「統計学関連なんでもあり」の過去ログ---037

9558.　一塩基多型の解析　Jun　2006/03/03 (金) 11:07

9558.　一塩基多型の解析　Jun　　2006/03/03 (金) 11:07

ある疾患とSNP（一塩基多型）との関連解析を考えております。有名な施設では疾患と対照100例程度でまず解析し（SNP数は6万個），次にp<0.01のSNPのみついて，例数を増やして解析し，そこでp値が低いものを更に例数を増やして進めるという流れのようです（段階的絞込み）。しかしながら，何千人単位の検体がないとこのようなデザインは無理であり，一般的には難しいかと思います。

例えば，疾患と対照が200例しかない場合にどのようなデザインを組むのが理想的であるか考えております。単純に200 vs. 200のスタディで多重性の補正下で有意なものを候補SNPとすることがあるかと思います。ただし，この場合にひとつ気になるのは1回の解析だけで結論づけていいのかという不安があります（偽陽性かもしれない）。もうひとつの方法として，偽陽性を減らすために，100 vs. 100のスタディを2つ行って，両方で有意となるもの（再現性が取れるもの）を候補とすることもあるかと思いました。

現在勉強中でありますが，SNPの解析については素人です。
ご教授の程何卒宜しくお願い申し上げます。