「統計学関連なんでもあり」の過去ログ---022

★ Rで変量効果を含むNested ANOVA ★

　110　Rで変量効果を含むNested ANOVA　　タカクラ　　2002/12/04 (水) 17:18
　　125　Re: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　sb812109　　2002/12/06 (金) 10:11
　　　155　Re^2: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　タカクラ　　2002/12/09 (月) 18:11
　　　　157　Re^3: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　sb812109　　2002/12/10 (火) 06:38
　　　　　158　Re^4: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　タカクラ　　2002/12/10 (火) 11:03
　　　　　　160　Re^5: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　青木繁伸　　2002/12/10 (火) 14:09
　　　　　　　163　Re^6: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　タカクラ　　2002/12/10 (火) 16:51
　　　　　　　161　Re^6: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　タカクラ　　2002/12/10 (火) 15:53
　　　　　　159　Re^5: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　sb812109　　2002/12/10 (火) 13:40
　　　　　　　162　Re^6: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　タカクラ　　2002/12/10 (火) 16:31
　　111　Re: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　青木繁伸　　2002/12/04 (水) 17:45

110.　Rで変量効果を含むNested ANOVA　　タカクラ　　2002/12/04 (水) 17:18

青木先生，はじめまして。生態学をやっていますタカクラと申します。
いつもwebサイトの情報を利用させて頂いています。

私はこれまでSASを利用していましたが，職場の都合で現在は使えません。
困っていたところにRの存在を知り，インストールして色々試しているところです。

私がSASを使っていた理由は，他の一般的な統計ソフトでは
「変量効果を含んだNested ANOVAを行い，Least Square Meanを計算する」
という私にとってはよくやる作業ができないことが多いためでした。
SASプログラムでかくと，
proc glm;
class population family;
model eggsize = population family(population);
random family(population);
lsmeans population /stderr pdiff = all adjust = scheffe out = temp;
（複数の個体群populationから複数のメスfamilyをとってきて
産ませた卵のサイズを解析する場合）
といった感じです。

これさえできれば，すぐにでもRをメインに使いたいと思い，
これまでwebでRやSのTipsを探したのですが，見つけられません。
Rでこのような解析は可能でしょうか?
可能ならばどうすればいいでしょうか?
よろしくお願いします。

　　　　　[このページのトップへ]

125.　Re: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　sb812109　　2002/12/06 (金) 10:11

> 私はこれまでSASを利用していましたが，職場の都合で現在は使えません。

貧乏人には無縁の統計ソフトです。

> 困っていたところにRの存在を知り，インストールして色々試しているところです。

今年最大の収穫でしょう。

>
> 私がSASを使っていた理由は，他の一般的な統計ソフトでは
> 「変量効果を含んだNested ANOVAを行い，Least Square Meanを計算する」
> という私にとってはよくやる作業ができないことが多いためでした。

package nlme をdownloadして，
library(nlme)
?nlme

を試してみて下さい。望みのものでなければごめんなさい。

　　　　　[このページのトップへ]

155.　Re^2: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　タカクラ　　2002/12/09 (月) 18:11

レスありがとうございます。

> package nlme をdownloadして，
> library(nlme)
> ?nlme
>
> を試してみて下さい。望みのものでなければごめんなさい。

さっそくやってみて，ドキュメントを眺めてみました。
変量効果を扱えるのはわかったのですが，
Least Square Meanの計算はできないように思ったのですが，
私の見落としでしょうか?

もし，これについてもご存知であればご教示下さい。

　　　　　[このページのトップへ]

157.　Re^3: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　sb812109　　2002/12/10 (火) 06:38

> Least Square Meanの計算はできないように思ったのですが，
> 私の見落としでしょうか?

Least Square Mean （最小2乗平均?）:私には，なじみのない用語です。
一般的な統計用語でしょうか?　SASのマニュアルを参照された方が早いと
思います。

　　　　　[このページのトップへ]

158.　Re^4: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　タカクラ　　2002/12/10 (火) 11:03

> Least Square Mean （最小2乗平均?）:私には，なじみのない用語です。
> 一般的な統計用語でしょうか?　SASのマニュアルを参照された方が早いと
> 思います。

もちろんSAS Manualには載っていますし，SASで計算もできます。
proc glmの章にありますよ。
これができるとありがたいと思って，Rをいじっているところです。

しかし，nlmeは難しいですね。
モデルの記述の仕方がまだわかりません。

　　　　　[このページのトップへ]

