「統計学関連なんでもあり」の過去ログ---025

★ Rについて ★

489.　Rについて　august　2003/08/12 (火) 08:10
└490.　Re: Rについて　青木繁伸　2003/08/12 (火) 09:23
　└494.　出来ました　august　2003/08/12 (火) 18:12

489.　Rについて　august　　2003/08/12 (火) 08:10

Rをダウンロードして，http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/の例題をコピー&ペーストして試しています。Fisherやクラスカルウォリス，スピアマンなどは問題なく再現できていますが，No88-90の生存分析はどれもError: couldn't find function "Cox.Mantel"などと表示が現れます。また，86で生存曲線を描く事もできませんが，一番下のNo29の「ライブラリーにある関数を使って計算する」だと，曲線が得られます。ダウンロードか何かに問題があったのでしょうか。ご教示いただければ幸いです。

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490.　Re: Rについて　青木繁伸　　2003/08/12 (火) 09:23

> No88-90の生存分析はどれもError: couldn't find function "Cox.Mantel"などと表示が現れます。
どれも，同じそのエラーメッセージなのですか?おかしいですね。
エラーの生じるものどれでもいいですが例えば Cox.Mantel の実行例（関数のペースト，データのペースト，関数呼び出し）をここに貼ってみてください。

今さっき，Cox.Mantel をやってみましたが，以下のようにちゃんと実行されました。
> Cox.Mantel <- function(group, event, time) + { + len <- length(time) + if (len != length(group) || len != length(event)) { + stop("Incomplete data") + } + tg <- table(time, group*10+event) + k <- nrow(tg) + nib <- len-(nia <- table(group)[1]) + na <- c(nia, (rep(nia, k)-cumsum(tg[,1]+tg[,2]))[-k]) + nb <- c(nib, (rep(nib, k)-cumsum(tg[,3]+tg[,4]))[-k]) + m <- tg[,2]+tg[,4] + m <- m[s <- m > 0] + A <- nb[s]/(r <- (na+nb)[s]) + U <- sum(tg[,4])-sum(m*A) + I <- sum(m*(r-m)/(r-1)*A*(1-A)) + Z <- U/sqrt(I) + result <- c(U, I, Z, pnorm(abs(Z), lower=F)*2) + names(result) <- c("U", "Var.(U)", "Z value", "P value") + result + } > > group <- c(1, 1, 2, 2, 1, 1, 2, 2, 1, 2, 2, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 1, 1, 2, 1, 2, 1, 2, 1, 2, 2, 1, 1, 1) > event <- c(1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0) > time <- c(2, 20, 5, 1, 3, 17, 2, 3, 15, 14, 12, 13, 11, 11, 10, 8, 8, 3, 7, 3, 6, 2, 5, 4, 2, 3, 1, 3, 2, 1) > Cox.Mantel(group, event, time) U Var.(U) Z value P value 3.02979798 2.71545278 1.83862239 0.06597075
> また，86で生存曲線を描く事もできませんが，

グラフは別ウインドウに描かれるので，他のウインドウの下になったりしていませんか?

数値結果も出ませんか?

ところで，どの様な環境でお使いなのでしょう?
Windows，Mac, Linux など

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494.　出来ました　august　　2003/08/12 (火) 18:12

ご丁寧にありがとうございました。示された部分をコピー&ペーストしてみると問題無く再現出来ました。で，解説ページに戻ると，ソースをペーストせずに，使用例から始めていたことに気付きました。エラーが出て当然ですね…。最初に試したFisherやクラスカルウォリスでは例題の下の部分を貼るだけで良かったので，その感覚でやってました。お騒がせしました。

ところで，先日質問させていただいた，非打ち切り例0の群を含む2群間の生存率比較ですが，一般化Wilcoxonで試したところ結果が表示されました。御指摘のように，場合によっては観察期間や群の大きさが問題となることがあると思いますが，ケースバイケースで使わせていただこうと思います。

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