★ フィッシャーの正確確率検定に関して ★

3814.　フィッシャーの正確確率検定に関して　山昌　2004/07/23 (金) 22:48
└3815.　Re: フィッシャーの正確確率検定に関して　青木繁伸　2004/07/23 (金) 23:15
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3814.　フィッシャーの正確確率検定に関して　山昌　　2004/07/23 (金) 22:48
初めて投稿させていただきます。どうぞ宜しくお願い致します。

m×n分割表（期待値が5以下のセルが含まれてい る）で変数間の独立性の検定を行うために，フィッシャーの正確確率検定を行いました。その際，青木先生の統計学自習ノートにある計算プログラム［CGI (C)］を用いて検定を行ったのですが，いくつかのデータで結果がでませんでした。（2〜30分後，ページが表示できませんとなってしまいました）

2× 16，2×13，4×13，4×17の分割表（すべて期待値が5以下のセルが含まれている）で行ったのですが，後ろ3つの分割表で結果が出ませんでした。 これは，何か当方のやり方に問題があったのでしょうか？それとも，m×n分割表でフィッシャーを用いる場合，期待値が5以下のセルが含まれている以外に何 か条件があるのでしょうか？

ご教授の程，宜しくお願い致します。

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3815.　Re: フィッシャーの正確確率検定に関して　青木繁伸　　2004/07/23 (金) 23:15
分割表の行数・列数の大小に関係なく，セルに入っている数値の状況により，計算に莫大な時間がかかることがあり，それは事前に予測できないのです。

私のページの計算アルゴリズムは簡単なものですから，計算速度自体が速くはありません。

R にも用意されておりますので，この計算アルゴリズムはネットワークアルゴリズムを採用しています，お試しになるといいのでは？
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/Cross/extended-fisher-r.html
を参照。

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3823.　Re^2: フィッシャーの正確確率検定に関して　山昌　　2004/07/24 (土) 01:35
青木先生

お忙しい中，早速ご返答いただき有り難うございます。

> 分割表の行数・列数の大小に関係なく，セルに入っている数値の状況により，計算に莫大な時間がかかることがあり・・・

上記の件，覚えておきます。有り難うございます。

> R にも用意されておりますので，この計算アルゴリズムはネットワークアルゴリズムを採用しています，お試しになるといいのでは？

早速試してみたいと思います。有り難うございました。


も う一点，別の質問なのですが，m×n分割表（期待値が5以下のセルが含まれている）場合において，変数間の独立性を検定するとともに，因子の発生確率（寄 与率）を求めたい場合，どのような方法があるのでしょうか。フィッシャーの正確確率検定では，このようなことは可能なのでしょうか？

例え ば，虫歯（あり，なし）とよく食べるもの（あめ，チョコレート，白米，ケーキ，トマト，肉）といったm×n分割表の場合（この場合2×6分割表ですが）， 虫歯がある，ないではそれぞれどの因子の発生確率が大きいのか・・といった場合などです。この場合，尤度比検定を用いて変数間の独立性を検定し，各セルの 数値（実測値）にlog（e底）をかけたもの（＝尤度比？）が大きい値のものから，虫歯がある（あるいはない）において発生確率（寄与率）が大きい要因と して扱っても大丈夫なのでしょうか？

下手な説明で先生にちゃんと伝わったのか心配ですが，宜しくお願い致します。お忙しいところ恐縮ですが，ご指導していただけると幸いです。

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3825.　Re^3: フィッシャーの正確確率検定に関して　青木繁伸　　2004/07/24 (土) 07:58
2×m分割表で，2つカテゴリーを持つ方が結果変数で，m 個のカテゴリーを持つ変数を原因変数ならば，ロジスティック回帰（ダミー変数を使うから多重ロジスティック回帰）になるでしょう。結果変数が3以上のカテ ゴリーを持つなら，多項ロジスティック回帰を行うことになるでしょうが，この掲示板でも何回となく炊こうロジスティック回帰の話題は出ますが，今ひとつそ れが具体的にどのようなものかわかる人が出てきません(^_^;)。多項ロジスティックモデルは spss とか stat ではできるようです。

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3826.　Re^4: フィッシャーの正確確率検定に関して　山昌　　2004/07/24 (土) 14:07
> 2×m分割表で，2つカテゴリーを持つ方が結果変数で，m 個のカテゴリーを持つ変数を原因変数ならば，ロジスティック回帰（ダミー変数を使うから多重ロジスティック回帰）になるでしょう。多項ロジスティックモデ ルは spss とか stat ではできるようです。