160.　Re^5: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　青木繁伸　　2002/12/10 (火) 14:09

> もちろんSAS Manualには載っていますし，SASで計算もできます。
> proc glmの章にありますよ。
> これができるとありがたいと思って，Rをいじっているところです。

SAS にしかない，という感じもあるようで...
STATA ではマニュアルで計算しろと言う FAQ への回答があったり，
その他のソフトでは，「できません」とあっさり書いてあったり。

google で
site:r-project.org "least square means"
で検索しても，でてこないです。

S-PLUS で「なんとか計算できないか」という質問にも，回答はなかったようです。
http://www.biostat.wustl.edu/mailinglists/s-news/199905/msg00306.html

計算式（アルゴリズム）を捜して net をうろついていたのだが，何も見つからない。

　　　　　[このページのトップへ]

163.　Re^6: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　タカクラ　　2002/12/10 (火) 16:51

立て続けの書き込み，すみません。

考えているうちに，L.S.Meanとその誤差は計算できるような気がしてきましたが，自由度はやっぱりわかりません。

> 計算式（アルゴリズム）を捜して net をうろついていたのだが，何も見つからない。

SAS/Stat User's Guideでは
Searle, Speed and Milliken (1980) The American Statistician, 34: 216-221
をReferencesに挙げています。
興味のある方はどうぞ。
私は，，，統計学の原著を読んでも理解できなさそうな，，，

　　　　　[このページのトップへ]

161.　Re^6: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　タカクラ　　2002/12/10 (火) 15:53

色んな情報をありがとうございました。

> SAS にしかない，という感じもあるようで...

そうなのかもしれないですね。
私自身SASでしか計算したことがありませんし，
これまでに見た論文でもすべてSASを使っていました。

> STATA ではマニュアルで計算しろと言う FAQ への回答があったり，

L.S.Meanの計算だけであれば，手計算でもなんとか，，，なるかな?
ただ，その標準誤差とかになると私の手には余ります(^^;

> 計算式（アルゴリズム）を捜して net をうろついていたのだが，何も見つからない。

どうもお手間を取らせてしまいました。

ところで，既に紹介して頂いたnlmeですが，
どうもモデルの記述の仕方がわかりません。
出ている例は連続変数を変量効果として扱っているものだけで，
名義変数が使えないのです。
もし，名義変数を変量効果として扱っている例をご存知であれば
教えて頂きたいのですが，，，

　　　　　[このページのトップへ]

159.　Re^5: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　sb812109　　2002/12/10 (火) 13:40

> もちろんSAS Manualには載っていますし，SASで計算もできます。
> これができるとありがたいと思って，Rをいじっているところです。

SASのマニュアルを参考に，lsmean と同じ働きをするプログラムを
書けばいいと思います。　R の関数にlsmean はありません（多分）。

>
> しかし，nlmeは難しいですね。
> モデルの記述の仕方がまだわかりません。

Mixed-Effects Models in S and S-PLUS (Douglas M. Bates)
と云う本があります。

　　　　　[このページのトップへ]

162.　Re^6: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　タカクラ　　2002/12/10 (火) 16:31

> SASのマニュアルを参考に，lsmean と同じ働きをするプログラムを
> 書けばいいと思います。　R の関数にlsmean はありません（多分）。

SAS/Stat User's Guideを見てみましたが，L.S.Meansの算出法はありますが，やはりその誤差については触れてなかったです。
L.S.Meanの計算方から想像するに，ただ足していけばいいのでしょうね?

> Mixed-Effects Models in S and S-PLUS (Douglas M. Bates)
> と云う本があります。

どうもありがとうございました。
しかし，ハードカバーしかない(泣）。
Amazonからの請求が恐い今日この頃です。

　　　　　[このページのトップへ]

111.　Re: Rで変量効果を含むNested ANOVA　　青木繁伸　　2002/12/04 (水) 17:45

> SASプログラムでかくと，
> proc glm;
> class population family;
> model eggsize = population family(population);
> random family(population);
> lsmeans population /stderr pdiff = all adjust = scheffe out = temp;
> （複数の個体群populationから複数のメスfamilyをとってきて
> 産ませた卵のサイズを解析する場合）
> といった感じです。

なんでもかんでも R でやってしまおうか...
という割には，よく知らないことばかりなんです

SAS は使ったことないですし，glm もよく知らないのです...

glm は base の中にあるので，
apropos(glm) とかやると，関連の関数リストが得られます
help(glm) とやると，かなり長い説明がでてくるのですが，理論を知らないのでちんぷんかんぷんです。

どなたか，フォローお願いします

　　　　　[このページのトップへ]