★ R -- コクラン・アーミテージ検定 ★

 303 R -- コクラン・アーミテージ検定  青木繁伸  2002/01/18 (金) 22:39


303. R -- コクラン・アーミテージ検定  青木繁伸  2002/01/18 (金) 22:39
Cochran.Armitage <- function(n.i, r.i, x.i=F)
{
    k <- length(n.i)
    n <- sum(n.i)
    r <- sum(r.i)
    p.i <- r.i/n.i
    p.m <- r/n
    if (x.i == F) {
        x.i <- 1:k
    }
    xx <- x.i-(x.m <- sum(n.i*x.i)/n)
    b <- sum(n.i*(p.i-p.m)*xx)/sum(n.i*xx^2)
    a <- p.m-b*x.m
    
    xt <- b^2*sum(n.i*xx^2)/(p.m*(1-p.m))
    xh <- n^2*(sum(r.i^2/n.i)-r^2/n)/r/(n-r)
    xq <- xh-xt
    
    res <- matrix(c(xt, xq, xh, 1, k-2, k-1, 1-pchisq(xt,1), 1-pchisq(xq,k-2), 1-pchisq(xh,k-1)), nrow=3)
    colnames(res) <- c("Chi-sq.", "d.f.", "P")
    rownames(res) <- c("Trend", "Quad.", "Homo.")
    res
}

x.i <- c(10, 20, 30, 40, 50)
n.i <- c(30, 35, 47,21, 45)
r.i <- c(2, 4, 14, 13, 39)

Cochran.Armitage(n.i, r.i, x.i)

結果

        Chi-sq. d.f.            P
Trend 68.572732    1 1.110223e-16
Quad.  4.014484    3 2.599043e-01
Homo. 72.587216    4 6.439294e-15


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