★ 3*3のテーブルでトレンドがあるとき ★

　169　3*3のテーブルでトレンドがあるとき　　ざーさい　　2002/12/12 (木) 00:01
　　173　Re: 3*3のテーブルでトレンドがあるとき　　青木繁伸　　2002/12/12 (木) 13:03
　　　203　Re^2: 3*3のテーブルでトレンドがあるとき　　青木繁伸　　2002/12/14 (土) 00:36
　　　175　Re^2: 3*3のテーブルでトレンドがあるとき　　ざーさい　　2002/12/12 (木) 15:57
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　　　　　　　185　Re　ctest　　ざーさい　　2002/12/12 (木) 23:54
　　　　　　　　188　Re: Re　ctest　　青木繁伸　　2002/12/13 (金) 10:37
　　　　　　　　　194　Re:関数の覚え方　　ざーさい　　2002/12/13 (金) 18:13

169.　3*3のテーブルでトレンドがあるとき　　ざーさい　　2002/12/12 (木) 00:01
手元に3*3のテーブルで
列はカテゴリーA，B，C
行は1,2,3のオーダーになっています。

これをカイ2乗ではなくて，オーダーの性質を生かした検定
したいと思っているのですが，
なにかいい方法ありませんでしょうか?

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173.　Re: 3*3のテーブルでトレンドがあるとき　　青木繁伸　　2002/12/12 (木) 13:03
> これをカイ2乗ではなくて，オーダーの性質を生かした検定
> したいと思っているのですが，
> なにかいい方法ありませんでしょうか?

クラスカル・ウォリス検定でよろしいのではないでしょうか。
分割表形式のデータを取り扱えるようにプログラムを書いてもよいし，R が用意している kruskal.test を使うとすれば，分割表からデータを生成すればいいですね。
kw3.test <- function(d)
{
    g <- v <- NULL
    for (i in 1:nrow(d)) {
        for (j in 1:ncol(d)) {
            g <- c(g, rep(i, d[i, j]))
            v <- c(v, rep(j, d[i, j]))
        }
    }
    kruskal.test(v, g)
}

使用例
行が各群を表すような分割表の場合

d <- matrix(c(10, 5, 1,  4, 7, 3,  2, 4, 9), byrow=TRUE, ncol=3)
kw3.test(d)

出力結果

    Kruskal-Wallis rank sum test

data:  v and g 
Kruskal-Wallis chi-squared = 12.4173, df = 2, p-value = 0.002012

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203.　Re^2: 3*3のテーブルでトレンドがあるとき　　青木繁伸　　2002/12/14 (土) 00:36
分割表形式でデータを与えてクラスカル・ウォリス検定を行う関数
kw4.test <- function(tbl)
{
    nc <- ncol(tbl)
    n <- sum(ni <- apply(tbl, 1, sum))
    tj <- apply(tbl, 2, sum)
    rj <- c(0, cumsum(tj)[-nc])+(tj+1)/2
    Sx <- 12*sum((tbl%*%rj)^2/ni)/(n*(n+1))-3*(n+1)
    S0 <- Sx/(1-sum(tj^3-tj)/(n^3-n))
    df <- nrow(tbl)-1
    P <- pchisq(S0, df, lower=F)

    result <- c(S0, df, P)
    names(result) <- c("Chi sq.", "d.f.", "P value")
    result
}

# 3 群，4 順序カテゴリの場合
tbl <- matrix(c(
    9, 5, 1, 2,
    4, 3, 2, 4,
    2, 3, 1, 8
    ), byrow=TRUE, ncol=4)
kw4.test(tbl)

# 結果
#    Chi sq.       d.f.    P value
# 8.17217921 2.00000000 0.01680482

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175.　Re^2: 3*3のテーブルでトレンドがあるとき　　ざーさい　　2002/12/12 (木) 15:57
> クラスカル・ウォリス検定でよろしいのではないでしょうか。

ありがとうございました。

> kw3.test <- function(d)

関数も早速使わせてもらいました。
分割表から生データを作る方法も勉強になりました。

ところで，3*3に限らずm*nでこの関数はつかえそうですが，どうして
kw3と3という数字がついているのでしょうか?

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176.　Re^3: 3*3のテーブルでトレンドがあるとき　　青木繁伸　　2002/12/12 (木) 16:45
> ところで，3*3に限らずm*nでこの関数はつかえそうですが，どうして
> kw3と3という数字がついているのでしょうか?

私が作ったクラスカル・ウォリス検定関係の関数の番目というだけです(^_^;)

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180.　Re^4: 3*3のテーブルでトレンドがあるとき　　ざーさい　　2002/12/12 (木) 21:13
> kw3と3という数字がついているのでしょうか?
>
> 私が作ったクラスカル・ウォリス検定関係の関数の番目というだけです(^_^;)

失礼いたしました。

あとRを使い始めたばかり方々のための補足としては
青木先生の関数を使うためにはctestといういろいろな検定の関数が
パッケージになったものをloadしなければなりません。
Windowsであれば，etcというフォルダのRprofileというファイルに
library(ctest)と一行加えておけば毎回起動時にloadされるようになります。

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181.　Re^5: 3*3のテーブルでトレンドがあるとき　　青木繁伸　　2002/12/12 (木) 21:17
> あとRを使い始めたばかり方々のための補足としては
> 青木先生の関数を使うためにはctestといういろいろな検定の関数が
> パッケージになったものをloadしなければなりません。
> Windowsであれば，etcというフォルダのRprofileというファイルに
> library(ctest)と一行加えておけば毎回起動時にloadされるようになります。

あれ，Windows ではそうなのですか?
Macintosh ではなんにもしなくても，最初から使えます。
また，UNIX マシン上で make したシステムでも，何にもしないで使えていますが....

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185.　Re　ctest　　ざーさい　　2002/12/12 (木) 23:54
> あれ，Windows ではそうなのですか?

小生のWindows版　R1.6.1とR1.5.1では両方ctestはloadしなければ
なりませんでした。

どこかでctestは最近デフォルトになっとという表現を記憶はありますが，，，
?library の例にある
library(lib = .Library) # list all packages in the default library

でデフォルトのパッケージを調べるとctestも入っているのですが，
なぜかロードしないとctest使えるようになりません。???

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188.　Re: Re　ctest　　青木繁伸　　2002/12/13 (金) 10:37
> なぜかロードしないとctest使えるようになりません。???

Windows マシンをラックから引っ張りおろして，開けてみたら 1.4.1 しかはいってなかったですが，起動後何もしないでも ctest は使えています。

1.6.1 にバージョンを上げて同じようにやっても，結果は同じでした。

一度，全部消去して，セットアップし直してみてはいかがでしょうか。

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194.　Re:関数の覚え方　　ざーさい　　2002/12/13 (金) 18:13
> 一度，全部消去して，セットアップし直してみてはいかがでしょうか。

セットアップしなおして直りました。

Functions for running WinBugs from R
http://www.stat.columbia.edu/~gelman/bugsR/
で　.First　をいじっていたのがいけなかったようです。
.Firstをやめて普通にsourceすると直りました。

ところで，たくさん自作の関数を作っている方，どのようにたくさんの関数を
覚えていらっしゃるのでしょうか?小生はつくっても，それをわすれて
しまったりします。なにかTipsとかありますでしょうか?

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