「統計学関連なんでもあり」の過去ログ---011

★ contingency testって何すか? ★

　268　contingency testって何すか?　　Hide　　2000/12/05 (火) 12:58
　　269　Re: contingency testって何すか?　　K_YAMADA　　2000/12/05 (火) 13:42
　　　270　Re^2: contingency testって何すか?　　Hide　　2000/12/05 (火) 14:28
　　　　271　Re^3: contingency testって何すか?　　K_YAMADA　　2000/12/05 (火) 15:41
　　　　　273　Re^4: contingency testって何すか?　　Hide　　2000/12/05 (火) 18:20
　　　　　　276　Re^5: contingency testって何すか?　　K_YAMADA　　2000/12/06 (水) 13:39
　　　　　　　278　Re^6: contingency testって何すか?　　Hide　　2000/12/06 (水) 18:37

268.　contingency testって何すか?　　Hide　　2000/12/05 (火) 12:58

集団遺伝学の初心者です。
たぶん，基本的すぎて本に載ってないんだと思いますが，contingency test analysisって何のことですか?
χ2とは違うんでしょうか?
2×2contingency tableとかは本によく載ってるんですけど。

CLUMPっていうソフトを使ってcontingency testをするらしいんですが，χ2をもとに，Monte Calro simulationを導入して有意性を評価するらしいです。
詳細がよくわかりません。そもそもcontigency testの意味合いがわからない。
誰か，基本的な意味合いを教えて下さいませ。

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269.　Re: contingency testって何すか?　　K_YAMADA　　2000/12/05 (火) 13:42

> CLUMPっていうソフトを使ってcontingency testをするらしいんですが，χ2をもとに，Monte Calro simulationを導入して有意性を評価するらしいです。

CLUMPのdocumaetationや論文にはcontingency tableとあったと思いますが，どこかにcontingency testという言い方も書いてあったんでしょうか?あまり，気にしたことはないのですが・・分割表という意味でいいのではないでしょうか?
CLUMPは2byN contingency tableをχ2分布を用いないで解析します。
sparce tableに対して有効とされるのでgeneticsではgenotypingやmicrosatelliteなどの解析に使用されます(ご存知だと思いますが)。

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270.　Re^2: contingency testって何すか?　　Hide　　2000/12/05 (火) 14:28

> CLUMPのdocumaetationや論文にはcontingency tableとあったと思いますが，どこかにcontingency testという言い方も書いてあったんでしょうか?あまり，気にしたことはないのですが・・分割表という意味でいいのではないでしょうか?
> CLUMPは2byN contingency tableをχ2分布を用いないで解析します。

K_YAMADAさん，早速メッセージありがとうございます。
まさしくmicrosatelliteを用いた相関解析に関する論文を解読していて，CLUMPや，contingency test snalysisという言葉に混乱した次第です。
論文を取り寄せているところなんですが，待てなくてこちらに書き込みました。

患者集団と健常者集団におけるアリル頻度の差異を検定するところでCLUMPが使われていました。そうすると，患者-健常者で2,対立遺伝子数がNとすると，2byN contingency tableとなるわけですね。
これをχ2分布を用いずに適合度検定する方法がCLUMPであると。
だんだん混乱がほぐれてまいりました。ありがとうございます。

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271.　Re^3: contingency testって何すか?　　K_YAMADA　　2000/12/05 (火) 15:41

> 論文を取り寄せているところなんですが，待てなくてこちらに書き込みました。

CLUMPのDocumentationは
http://linkage.rockefeller.edu/soft/clump.html　にあります。
Softwareは
ftp://ftp.gene.ucl.ac.uk/pub/packages/dcurtis/　からダウンロードできます。

> そうすると，患者-健常者で2,対立遺伝子数がNとすると，2byN contingency tableとなるわけですね。
> これをχ2分布を用いずに適合度検定する方法がCLUMPであると。

はい。χ2分布を用いるといろいろな制約がでてきます。特にNが大きくてsparseなtableには不適です。その為，よくCLUMPが使われます(ただ，microsatelliteの場合にはmultiple testの問題も出てきますが・・・）。

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273.　Re^4: contingency testって何すか?　　Hide　　2000/12/05 (火) 18:20

K_YAMADAさん，ありがとうございます。
早速CLUMPのdocumentationとSoftwareを入手させていただきました。
C言語によるプログラムらしいですね。
実は，まだこういったSoftwareの取り扱いに慣れておらず，どうやって動かせるようにしたらいいのか，よくわかってません。
主にMacを使ってるんですけど，Windows,Unixも身近に使える環境にはあります。
ちょっと頑張ってやってみます。

なんか数時間前，ひとりで燻っていた時の心境とは雲泥の差です。
やる気出てきました。ありがとうございます。

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276.　Re^5: contingency testって何すか?　　K_YAMADA　　2000/12/06 (水) 13:39

> C言語によるプログラムらしいですね。
human genetics で用いられるソフトはC,Pascalが多いようです。最近はJavaもありますが。

> 実は，まだこういったSoftwareの取り扱いに慣れておらず，どうやって動かせるようにしたらいいのか，よくわかってません。
CLUMPは簡単です。

> 主にMacを使ってるんですけど，Windows,Unixも身近に使える環境にはあります。
DOSソフトですから，Windowsなら起動するだけです。
Mac，Unixでも比較的簡単にコンパイルできると思いますが，使用許可などの詳細はdocumentationをみていただければと思います。

> なんか数時間前，ひとりで燻っていた時の心境とは雲泥の差です。
> やる気出てきました。ありがとうございます。
メールアドレスを載せていただければ，直接，詳細などをご説明いたします。

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278.　Re^6: contingency testって何すか?　　Hide　　2000/12/06 (水) 18:37

K_YAMADAさん，度々のメッセージありがとうございます。
サーバがダウンしていて，アクセスが遅れました。すみません。

> DOSソフトですから，Windowsなら起動するだけです。
CLUMP.EXEをWindowsに持ち込んで，起動させることができました。
ちょっと動かしてみています。

今documentationの理解に努めております。
2byN tableから新しい2by2 tableをつくる過程（clumping）がよくわかりません。これと，Monte Calro simulationによる有意性の推定が，この方法のキモになっているのではないかと感じてはいるんですけど，まだ意味がよくわかってません。χ2の最大値というのもちょっと関連が掴めていません。
もう少し頑張ってみます。

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