「統計学関連なんでもあり」の過去ログ---029

★ princo(s)でNaNエラー ★

3687.　princo(s)でNaNエラー　Shimp　2004/07/14 (水) 17:20
└3692.　Re: princo(s)でNaNエラー　青木繁伸　2004/07/14 (水) 19:08
　└3701.　Re^2: princo(s)でNaNエラー　Shimp　2004/07/14 (水) 22:56
　　└3703.　Re^3: princo(s)でNaNエラー　青木繁伸　2004/07/14 (水) 23:27

3687.　princo(s)でNaNエラー　Shimp　　2004/07/14 (水) 17:20

R 1.9.0 日本語化Patched(Windows版)を使用しています。
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/princo.html の主座標分析関数の利用を検討しているのですが，使用例に記載のコマンドを実行すると

　Warning message:
　NaNs produced in: sqrt(res$values)

の警告が出ます。

　...これは私側の問題なのでしょうか...

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3692.　Re: princo(s)でNaNエラー　青木繁伸　　2004/07/14 (水) 19:08

> 　...これは私側の問題なのでしょうか...

関数と，使用例はどのように R に食わせましたか？
Web ページに表示されるものをカット＆ペーストでやってみてもそうなんですか。
私のところは R 1.9.1　（非日本語化　　だってMacintoshだもん）
やってみると，以下の通り（見にくいし，日本語は化けるけど）
> princo <- function(s) + { + n <- nrow(s) + m <- apply(s, 2, sum)/n + h <- s+sum(s)/n^2-outer(m, m, "+") + res <- eigen(h) + res$vectors <- res$vectors*matrix(sqrt(res$values), n, n, byrow=TRUE) + colnames(res$vectors) <- names(res$values) <- paste("Axis", 1:n) + rownames(res$vectors) <- paste("Object", 1:n) + res$values <- res$values[res$values > 1e-5] + ax <- length(res$values) + res$vectors <- res$vectors[,1:ax] + if (ax > 2) { + plot(res$vectors[,1:2]) + abline(v=0, h=0) + text(res$vectors[,1], res$vectors[,2], 1:n, pos=4, offset=.2) + } + res + } > > s <- matrix(c( + 0, -1, -2, -3, + -1, 0, -3, -4, + -2, -3, 0, -1, + -3, -4, -1, 0 + ), byrow=TRUE, ncol=4) > > princo(s) $values Axis 1 Axis 2 Axis 3 5.236068 1.000000 0.763932 $vectors Axis 1 Axis 2 Axis 3 Object 1 -0.8506508 -0.5 0.5257311 Object 2 -1.3763819 0.5 -0.3249197 Object 3 0.8506508 -0.5 -0.5257311 Object 4 1.3763819 0.5 0.3249197

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3701.　Re^2: princo(s)でNaNエラー　Shimp　　2004/07/14 (水) 22:56

> 関数と，使用例はどのように R に食わせましたか？
> Web ページに表示されるものをカット＆ペーストでやってみてもそうなんですか。

　はい。webページからコピー&ペーストしました。
　R 1.9.1のオリジナルを落としてきて試してみましたが，現象は変わりませんでした。
　念のため，コンソールのコピーして貼っておきますが...

> princo <- function(s) + { + n <- nrow(s) + m <- apply(s, 2, sum)/n + h <- s+sum(s)/n^2-outer(m, m, "+") + res <- eigen(h) + res$vectors <- res$vectors*matrix(sqrt(res$values), n, n, byrow=TRUE) + colnames(res$vectors) <- names(res$values) <- paste("Axis", 1:n) + rownames(res$vectors) <- paste("Object", 1:n) + res$values <- res$values[res$values > 1e-5] + ax <- length(res$values) + res$vectors <- res$vectors[,1:ax] + if (ax > 2) { + plot(res$vectors[,1:2]) + abline(v=0, h=0) + text(res$vectors[,1], res$vectors[,2], 1:n, pos=4, offset=.2) + } + res + } > > s <- matrix(c(# 4行4列の類似度行列例（ファイルから読んでも良い） + 0, -1, -2, -3, + -1, 0, -3, -4, + -2, -3, 0, -1, + -3, -4, -1, 0 + ), byrow=TRUE, ncol=4) > > princo(s) $values Axis 1 Axis 2 Axis 3 5.236068 1.000000 0.763932 $vectors Axis 1 Axis 2 Axis 3 Object 1 -0.8506508 -0.5 0.5257311 Object 2 -1.3763819 0.5 -0.3249197 Object 3 0.8506508 -0.5 -0.5257311 Object 4 1.3763819 0.5 0.3249197 Warning message: NaNs produced in: sqrt(res$values)
　どなたか「うちのWindowsでは問題なし」っておっしゃって下さると，議論が進みそうな気もするのですが...

　とりあえず，数量化IV類(qt4関数)は警告無しで使えているのでこちらで仕事を進めてみます。
　もしも，何か判ったらレスを下さると幸甚に存じます。
　宜しくお願い致します。

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3703.　Re^3: princo(s)でNaNエラー　青木繁伸　　2004/07/14 (水) 23:27

Windows ではないですが，UNIX マシン（正確な呼び方ではないがご容赦）にインストールしてあるものでも，同じ warning 出ますね。
で，私も，やって見てれば良かったのだけど，warning が文句を言うところの原因をプリントしてやってみてください。具体的には，

res <- eigen(h)
の後に
print("res$values") print(res$values)
を入れて見てください（print("res$values")は入れなくてもいい）。

文句を言う方では，
[1] "res$values" [1] 5.236068e+00 1.000000e+00 7.639320e-01 -1.306145e-17
となっていました。
4つ目の数値がマイナスで，「そんなもんの平方根はとれへんで～～」といってるわけですね。で，「計算できへんから NaN にしたった」と言ってます。
実質的には，後への影響はありません。

文句を言わないMacintoshはどうやっているのかと同じくチェックしてみると，
> princo(s) [1] "res$values" [1] 5.236068e+00 1.000000e+00 7.639320e-01 7.836868e-17
だそうです。どっちが偉いと言うことでもないですが，どうしても木になるということなら，先ほど二行挿入したところへ代わりに
res$values[res$values < 0] <- 0
を入れておくとか。（念のため，あまり絶対値の大きい負の値になったら本当にエラーメッセージを吐いて死ぬとかにしておいた方がよいかも）。

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