，これとは違うものなのですね。

No.03003　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【青木繁伸】　2007/03/14(Wed) 23:08

一応できた

http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/Peritz.html へ登録

No.03005　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【夏維】　2007/03/15(Thu) 08:26

［統計的多重比較法の基礎］永田靖さんが書かれた日本語の解説書です．

http://www.amazon.co.jp/s/ref=nb_ss_b/250-5721500-4889039?__mk_ja_JP=%83J%83%5E%83J%83i&url=search-alias%3Dstripbooks&field-keywords=%93%9D%8Cv%93I%91%BD%8Fd%94%E4%8Ar%96@%82%CC%8A%EE%91b&Go.x=10&Go.y=9

No.03150　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【ねこ】　2007/04/08(Sun) 16:19

皆様，いろいろ情報ありがとうございました。
（青木先生，お忙しいところ大変申し訳ありませんでした。。恐縮します。御礼が遅くなり大変申し訳ありません）

No.03182　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【ねこ】　2007/04/11(Wed) 18:28

大変申し訳ありません，HPの式を実際にRで使ってみたら，以下のエラーが出てしまいました。
どうしたらよいでしょうか。

p cp(TW) 判定 αp cp(NK) 判定ペリの判定
以下にエラーFUN(X[[1]], ...) : could not find function "combn"

No.03183　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【青木繁伸】　2007/04/11(Wed) 18:39

> 以下のエラーが出てしまいました。どうしたらよいでしょうか。

お使いの R のバージョンは幾つですか？
R の質問に限りませんが，プログラムのバージョンとともに，OS の種類とバージョンは必須情報です。

sessionInfo という関数を実行し，その結果を質問に添えると良いでしょう。
> sessionInfo()
R version 2.4.1 Patched (2007-03-13 r40835) 
i386-apple-darwin8.9.1 

locale:
ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8

attached base packages:
[1] "stats"     "graphics"  "grDevices" "utils"     "datasets"  "methods"   "base"     
combn は R2.4.0 で追加された関数です。
最新バージョンは R2.4.1 です。
もうじき，R2.5.0 が出ます。

No.03191　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【後医は名医】　2007/04/12(Thu) 03:01

私も「ねこ」さんと同様のメッセージがでました。私のRは2.1.1と古いので最新ヴァージョンの2.4.1にしようと思いましたが，どうもMac-OS-10.4(Tiger)が必要なようです。当方も残念ながらMac-OS-10.3(Panther)ですので無理なようです。

No.03193　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【青木繁伸】　2007/04/12(Thu) 09:46

http://r.research.att.com/panther/
にある，
panther R-2.4.0 2006/10/09 11:16:14 264483:30 OK OK OK OK R-2.4.0-panther.dmg
はどうでしょうか。

No.03195　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【青木繁伸】　2007/04/12(Thu) 10:05

combn 関数をR 2.4.0 未満へ持って行くときは，以下のものを定義すればよいと思います。R 2.4.0 以上の combn を2カ所変更しました。
combn.R とでも名前を付けて保存し，source("combn.R") で呼び出しておいてください。

combn <- function (x, m, FUN = NULL, simplify = TRUE, ...) 
{
    stopifnot(length(m) == 1)
    if (m < 0) 
        stop("m < 0")
    if (m == 0) 
        return(if (simplify) vector(mode(x), 0) else list())
    if (is.numeric(x) && length(x) == 1 && x > 0 && trunc(x) == 
        x) 
#        x <- seq.int(x)
#	< R 2.4.0
        x <- seq.int(x)
    n <- length(x)
    if (n < m) 
        stop("n < m")
    m <- as.integer(m)
    e <- 0
    h <- m
    a <- 1:m
    nofun <- is.null(FUN)
    if (!nofun && !is.function(FUN)) 
        stop("'FUN' must be a function or NULL")
    len.r <- length(r <- if (nofun) x[a] else FUN(x[a], ...))
    count <- as.integer(round(choose(n, m)))
    if (simplify) {
        dim.use <- if (nofun) 
            c(m, count)
        else {
            d <- dim(r)
            if (length(d) > 1) 
                c(d, count)
            else if (len.r > 1) 
                c(len.r, count)
            else c(d, count)
        }
    }
    if (simplify) {
        out <- matrix(r, nrow = len.r, ncol = count)
    }
    else {
        out <- vector("list", count)
        out[[1]] <- r
    }
    i <- 2
#    ._1 <- 1:1
#   < R 2.4.0
    ..1 <- 1:1
#    nmmp1 <- n - m + ._1
    nmmp1 <- n - m + ..1
    while (a[1] != nmmp1) {
        if (e < n - h) {
#            h <- ._1
            h <- ..1
            e <- a[m]
#            j <- ._1
            j <- ..1
        }
        else {
            e <- a[m - h]
#            h <- h + ._1
            h <- h + ..1
            j <- 1:h
        }
        a[m - h + j] <- e + j
        r <- if (nofun) 
            x[a]
        else FUN(x[a], ...)
        if (simplify) 
            out[, i] <- r
        else out[[i]] <- r
        i <- i + 1
    }
    if (simplify) 
        array(out, dim.use)
    else out
}

No.03208　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【後医は名医】　2007/04/13(Fri) 19:56

>panther R-2.4.0 2006/10/09 11:16:14 264483:30 OK OK OK OK R-2.4.0-panther.dmg

Mac -OS-10.3.9にダウンロードしましたが，原因はわかりませんが，「このソフトウェアはこのコンピュータにインストールできません」というメッセージが出てだめでした。ちなみに，10.4(Tiger)をもっている友人にR2.4.1をインストールして青木先生のペリのプログラムをたちあげると成功しました。やはり10.3（Panther）では無理なのかもしれません。初めてわかりましたが，R2.4.1は関数を打ち込む時に欄外に打つべき項目が表示されて便利だと実感しました。

No.03211　Re: 多重比較＜ペリ＞　　【青木繁伸】　2007/04/13(Fri) 20:57

やっぱり，「このソフトウェアはこのコンピュータにインストールできません」がでましたか？
私も，やってみてから書き込んだのですが，インストールできないのは，既に Tiger 用の 2.4.1, 2.5.0, 2.6.0 なんかが入っているせいかと思って。。。

3195 の combn を使えば，R 1.8.1 でも（それよりバージョンが低くても？？），OK. なはずですよ。