お忙しいところ，ご回答いただき有り難うございました。
勉強不足で申し訳ありません。statを使ってやってみたいと思います。

ちなみに，私がやった尤度比検定でのやり方（求め方）は，あってますでしょうか？それとも，そのような証明の仕方はないのでしょうか？宜しくお願い致します。

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3828.　Re^5: フィッシャーの正確確率検定に関して　青木繁伸　　2004/07/24 (土) 20:44
>多項ロジスティックモデルは spss とか stat ではできるようです。

失礼しました。stat ではなく stata でした。

> ちなみに，私がやった尤度比検定でのやり方（求め方）は，あってますでしょうか？それとも，そのような証明の仕方はないのでしょうか？

私にはわかりません。

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3829.　Re^6: フィッシャーの正確確率検定に関して　山昌　　2004/07/24 (土) 21:34
お返事をいただき有り難うございます。

> stat ではなく stata でした。

了解致しました。有り難うございました。

また，先日先生から教えていただきましたRにてfisherの検定を行ってみました。できなかったもののうち，1つはP値を求めることができました。残りの二つは，

Error in fisher.test(x1) : FEXACT error 7.
LDSTP is too small for this problem.
Try increasing the size of the workspace.

Error in fisher.test(x2) : FEXACT error 30.
Stack length exceeded in f3xact.
This problem should not occur.

となってしまい，できなかったのですが，私自身まだRについてよくわかっていないので，Rをもう少し勉強して格闘してみたいと思います。有り難うございました。

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3830.　Re^7: フィッシャーの正確確率検定に関して　青木繁伸　　2004/07/24 (土) 21:46
最初のケースは，fisher.test の引数 workspace の値を大きくしてみてください。
二番目のケースは，プログラムが想定していないエラーのようですね。
データの与え方に問題がなければ，R のエラーでしょうか。

なお，大きな（計算時間のかかる）分割表については，hybrid オプションを使うといいかもしれません。

関数のオンラインヘルプは，
? fisher.test
のようにすれば得られます。

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3831.　Re^8: フィッシャーの正確確率検定に関して　山昌　　2004/07/24 (土) 22:16
> 最初のケースは，fisher.test の引数 workspace の値を大きくしてみてください。
> なお，大きな（計算時間のかかる）分割表については，hybrid オプションを使うといいかもしれません。

いつも大変詳しくご教授していただき有り難うございます。
上記の件，早速試してみたいと思います。有り難うございました。

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3846.　Re^9: フィッシャーの正確確率検定に関して　山昌　　2004/07/26 (月) 22:09
> 最初のケースは，fisher.test の引数 workspace の値を大きくしてみてください。

返信が遅くなってしまい大変申し訳ありません。
一つ目の問題は，先生にご指導頂いたとおりworkspace の値を大きくすることで解決しました。有り難うございました。
二つ目の問題は，何度やっても同様のエラーが出てしまいます。下記のようなデータで行ったのですが，データの与え方に問題があるのでしょうか？

> x4
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 0 1 4 2
[2,] 0 3 4 1
[3,] 0 0 2 3
[4,] 0 1 5 2
[5,] 0 2 1 1
[6,] 2 1 1 0
[7,] 2 2 7 0
[8,] 0 1 2 0
[9,] 0 0 1 2
[10,] 1 0 2 0
[11,] 0 0 0 4
[12,] 0 2 0 0
[13,] 0 3 0 2
[14,] 4 4 7 1
[15,] 1 2 5 3
[16,] 1 0 2 1
[17,] 0 2 2 0
> fisher.test(x4, workspace = 20000000, hybrid = FALSE)
Error in fisher.test(x4, workspace = 2e+07, hybrid = FALSE) : FEXACT error 30.
Stack length exceeded in f3xact.
This problem should not occur.

お忙しいところ恐縮ですが，ご指導していただけると幸いです。

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3848.　Re^10: フィッシャーの正確確率検定に関して　青木繁伸　　2004/07/26 (月) 23:14
エラーが出るのは R のバグというか，R では（というか xact test では）このような大きな問題を想定していないと言うか，，ソースを見ればそのあたりはわかるかもしれませんが。と書きつつ，ちょっと見てみましたが，わかりませんでした。。。

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3849.　Re^11: フィッシャーの正確確率検定に関して　山昌　　2004/07/26 (月) 23:21
> エラーが出るのは R のバグというか，R では（というか xact test では）このような大きな問題を想定していないと言うか・・・

ご返答有り難うございます。あまり大きすぎるとR（xact test)では，処理できないということなのですね。夜分遅くに有り難うございました。

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