平均値の差の信頼区間も出すと言うことでしょうか？
R でもできますよ。
> x <- rnorm(4)
> y <- rnorm(17, mean=0.5)
> t.test(x, y)
Welch Two Sample t-test
data: x and y
t = -0.8049, df = 4.672, p-value = 0.4599
alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0
95 percent confidence interval:
-1.8648871 0.9898048
sample estimates:
mean of x mean of y
0.2061688 0.6437100
マン・ホイットニーのU検定では，代表値の差の信頼区間を出したいのでしょうか？
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/CI4median.html
に R で書いた関数があります。
この関数を書くときに参考にした本は，
Mattin J. Gardner, Douglas G. Altman: Statistics with Confidence - Confidence intervals and statistical guidelines -, BMJ
です。
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/LaTeX/median.pdf
に，レジュメを付けてあります。