「統計学関連なんでもあり」の過去ログ---024

★ 多次元尺度構成法 ★

　74　多次元尺度構成法　　素人で　　2003/03/04 (火) 05:08
　　77　Re: 多次元尺度構成法　　JAM　　2003/03/04 (火) 20:18
　　　82　Re^2: 多次元尺度構成法　　素人で　　2003/03/06 (木) 02:48

74.　多次元尺度構成法　　素人で　　2003/03/04 (火) 05:08

多次元尺度構成法（MDS）について悩んでいます。　実験データの可視化に使用したいのですが，CoxANDCox等のMDSは採用データの上限が決定されていてデータ数が膨大化すると使用できません。　今，356×356の非類似度の行列がデータとして得られているのですが，フリーソフトを使用して二次元空間で可視化できないものでしょうか。

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77.　Re: 多次元尺度構成法　　JAM　　2003/03/04 (火) 20:18

> 多次元尺度構成法（MDS）について悩んでいます。　フリーソフトを使用して二次元空間で可視化できないものでしょうか。

Rのライブラリー"mva"にある"cmdscale"か，ライブラリー"MASS"にある"isoMDS"ではどうでしょうか。

下記ヘルプに出ているままの例で恐縮ですが，下記のように使うようです。

library(mva) data(eurodist) loc <- cmdscale(eurodist) x <- loc[,1] y <- -loc[,2] plot(x, y, type="n", xlab="", ylab="", main="cmdscale(eurodist)") text(x, y, names(eurodist), cex=0.8) cmdsE <- cmdscale(eurodist, k=20, add = TRUE, eig = TRUE, x.ret = TRUE) str(cmdsE)

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82.　Re^2: 多次元尺度構成法　　素人で　　2003/03/06 (木) 02:48

ありがとうございます。早速実行してみます。

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